Marseille protéomique (MaP)

Conception et mise en œuvre de techniques pour l’identification, la caractérisation et la quantification de protéomes par spectrométrie de masse.

Site de la plateforme

Marseille protéomique (MaP)

Conception et mise en œuvre de techniques pour l’identification, la caractérisation et la quantification de protéomes par spectrométrie de masse.

Site de la plateforme

Marseille protéomique (MaP)

Marseille protéomique (MaP) est une plateforme fédérative équipée de spectromètres de masse et de techniques complémentaires permettant de couvrir un large spectre d’applications en protéomique : identification et quantification de protéines, caractérisation de modifications post-traductionnelles et réalisation d'analyses bioinformatiques.

La plateforme MaP offre des opportunités de collaborations et de prestations pour la recherche fondamentale et clinique, ainsi que pour l’industrie. Elle couvre un vaste champ expérimental, allant de l’oncologie pour la découverte de biomarqueurs, à l’immunologie et la microbiologie pour la compréhension des mécanismes de défense cellulaire et du métabolisme.

MaP regroupe deux plateaux situés à proximité des centres de recherche du CNRS, de l’Inserm et d’Aix-Marseille Université, ainsi que de l’Institut Paoli-Calmettes (IPC), centre de lutte contre le cancer (CLCC). Les perspectives d’évolution de la plateforme portent sur le développement d’approches de protéomique quantitative complexes, de chimioprotéomique, d'interactomique, d'immunopeptidomique et pour l’étude des modifications post-traductionnelles.

Expertises et services

Caractérisation de protéines :

Identification par spectrométrie de masse MS/MS et LC-MS/MS en DDA et DIA,
Analyse de modifications post-traductionnelles (phosphorylation, glutamylation, glycosylation, ubiquitinylation, sumoylation, carbonylation, O-GlcNAc...),
Analyse de modifications chimiques (sondes EPR, FRET, métaux...),
Identification du résidu N-terminal de protéines par séquençage d’Edman.

Protéomique quantitative :

Quantification par marquages isobariques jusqu'à TMT 16plex, marquage métabolique SILAC et label-free,
Protéomique ciblée utilisant l’approche parallel reaction monitoring (PRM).

Complexomique et interactomique :

Utilisation d’approches biochimiques AP-MS, APEX-MS, BioID-MS et TurboID-MS.

Découverte de biomarqueurs :

Analyse en protéomique quantitative à partir de plasma et de tissus FFPE,
Recherche et caractérisation de biomarqueurs en cancérologie, immunologie…

Chimioprotéomique :

Analyse thermal proteome profiling (TPP), CETSA et PISA,
Identification de cibles moléculaires par purification d’affinité sur drogues et chimie-click.

Autres expertises et services :

Contrôle qualité de peptides thérapeutiques et protéines pour l’industrie pharmaceutique par spectrométrie de masse.

Moyens et équipements

Spectrométrie de masse :

timsTOF HT (Bruker) couplé à une nanoLC proteoElute (Bruker),
Orbitrap Astral (Thermo Fisher Scientific) couplé à une nanoLC Evosep Eno (Evosep) et à une nanoLC Vanquish (Thermo Fisher Scientific),
Orbitrap Fusion Lumos Tribrid (Thermo Fisher Scientific) couplé à une nanoLC Vanquish.
2 Q Exactive Plus (Thermo Fisher Scientific) couplés à des nanochromatographies,
Séquenceur d’Edman PPSQ (Shimadzu),
MALDI-TOF Microflex II (Bruker).

Chromatographie :

UPLC (Agilent).

Autres équipements :

Assay MaP Bravo (Agilent),
KingFisher Apex (Thermo Fisher Scientific).

<hr>Dépôt d’échantillons pour une analyse de masse par MALDI-TOF.

<hr>Sélection de protéines à analyser en spectrométrie de masse.

<hr>Source d’ionisation et entrée d’un spectromètre de masse Orbitrap.

<hr>Séparation de protéines en gel SDS-PAGE et coloration au nitrate d’argent.

<hr>Journée scientifique ProtéoPACA organisée par la plateforme MaP, un rendez-vous incontournable pour les chercheurs souhaitant démarrer des approches de protéomique.

<hr>La dernière acquisition de MaP : un spectromètre de masse Orbitrap Fusion Lumos Tribrid et sa nanochromatographie.

<hr>Séquenceur de protéines Shimadzu pour la détermination de la séquence N-terminale par la méthode d’Edman.

<hr>Spectromètre de masse Orbitrap Astral.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à Marseille protéomique (MaP), vous pouvez utiliser le formulaire de contact disponible sur le site internet de la plateforme. Décrivez votre projet avec le plus de détails possible et précisez éventuellement la stratégie protéomique que vous jugez la plus à même de répondre à vos questions biologiques.

L’équipe de MaP vous recontactera sous deux semaines pour étudier avec vous la faisabilité du projet, vous conseiller sur la meilleure stratégie protéomique à utiliser et vous présenter les services que la plateforme peut vous offrir. Une réunion préliminaire sera ensuite programmée pour discuter plus précisément du projet, de son financement, du temps et des ressources humaines nécessaires à sa mise en oeuvre. Le délai de réalisation des projets varie en fonction du type de prestation sollicitée. Il peut aller d'une semaine à plusieurs mois.

Exemple de projet

Etude de l’interactome de protéines impliquées dans l’homéostasie épithéliale

La plateforme MaP a réalisé une étude de l’interactome de SCRIB et LANO, deux membres de la famille des LAP, protéines d’échafaudage caractérisées par la présence de domaines LRR (répétitions riches en leucine) en N-terminal et de 4 domaines PDZ pour SCRIB, ou d’un motif de liaison aux domaines PDZ pour LANO. Ces protéines se localisent aux membranes basolatérales des cellules épithéliales polarisées. La dérégulation de l’expression de SCRIB ou de sa localisation conduit à la perte de la polarité épithéliale et à la tumorigenèse en raison de son rôle répressif sur plusieurs voies de signalisation, y compris AKT, ERK et HIPPO.

Dans cette étude, une approche protéomique a été utilisée pour caractériser les complexes protéiques associés à SCRIB et à son paralogue LANO. Des ensembles communs et spécifiques de protéines associées à SCRIB et LANO ont été identifiés par MS, offrant une cartographie de leurs interactions. Cette étude est la première analyse comparative des partenaires protéiques des deux membres de la famille LAP.

Dans le cas de l’inhibition du protéasome, il a été constaté que SCRIB est associé au complexe de destruction de la ß-caténine. Celui-ci est central dans la signalisation de Wnt/ß-caténine, une voie de régulation conservée du développement embryonnaire et de la progression du cancer. Il a aussi été montré que l’interaction SCRIB/ß-caténine est potentialisée par la stimulation de Wnt3a et que SCRIB joue un rôle répressif sur la signalisation Wnt. Le travail de MaP prouve ainsi l’importance de SCRIB dans la régulation de la voie Wnt/ß-caténine.

Pour en savoir plus : Daulat A.M. et al. (2019). The tumor suppressor SCRIB is a negative modulator of the Wnt/β-catenin signaling pathways. Proteomics, e1800487.

Contact

Marseille protéomique (MaP)
CRCM, BP 30059
27 boulevard Leï Roure
13273 Marseille
Région : Provence-Alpes-Côte d'Azur+33 (0)4 86 97 72 58
luc.camoin@inserm.fr
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