PETRA

Analyse des tissus pour la compréhension des tumeurs : approches spatiales intégrées, biomarqueurs et soutien aux projets de recherche et essais cliniques en oncologie.

Site de la plateforme

PETRA

Analyse des tissus pour la compréhension des tumeurs : approches spatiales intégrées, biomarqueurs et soutien aux projets de recherche et essais cliniques en oncologie.

Site de la plateforme

Plateforme de pathologie expérimentale et translationnelle (PETRA)

PETRA est une plateforme technologique de Gustave Roussy, intégrée au laboratoire Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse (AMMICa). Certifiée ISO 9001 depuis 2016, elle fournit un accompagnement scientifique, technique et réglementaire aux projets de recherche fondamentale, translationnelle et clinique en oncologie. PETRA a pour objectif d’analyser l’architecture tissulaire et cellulaire des tumeurs, de décrypter le microenvironnement tumoral, de développer des biomarqueurs et d’accompagner les essais cliniques.

La plateforme contribue à de nombreuses publications internationales. Elle propose une offre technologique couvrant l’histologie et les omiques spatiales, incluant la protéomique et la transcriptomique spatiales, les immunomarquages, la digitalisation et l’analyse quantitative des images. PETRA dispose d’équipements de pointe et s’inscrit dans un écosystème collaboratif à l’interface de la recherche et du soin.

Expertises et services

Accompagnement scientifique, réglementaire et méthodologique de projets,
Accompagnement d’essais cliniques,
Interprétation pathologique,
Analyse histopathologique in situ,
Immunohistochimie et immunofluorescence multiplex,
Protéomique spatiale multiplex et hyperplex,
Transcriptomique spatiale multi‑échelle,
Digitalisation de lames et analyse quantitative d’images,
Interfaçage avec les plateformes de bioinformatique, data management et génomique,
Formation technique et scientifique d’étudiants, de cliniciens et de chercheurs.

Moyens et équipements

BenchMark Ultra Plus (Roche),
BOND RX (Leica Biosystems),
Discovery Ultra (Roche),
COMET (Lunaphore),
GeoMx DSP (Bruker),
Merscope (Vizgen),
2 Visium HD et Xenium (10x Genomics),
Vectra Polaris (Akoya),
Scanners VS200 (Evident),
Logiciels QuPath et HALO (Indica Labs),
Infrastructure data de Gustave Roussy.

<hr>Carcinome mammaire marqué en immunofluorescence multiplex avec le BOND RX.

<hr>Adénocarcinome du côlon observé avec le COMET après marquage en immunofluorescence multiplex.

<hr>Carcinome mammaire observé avec le GeoMx DSP après marquages fluorescents.

<hr>Carcinome épidermoïde ORL marqué en immunohistochimie multiplex chromogénique avec le Discovery Ultra.

<hr>UMAP représentant des cellules de carcinome mammaire.

<hr>Tissu pulmonaire observé avec le Merscope après marquage fluorescent smFISH.

Comment soumettre un projet ?

PETRA accompagne les projets de recherche en oncologie à toutes les étapes, de la conception scientifique jusqu’à la réalisation expérimentale et l’analyse des données. La soumission d’un projet est ouverte à toute personne souhaitant bénéficier de son expertise scientifique, technique et réglementaire. Elle s’effectue exclusivement via un formulaire de contact accessible sur le site internet de la plateforme.

Aucun prérequis technologique n’est exigé lors de la soumission. Le formulaire, volontairement concis, permet une première évaluation en recueillant les informations essentielles : identité et affiliation du porteur, statut du projet, description scientifique, besoins techniques, type et nombre d’échantillons, et si possible, éléments pré‑analytiques et réglementaires. Les informations manquantes peuvent être précisées avec l’accompagnement de l’équipe de PETRA.

Après transmission du formulaire à l’adresse contact-petra@gustaveroussy.fr, une analyse de faisabilité sera réalisée. Le projet sera ensuite examiné collectivement, conduisant à la validation de la prise en charge et à la définition d’un planning prévisionnel.

Exemple de projet

Comprendre la transition du stade in situ au stade invasif dans le cancer du sein

Dans le cadre du programme Interception, une équipe de recherche a fait appel à la plateforme PETRA pour son expertise en transcriptomique spatiale, afin d’étudier les mécanismes précoces de progression du carcinome canalaire in situ (DCIS) vers le cancer du sein invasif, mécanismes qui peuvent difficilement être appréhendés par des analyses transcriptomiques en bulk.

La plateforme a réalisé le profilage spatial de 40 tumeurs mammaires archivées associant DCIS et foyers microinvasifs synchrones, incluant des cas porteurs de mutations germinales TP53, BRCA1 et des cas sporadiques. La technologie DSP GeoMx a été mise en œuvre, avec l’appui de l’équipe technique dédiée et d’un pathologiste référent, pour la validation des zones d’intérêt et la délimitation des compartiments tumeur et stroma.

L’analyse a révélé des programmes d’invasion distincts selon le contexte germinal. Les tumeurs gTP53 sont associées à l’activation de l’EMT, de l’angiogenèse et de la tolérance aux dommages de l’ADN, tandis que les tumeurs gBRCA1 présentent un profil hyperprolifératif à dominante immunométabolique. Ce cas d’usage illustre l’apport de la plateforme PETRA pour analyser le rôle du contexte génétique et du microenvironnement spatial dans l’émergence de l’invasion.

Pour en savoir plus : Duso, B.A. et al. (2025). 179MO Spatial multi-omics to dissect the in-situ-to-invasive transition in breast cancer. ESMO Open, 10(7):7105775.