Centre national de ressources génomiques végétales (CNRGV)

Séquençage et bioanalyse pour la caractérisation de la diversité structurale du génome des plantes et des organismes associés.

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Centre national de ressources génomiques végétales (CNRGV)

Séquençage et bioanalyse pour la caractérisation de la diversité structurale du génome des plantes et des organismes associés.

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Centre national de ressources génomiques végétales (CNRGV)

Le CNRGV est une structure d’appui aux projets de génomique. Il propose aux laboratoires publics et aux entreprises privées des méthodes pour caractériser la structure des génomes, annoter les gènes et les séquences régulatrices. Expert en génomique des plantes, il applique également son savoir-faire aux organismes issus des autres règnes.

Le CNRGV développe des stratégies de caractérisation de la structure des génomes à l’échelle des génomes entiers ou de régions génomiques ciblées, grâce à des méthodes innovantes de capture. Il offre également des outils de bioanalyse permettant d’assembler les données produites, de les annoter et éventuellement, de les comparer entre génotypes. Il fournit ainsi un service complet, de la préparation des échantillons biologiques à l’analyse des données, à l'échelle de variétés uniques ou de panels de variétés représentant la diversité d’une espèce.

En complément des méthodes reposant sur le séquençage, le CNRGV propose des services de clonage de grands fragments d’ADN destinés aux projets de biologie synthétique, de cartographie optique et d’extraction à moyen débit d’ADN végétal de haute qualité.

Expertises et services

Production de plantes,
Extraction d'acides nucléiques de haute qualité à partir de tissus végétaux,
Préparation de librairies de séquençage,
Séquençage de génomes,
Cartographie optique et analyse Hi-C pour l’assemblage de génomes à l'échelle des chromosomes,
Séquençage et caractérisation de régions génomiques d'intérêt,
Analyse bioinformatique, assemblage, scaffolding et annotation de génomes,
Clonage à haut débit de grands fragments d'ADN de plus de 100 kb.

Moyens et équipements

Vitro-broyeur MM500 (Retsch) et automate d’extraction d’ADN MagnetaPure 32 (Macherey-Nagel) pour la production d’ADN de haut poids moléculaire,
Fragment Analyzer et Femto Pulse (Agilent) pour l’analyse de la taille de l’ADN et Qubit (Thermo Fisher) pour l’analyse de la pureté des échantillons,
Séquenceur longues lectures P2 Solo (Oxford Nanopore Technologies),
Trieur de fragments d’ADN Xdrop Sort (Samplix) pour la capture de régions ciblées,
Automates de sélection de colonies bactériennes à haut débit QPix II-XT et QPix450 (Molecular Devices) pour le clonage de grands fragments d’ADN,
Systèmes d'électrophorèse en champs pulsés, électroporateur, chaine d'étiquetage et de scellage automatisée de plaques 384 puits pour le clonage de grands fragments d’ADN,
Appareil Saphyr (Bionano Genomics) pour la production de cartes optiques.

<hr>Bâtiment abritant le CNRGV sur le campus INRAE de Castanet-Tolosan en Haute-Garonne.

<hr>Plantules de blé destinées à la production d'ADN pour le séquençage.

<hr>Plants de tomates en chambre de culture.

<hr>Broyage au mortier d'échantillons végétaux pour en extraire l'ADN.

<hr>Méduse d'ADN : les fragments d'ADN extraits précipitent jusqu'à former un agrégat visible à l'œil nu appelé méduse d'ADN.

<hr>Optimisation d'un automate d'extraction d'ADN pour la production à moyen débit d'ADN de haut poids moléculaire.

<hr>Séquenceur P2 ONT pour la production de très longs fragments d'ADN de haute qualité.

<hr>Colonies de clones bactériens intégrant de grands fragments d'ADN.

<hr>Scan de molécules d'ADN marquées pour la production de cartes optiques avec la technologie Bionano.

<hr>Animatrice qualité du CNRGV présentant la revue de direction annuelle.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet au CNRGV, vous pouvez remplir le formulaire mis à disposition sur le site de la plateforme ou envoyer un mail à l’adresse infocnrgv-toulouse@inrae.fr. Pour toute nouvelle demande, une réunion sera organisée en visioconférence sous 15 jours afin d'évaluer la question scientifique posée et présenter les solutions envisagées pour y répondre. Un devis et un contrat de service seront ensuite établis afin d’indiquer les actions proposées, les coûts et le délai prévisionnel de réalisation. Selon la complexité de la demande, cette phase de conception de la réponse pourra comporter plusieurs itérations. En fonction de leur degré d'implication dans les projets, les personnels du CNRGV devront nécessairement être remerciés et éventuellement inclus dans les auteurs des communications portant sur les données produites.

Exemple de projet

Études sur l'auto-incompatibilité des plantes

Depuis 15 ans, le CNRGV est impliqué dans des études portant sur l'auto-incompatibilité des plantes. En 2022 et 2023, il a par exemple été impliqué dans différents travaux visant à comparer les régions génomiques qui contrôlent ce caractère au sein de différentes espèces d'Oléacées. Il a notamment été chargé de l'ensemble de la production et de l'assemblage des données génomiques, depuis l'extraction de l'ADN jusqu'à la fourniture de séquences génomiques de haute qualité. Les résultats obtenus démontrent l'importance de disposer de données de qualité pour analyser la structure des gènes et des régions régulatrices du génome.

Pour en savoir plus : Castric V. et al. (2024). The homomorphic self-incompatibility system in Oleaceae is controlled by a hemizygous genomic region expressing a gibberellin pathway gene. Current Biology, 34(9):1967-1976.e6.

Contact

CNRGV
24 chemin de Borde Rouge
Auzeville, CS52627
31326 Castanet-Tolosan Cedex
Région : Occitanie+33 (0)5 61 28 55 62
infocnrgv@toulouse.inra.fr
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