Infectiologie expérimentale des rongeurs et poissons (IERP)

L'IERP est une unité expérimentale du département Santé animale d'INRAE, dédiée à l'étude in vivo des maladies infectieuses émergentes et zoonotiques sur des organismes modèles (rongeurs, poissons) et des espèces de rente (poissons). Dotée d'une pisciculture expérimentale hors sol unique en Île-de-France et rare en France, elle fonctionne à la manière d'une plateforme technologique ouverte à la communauté scientifique et à l'interface entre la recherche académique et la recherche privée. 

L'IERP propose ainsi un accès à des installations confinées et une offre de service intégrée, comprenant la production et l'élevage de rongeurs et de poissons à statut sanitaire et génétique spécifique, l'expérimentation animale en milieu confiné, l'exploration fonctionnelle par des approches non invasives ou 3D, et la recherche et le développement pour l'innovation technologique et l'offre de nouveaux services. 

L'IERP s'investit principalement sur des projets de recherche en santé animale. Sa mission consiste à explorer les interactions entre l'hôte, les microbes et l'environnement avec une approche intégrative des facteurs biotiques et abiotiques. L'objectif est d'améliorer les connaissances et de mettre au point de nouveaux outils en réponse aux besoins de la communauté et aux attentes sociétales concernant l'amélioration du bien-être animal et le raffinement des procédures expérimentales en accord avec le principe des 3R. En tant qu'établissement conforme et agréé, l'IERP a également pour mission la réflexion éthique, la veille réglementaire et son application, l'enseignement, la formation et l'animation de réseaux. 

Expertises et services

Expérimentation à des fins scientifiques :

• Production de rongeurs et de poissons EOPS, suivi de lignées génétiquement modifiées de classe 1 et 2, isogéniques et de référence, et hébergement en milieu confiné de niveau 2,
• Élevage d’une quarantaine de lignées de souris transgéniques de classe 1 et 2, dont 16 lignées utilisées pour l’étude des maladies à prions ou prion-like comme Alzheimer,
• Élevage de truites, poissons zèbre et carpes en circuit CFRT et pilotage de croissance,
• Production de poissons axéniques et à microbiote contrôlé, 
• Ingénierie aquacole avec conception de circuits et prototypes d’hébergement, 
• Mise en œuvre de protocoles expérimentaux à divers stades de développement : transfert d’embryons, inoculation par micro-injection IM, IP, IC et IV, balnéation et instillation nasale, 
• Criblage à haut contenu de molécules thérapeutiques sur embryons de poissons zèbre pour l'étude de leur pharmacocinétique, toxicité et efficacité.

Exploration fonctionnelle en milieu confiné : 

• Suivi en temps réel de processus infectieux et de réponses inflammatoires par imagerie in vivo sur animaux transgéniques, recombinants ou pathogènes humains,
• Microscopie de fluorescence 3D et 3D+t,
• Cytométrie en flux, analyse à haut débit et tri de larves de poissons zèbre et d'organoïdes,
• Suivi comportemental des espèces avec surveillance vidéo et analyse des mouvements pour les poissons, et tests comportementaux pour les rongeurs, 
• Imagerie médicale et micro-échographie des modèles rongeurs en collaboration avec le Centre d'imagerie multimodale appliquée (CIMA),
• Mesure du métabolisme.

Moyens et équipements

Pisciculture expérimentale :

• Zone d’élevage pour truite à 10°C avec 4 salles équipées de circuits fermés recyclés thermorégulés (CFTR), 50 000 œufs en incubation et 30 000 alevins provenant de la Pisciculture expérimentale INRAE des Monts d’Arrée (PEIMA), 
• Zone d’élevage pour poisson zèbre et carpe à 26°C avec salle équipée de 3 racks, 20 lignées transgéniques et production de 50 000 œufs par an, 
• Zone expérimentale de niveau de sécurité biologique 2 pour la manipulation d'OGM et de pathogènes comprenant une salle pour poisson zèbre avec 5 racks de 18 aquariums et 2 salles pour truite avec 15 circuits pathogènes mixtes CFRT ou eau perdue, 104 aquariums de 15 litres et 14 bassins de 300 litres, représentant près de 10 000 animaux, 
• Zones de quarantaine pour poisson zèbre et truite,
• Laboratoires équipés de PSM, postes de micro-injection et stéréomicroscopes,
• Zone de phénotypage pour l'imagerie, la cytométrie et l'observation comportementale. 

Animalerie de poissons zèbre axéniques et à flore contrôlée :

• Zone SPF avec 2 racks en environnement stérile. 

