Image analysis hub (IAH)

Développement d’outils personnalisés pour l’analyse d’images biologiques en imagerie quantitative.

Site de la plateforme

Image analysis hub (IAH)

Développement d’outils personnalisés pour l’analyse d’images biologiques en imagerie quantitative.

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Image analysis hub (IAH)

La plateforme IAH est spécialisée dans l’analyse d’images biologiques. Fondée en 2017, elle s’adresse à l’ensemble de la communauté scientifique et propose des services d’analyse et de quantification d’images en microscopie du vivant. Ses ingénieurs collaborent étroitement avec les chercheurs dans le cadre de projets en imagerie, et partagent leur expertise en analyse d’images. Les domaines couverts incluent la microscopie optique, la microscopie électronique, notamment la cryo-électrotomographie, et l'histopathologie.

Dans le cadre d’un projet collaboratif, l’IAH peut par exemple concevoir et adapter un pipeline d’analyse à façon pour extraire des données quantitatives à partir d’images. Les ingénieurs peuvent réaliser la validation du pipeline, prendre en charge l’analyse des données, jusqu’à l’interprétation scientifique, et contribuer à la rédaction des méthodes et la production des figures.

L’IAH participe également au développement d'outils d'analyse généraux. La plateforme optimise les logiciels d’analyse d’images qu’elle utilise et en conçoit de nouveaux, comme TrackMate ou Mastodon, déjà exploités dans de nombreux projets. Elle est par ailleurs impliquée dans deux grands projets logiciels en imagerie : Fiji et Icy. Enfin, elle met à disposition de ses utilisateurs des stations de travail puissantes équipées des logiciels d’analyse commerciaux du domaine et facilite l’accès aux ressources de calcul intensif du campus de Pasteur.

Expertises et services

Conseil et formation à l’analyse d’images biologiques,
Conception et déploiement d’outils d'analyse personnalisés,
Accès à des logiciels d’analyse biologique via une infrastructure d’analyse d’images autonome,
Développement d’outils logiciels originaux et innovants pour l'analyse d'images.

Moyens et équipements

Imaris, BitPlane,
Huygens, SVI,
Visiopharm.

<hr>Suivi de cellules dans un embryon de Parhyale hawaiensis. © Wolff et al., 2018.

<hr>Mesure de l’association de dégradosomes chez Helicobacter pylori. © Tejada-Arranz et al., 2020.

<hr>Comptage de colonies bactériennes. © C.N. Gupta (Institut Pasteur), J.-Y. Tinevez (IAH).

<hr>Identification et segmentation de cellules souches dans le cerveau post-embryonnaire de drosophile. © P. Speder (Institut Pasteur), S. Rigaud (IAH).

<hr>Migration cellulaire. © G. Jacquemet (Université Abo Akademi), J.-Y. Tinevez (IAH).

<hr>Mesure de la polarisation de cellules T. © M. Mastrogiovanni (Institut Pasteur), J.-Y. Tinevez (IAH).

<hr>Modélisation d’une bactérie traversant une mitochondrie en microscopie électronique. © Z. Uzum (Institut Pasteur), D. Ershov (IAH).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à l’IAH, rendez-vous à l’une des journées portes ouvertes de la plateforme. Elles ont lieu le jeudi matin de 9h30 à 12h30, une semaine sur deux. Pour plus d’informations, consultez la page dédiée sur le site internet.