IRSD Organoïdes

Développement de modèles 3D avec une expertise dans les organoïdes humains du système digestif et de la sphère uro-génitale.

Site de la plateforme

IRSD Organoïdes

Développement de modèles 3D avec une expertise dans les organoïdes humains du système digestif et de la sphère uro-génitale.

Site de la plateforme

IRSD Organoïdes

La plateforme Organoïdes de l'Institut de recherche en santé digestive (IRSD) est spécialisée dans la culture d'organoïdes humains de la sphère intestinale, du colon et de l’intestin grêle, à partir de biopsies issues d'individus sains, de patients souffrant de troubles inflammatoires tels que la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique, de troubles douloureux chroniques comme le syndrome de l’intestin irritable, ou de cancers. La plateforme a aussi mis au point d'autres types d'organoïdes pour des partenaires académiques ou privés, notamment des organoïdes de gencives, de trompes de Fallope, d’épididyme, de foie et de vessie.

La plateforme offre à la communauté scientifique un accès à une biobanque d'organoïdes issus d'environ 300 individus. Elle propose également des formations à la culture d'organoïdes, ainsi que des études transcriptomiques et protéomiques. En parallèle, elle développe en permanence de nouveaux organes et des modèles complexifiés de cultures d'organoïdes comme la coculture ou la culture sur interfaces. Des tests fonctionnels peuvent être réalisés sur les organoïdes produits afin d’évaluer leur sécrétion, leur perméabilité ou les phénomènes de gonflement.

Expertises et services

Mise à disposition de cultures d'organoïdes humains avec près de 300 modèles,
Culture d'organoïdes et réalisation de tests fonctionnels,
Suivi des cultures en lumière blanche et par immunofluorescence,
Préparation d’échantillons inclus en paraffine, transparisation et coupe OCT,
Culture de colons et d’intestins de souris,
Réalisation d’études d'expression transcriptionnelle et protéique,
Développement et réalisation de protocoles expérimentaux,
Formation à la culture, la caractérisation et l’utilisation d'organoïdes murins et humains,
Mise à disposition des équipements de la plateforme après formation.

Moyens et équipements

Laboratoire L2 équipé pour la culture d’organoïdes et la biologie moléculaire : PSM, pompes d'aspiration, sorbonne, centrifugeuses, bain sec, bain-marie, machine à glace et balance,
Microscope confocal haut débit Opéra Phenix avec logiciel Harmony et bloc d’analyse dédié à la segmentation et la reconnaissance des organoïdes,
Compteur de cellules Luna II,
Microscope inversé Nikon Eclipse Ts2 avec caméra Fujitsu DSL4,
Appareil EVOM2 pour la mesure de la résistance épithéliale,
Loupe binoculaire Olympus.

<hr>Crypte colique observée par immunofluorescence à l’Opéra Phenix (Gx20, DAPI en bleu, actine en vert).

<hr>Organoïde de colon observé par immunofluorescence à l’Opéra Phenix (Gx20, DAPI en bleu, actine en vert, béta-caténine en rouge).

<hr>Organoïde de colon observé par immunofluorescence à l’Opéra Phenix (Gx20, DAPI en bleu, cytokératine 20 en vert).

<hr>Organoïde de colon observé par immunofluorescence à l’Opéra Phenix (Gx20, DAPI en bleu, actine en rouge, béta-caténine en orange).

<hr>Organoïde de colon observé par immunofluorescence à l’Opéra Phenix (Gx20, DAPI en bleu, Ki67 en vert, actine en rouge).

<hr>Organoïde de colon observé par immunofluorescence à l’Opéra Phenix (Gx20, DAPI en bleu, Muc2 en vert, actine en rouge).

<hr>Organoïdes de trompes de Fallope observés par immunofluorescence à l’Opéra Phenix (Gx20, DAPI en bleu, ki67 en vert, E-cadhérine en rouge.

<hr>Organoïdes de trompes de Fallope sur transwell observés en lumière blanche à l’Opéra Phenix.

<hr>Organoïde de trompes de Fallope observé en microscopie électronique. © CMEAB Toulouse, IRSD Organoïdes, N. Gatimel.

<hr>Changement du milieu de culture en plaque 6 puits avec dômes de matrigel.

<hr>Ingénieurs de la plateforme IRSD Organoïdes sous poste de sécurité microbiologique au sein du laboratoire L2.

Comment soumettre un projet ?

La plateforme IRSD Organoïdes propose ses services sous la forme de prestations, de formations ou de collaborations. Pour soumettre une demande, vous pouvez envoyer un mail au responsable technique de la plateforme, David Sagnat. Une réunion sera organisée afin de discuter des objectifs, des moyens et des délais de mise en œuvre du projet. Les conditions d’accès à la plateforme et les tarifs vous seront également présentés.

Exemple de projet

Développement et caractérisation d’un modèle d’organoïdes de trompes de Fallope

Grâce à leur expertise, les scientifiques de la plateforme IRSD Organoïdes ont accompagné les chercheurs du laboratoire Développement embryonnaire, fertilité et environnement (DEFE) dans la mise au point d’un modèle d’organoïdes de trompes de Fallope à partir de cellules souches adultes provenant de la résection totale de celles-ci. Le modèle a ensuite été caractérisé et étudié afin de mieux comprendre les mécanismes tubaires impliqués dans la compétence gamétique, la fécondation et le développement embryonnaire préimplantatoire.

Cet ambitieux projet a été couronné de succès. Un article a été publié dans la revue Human Reproduction et un brevet a été co-déposé par les deux partenaires. L’objectif est maintenant d’utiliser le modèle et les connaissances issues de son analyse pour améliorer les techniques d’assistance médicale à la procréation (AMP) comme la fécondation in vitro (FIV), et aider ainsi les nombreux couples souffrant de problèmes de fertilité.

Pour en savoir plus : Gatimel N. et al. (2025). Human fallopian tube organoids provide a favourable environment for sperm motility. Human Reproductin, 40(3):503-517.