Animalerie de rongeurs :

• Zone protégée d’élevage EOPS avec 2 grandes salles en surpression, portoirs ventilés en environnement contrôlé, système de filtration air et eau, système de stérilisation des aliments, litières et matériels, 48 lignées transgéniques en élevage, 3 200 animaux adultes disponibles et 12 000 naissances par an, 
• 3 zones d'expérimentation comprenant une zone EOPS et une zone conventionnelle avec 21 cellules et une capacité d’hébergement de 8 500 souris, ainsi qu'une zone de niveau de sécurité 2 avec 4 cellules en environnement contrôlé par filtration absolue de l’air à la sortie, inactivation des déchets et autoclavage,
• Laverie centrale avec automates de lavage, 
• Laboratoires de prélèvement, d’inoculation, d’anesthésie et de transfert d’embryons, 
• Zone d'exploration fonctionnelle pour les études comportementales avec pléthysmographe, cages à métabolisme, micro-échographe et Flexivent. 

Plateau de phénotypage : 

• Stéréomicroscopes MZ10F(Leica), microscope confocal et biphoton SP8 DM6000 (Leica) avec 4 lasers (405 nm, 488 nm, 552 nm, 638 nm), 3 PMT, 2 détecteurs hybrides NDD, laser IR femtoseconde (680 à 1 080 nm), scanner conventionnel, scanner résonant, platine motorisée et chambre thermostatée pour l'imagerie de fluorescence,
• IVIS Spectrum (Perkin Elmer) pour l'imagerie par bioluminescence, 
• Cytomètres en flux COPAS FP1000 (Union Biometrica) avec 2 lasers (488 nm, 561nm) et 3 PMT pour le tri et l'analyse d'embryons de poissons zèbre et d'organoides de diamètre compris entre 200 et 700 mm,
• Viewpoint ZebraCube et ZebraBox, système home made, EthoVision, openfield, arènes et rotarod pour le suivi comportemental des poissons et rongeurs, 
• Microscope à feuille de lumière Benchtop MesoSPIM avec 3 lasers (488 nm, 561 nm, 638 nm), camera sCMOS, double faisceaux d' illumination, détection horizontale, ASLM et chambres d'acquisition adaptées à des échantillons de taille variable, transparisés dans différents milieux,
• Equipements d'histologie 3D pour l'immunomarquages in toto,  la clarification de tissus, l'imagerie 3D et l'analyse des données, de la visualisation au stitching et à la segmentation.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à l'IERP, vous pouvez remplir le formulaire de contact disponible sur le site de la plateforme ou sur celui de l’infrastructure EMERG’IN. Les informations transmises sont exclusivement destinées au personnel de l'IERP en charge des protocoles expérimentaux et seront traitées dans le strict respect des règles de confidentialité. La plateforme reprendra contact avec vous dès la réception du formulaire.

Exemple de projet

Développement d'un modèle d’infection robuste et reproductible de larve de poisson zèbre

L’étude des maladies infectieuses et des relations hôte-pathogène nécessite la plupart du temps l’élaboration de modèles in vivo, à l’interface entre les systèmes in vitro et les espèces cibles. A ce titre, l'embryon de poisson zèbre s’impose maintenant comme un modèle de choix pour l’étude des maladies infectieuses, en santé animale comme en santé humaine, ainsi que pour le criblage de molécules thérapeutiques à haut débit et haut contenu.

L'IERP a mis au point un modèle d’infection virale par balnéation de larve de poisson zèbre en suspension dans un milieu comprenant le virus de la virémie printanière de la carpe. Ce modèle a perms d'étudier les voies d'entrée et de propagation du virus, la physiopathologie de la maladie et de cribler des molécules anti-infectieuses ou immunostimulantes.

Pour en savoir plus : Souto S. et al. (2024). In vivo multiscale analyses of spring viremia of cap virus (SVCV) infection: from model organism to target species. PLoS pathogens,  20(8):e1012328.

Contact

IERP
Centre de recherche INRAE
Domaine de Vilvert
78350 Jouy-en-Josas
Région : Île-de-France+33 (0)1 34 65 25 96
dimitri.rigaudeau@inrae.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Animalerie, exploration fonctionnelle, Imagerie in vivo, radiobiologie

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Christelle Langevin, Dimitri Rigaudeau

TUTELLES : INRAE

INFRASTRUCTURES NATIONALES : EMERG'IN

LABELLISATION IBiSA : 2018

MOTS CLÉS : Truites, Zebrafish, Poisson zèbre, Rongeurs, Infectiologie, OGM, Circuit fermé recyclé, CFRT, Zone confinée, NSB2, Phénotypage, Imagerie in vivo, Exploration fonctionnelle

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