PAB-Azur

Développement et mise en œuvre de stratégies innovantes en lipidomique et protéomique par spectrométrie de masse pour l’étude des biomolécules en biologie et santé.

Site de la plateforme

PAB-Azur

Développement et mise en œuvre de stratégies innovantes en lipidomique et protéomique par spectrométrie de masse pour l’étude des biomolécules en biologie et santé.

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Plateforme d’analyse des biomolécules (PAB-Azur)

Hébergée à l’Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC), la plateforme PAB-Azur met à la disposition des chercheurs des outils de pointe pour l’analyse des biomolécules par spectrométrie de masse. Elle développe et applique des approches non ciblées et ciblées en lipidomique et protéomique, et propose un service complet, de la préparation des échantillons à l’analyse haute résolution et au traitement bioinformatique des données, garantissant des résultats robustes et reproductibles. Ses expertises permettent d’identifier, de quantifier et de caractériser les lipides, métabolites et protéines dans des matrices variées, notamment les cellules, tissus, biofluides et échantillons archéologiques ou environnementaux.

La plateforme PAB-Azur constitue un outil clé pour l’étude de mécanismes biologiques et physiopathologiques, la découverte de biomarqueurs et le développement de solutions innovantes en santé, environnement et biotechnologies. Les projets de recherche pris en charge sont menés au travers de nombreuses collaborations avec des partenaires variés, académiques et industriels. La plateforme s’attache aujourd’hui à renforcer la dimension bioinformatique et intégrative des données pour augmenter encore la profondeur des résultats obtenus.

Expertises et services

Réalisation d’analyses lipidomiques globales ou ciblées par LC-HRMS, incluant les modes d’acquisition DDA, DIA et PRM,
Réalisation d’analyses protéomiques qualitatives et quantitatives par nanoLC-HRMS en mode d'acquisition DDA ou DIA,
Préparation d’échantillons adaptée à divers types de matrices biologiques et environnementales : extraction de lipides, métabolites et protéines, digestion de protéines, enrichissement et fractionnement,
Caractérisation de modifications post-traductionnelles,
Analyse de protéines intactes pour le contrôle qualité de peptides ou protéines recombinantes,
Traitement bioinformatique et interprétation des données,
Conseil scientifique pour la conception expérimentale, le choix de la méthodologie et la valorisation des résultats,
Formation et accompagnement aux bonnes pratiques analytiques et de gestion de données.

Moyens et équipements

Spectromètres de masse haute résolution Q Exactive Plus et Exploris 480 (Thermo Fisher),
Systèmes chromatographiques nano-RSLC et micro-HPLC (Thermo Fisher),
Système HPTLC (Camag) couplé à la spectrométrie de masse,
Logiciels dédiés à la lipidomique et protéomique : Xcalibur, LipidSearch, Compound Discoverer, Proteome Discoverer, MS-DIAL, MaxQuant, Perseus et PEAKS Studio,
Outils pour le suivi qualité et la maintenance préventive (CapiLog).

<hr>Spectromètre de masse Q Exactive Plus pour la lipidomique.

<hr>Spectromètre de masse Exploris 480 pour la protéomique.

<hr>Pilotage d’un spectromètre de masse.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à PAB-Azur, vous pouvez envoyer un mail aux responsables scientifiques de la plateforme, Delphine Debayle pour la lipidomique et Anne-Sophie Gay pour la protéomique, en précisant vos besoins analytiques. Après une étude de faisabilité, un devis sera établi.

Les projets sont sélectionnés selon leur pertinence scientifique, la disponibilité des instruments et la conformité des échantillons aux critères de la plateforme. Les délais de traitement des demandes varient selon la complexité des prestations à réaliser. Ils sont en général de 2 à 6 semaines. Les utilisateurs bénéficient d’un accompagnement personnalisé à toutes les étapes de leur projet, incluant la préparation, l’acquisition, le traitement et l’interprétation des données. Les résultats sont restitués sous la forme d’un rapport analytique détaillé et le cas échéant, intégrés dans des publications scientifiques en co-auteur.

Exemple de projet

Analyse multi-omique du métabolisme lipidique des adipocytes

Le projet ERC SPHERES vise à mieux comprendre, au niveau moléculaire, le fonctionnement des gouttelettes lipidiques des adipocytes blancs. Depuis son lancement, il implique la plateforme PAB-Azur, chargée de réaliser les analyses lipidomiques et protéomiques en lien avec le projet.

Plusieurs résultats majeurs ont été obtenus. Tout d’abord, la cartographie du microenvironnement protéique du transporteur lipidique OSBP par TurboID a révélé des changements selon l’activité des échanges lipidiques ayant lieu. Ensuite, l’analyse lipidomique a montré que les triglycérides à chaînes courtes sont plus sensibles à la lipolyse dans les sphéroïdes d’adipocytes. Enfin, une nouvelle phospholipase impliquée dans la différenciation adipocytaire a pu être identifiée. Ce projet illustre la capacité de la plateforme à accompagner des projets d’excellence, de la conception à l’analyse de données complexes.

Pour en savoir plus : Kovács D. et al. (2024). Lipid exchange at ER-trans-Golgi contact sites governs polarized cargo sorting. Journal of Cell Biology, 223(1):e202307051.