CMAbio3

Conseil, accompagnement et formation à la microscopie photonique, électronique et à force atomique, de la préparation des échantillons à l’analyse des images.

Site de la plateforme

CMAbio3

Conseil, accompagnement et formation à la microscopie photonique, électronique et à force atomique, de la préparation des échantillons à l’analyse des images.

Site de la plateforme

Centre de microscopie appliquée à la biologie (CMAbio3)

Le CMAbio3 est une plateforme spécialisée dans l’observation d’échantillons biologiques en microscopie électronique et photonique, de la macroscopie au confocal. Il dispose d'équipements spécialisés principalement pour la préparation des échantillons en microscopie électronique. Un microscope AFM-sSNOM Nano-IR permet désormais la spectroscopie biochimique en infrarouge avec une résolution nanométrique. La plateforme dispose également d’une chaîne de fabrication de puces microfluidiques par photolithographie, d’une fraiseuse à 5 axes pour des systèmes de culture millifluidique et d’un dispositif de gestion des flux microfluidiques.

Le CMAbio3 offre des services de traitement et d’analyse d’images obtenues à partir des systèmes de la plateforme ou d’autres capteurs, avec des logiciels libres et des développements internes. Il assure des prestations, dispense des conseils et anime des formations pour les étudiants, les chercheurs et les techniciens, internes ou externes, sur toutes les techniques de préparation, d’observation et d’analyse d’échantillons. Dans les mois à venir, la plateforme va s'équiper d'un microscope confocal de dernière génération permettant l'études d’échantillons en temps réel.

Expertises et services

Imagerie électronique et analyse élémentaire : observation d’échantillons biologiques à l’échelle cellulaire et ultrastructurale par MET, MEB, MEB-EDS et MEB-LV,
Imagerie photonique : observation en macroscopie, microscopie à lumière blanche ou en fluorescence et microscopie confocale à balayage laser,
Imagerie en champ proche et spectroscopie biochimique en infrarouge avec résolution nanométrique, cartographie chimique à température ambiante, en chauffage, en photocatalyse ou en phase liquide,
Préparation d’échantillons biologiques pour la microscopie électronique : fixation, inclusion, coupe, coloration négative pour MET, fixation, séchage et cryo-préparation pour MEB,
Conception de puces microfluidiques et millifluidiques : fabrication par photolithographie, fraisage ou impression 3D, observation, gestion et contrôle des flux microfluidiques,
Traitement et analyse d’images : développement de protocoles spécifiques, réalisation de traitements sur échantillons biologiques et analyse à l’aide de logiciels libres ou d’applications mises au point en interne,
Mise à disposition d’équipements de microscopie et pour la fabrication de puces en PDMS ou en plexiglass,
Formation et accompagnement à la préparation d’échantillons, à l’utilisation des techniques de microscopie déployées sur la plateforme et à l’analyse d’images.

Moyens et équipements

Microscope Neaspec AFM-sSNOM Nano-IR pour la spectroscopie infrarouge avec résolution spatiale nanométrique,
Microscope électronique à transmission Jeol JEM-1011 pour l’observation ultrastructurale,
Microscopes électroniques à balayage avec modules EDS et low vacuum pour l’observation de surface et l’analyse élémentaire,
Microscope confocal à balayage laser Olympus FV1000 pour l’imagerie 3D et de fluorescence multicanaux,
Appareil à point critique Leica CPD030 pour le séchage de spécimens biologiques pour MEB,
Cryo-ultramicrotome RMC PowerTome pour la préparation de coupes ultrafines cryogénisées,
Cryo-ultramicrotome Leica UC7 pour la préparation de coupes ultrafines pour microscopie électronique et cryo-MEB,
Appareil de glow discharge pour le traitement de surface et l’amélioration de l’adhésion des échantillons,
Appareil de cryo-substitution pour le remplacement contrôlé de l’eau par des solvants dans les préparations cryogéniques,
Métalliseur Jeol JFC-120 pour la métallisation de spécimens pour MEB,
Macroscope Zeiss pour l’observation en macroscopie à haute résolution,
Système de cryo-transfert Quorum pour le transfert d’échantillons cryogénisés à température ambiante vers la MEB,
Microscope inversé Zeiss pour l’imagerie en lumière transmise et fluorescence,
Enceinte à microscope inversé pour le maintien des conditions environnementales,
Fraiseuse à 5 axes Pocket NC pour l’usinage de précision pour la micro et millifluidique,
Equipement de photolithographie par laser UV pour la fabrication de motifs sur puces microfluidiques,
Imprimante 3D ELEGOO pour la production de pièces et de microstructures pour systèmes fluidiques,
Enducteur centrifuge (spin coater) pour le dépôt uniforme de couches minces sur substrats,
Système de gestion microfluidique Fluigent pour le contrôle précis des flux et pressions,
Pompe péristaltique pour la circulation des fluides dans les dispositifs millifluidiques,
Vibratome MICROM,
Cytocentrifugeuse Thermo Cytospin 4.

<hr>Tissu de cancer ovarien observé au microscope confocal Olympus après coloration 6 couleurs (DAPI, CFP, FITC, Cy3, Texas Red, Cy5) et grossissement x 20. © UMRS 1086 Anticipe, J. Divoux.

<hr>Coupe d'huître contaminée observée au microscope confocal Olympus après coloration DAPI et Alexa Fluor 288 d’un marqueur d’anti-norovirus humain. © UR 7482 MERSEA, C. Berthelin.

<hr>Coupe de tissu d'huître observée au microscope optique après coloration de Feulgen et grossissement x 20. © UR 7482 MERSEA, C. Berthelin, K. Kellner.

$<hr>Cryofracture de feuille de colza observée au MEB Zeiss Supra 55. © UMR 6508 CRISMAT, ULR 950 EVA, J.-C. Avice$ <hr>Récepteur sensoriel de crevette observé au MEB Jeol 7200. © UR 7294 CEED, C. Pichon.

<hr>Récepteur sensoriel de crevette observé au MEB Jeol 7200. © UR 7294 CEED, C. Pichon.

Comment soumettre un projet ?

Pour accéder aux services du CMAbio3, vous pouvez envoyer un mail à cmabio3@unicaen.fr ou remplir le formulaire de demande mis à votre disposition sur le site de la plateforme. Une réponse et un devis vous seront transmis dans les meilleurs délais.

Exemple de projet

Analyse du développement neuronal chez l’huître du Pacifique

Financé par la région Normandie et porté par l’Université de Caen Normandie, le projet SChemah s’intéresse à la structure de la chromatine et au rôle de la méthylation des acides nucléiques dans le développement neuronal de l’huître du Pacifique, Crassostrea gigas. La plateforme CMABio3 a contribué à l’analyse de l’organisation nucléaire et de la chromatine chez cet organisme.

Des cellules épithéliales d’huîtres, soumises ou non à un traitement favorisant la méthylation, ont été préparées, colorées puis observées en microscopie électronique à transmission. Les noyaux cellulaires ont été détectés automatiquement par analyse d’images afin d’extraire et de quantifier différents paramètres de texture, permettant d’évaluer l’impact de la méthylation sur l’organisation de la chromatine. En complément, certains échantillons ont été colorés selon la méthode de Feulgen, puis numérisés en lumière blanche afin de mesurer les caractéristiques de texture de chaque noyau détecté et de comparer les effets des traitements sur l’architecture nucléaire.

Pour en savoir plus : Clairet N. et al. (2025). m⁶A-RNA epitranscriptomes regulate splicing and neuronal development in the Pacific oyster Crassostrea gigas. Genomics, 117(6):111142.