Plateforme d’imagerie cellulaire de la SFR Necker

La Plateforme d’imagerie cellulaire de la SFR Necker, située à l’Institut Imagine avec une antenne à la Faculté de médecine Necker, accompagne les acteurs académiques et privés dans leurs projets de recherche. Elle intervient de la conception expérimentale à l’acquisition d’images, incluant conseil méthodologique, préparation des échantillons, choix de systèmes adaptés et formation des utilisateurs. Son champ d’expertise couvre l’imagerie de structures complexes et de processus dynamiques, de l’échelle cellulaire et tissulaire jusqu’à l’organisme entier.

La plateforme met à disposition un parc instrumental varié associant microscopie confocale, spinning disk, plein champ, TIRF, FLIM, super-résolution STED et STORM, microscopie à feuille de lumière, microscopie à haut débit et des technologies complémentaires. Ses spécificités reposent notamment sur l’imagerie du vivant, l’imagerie en profondeur d’organoïdes, de tissus ou d’organismes, la microscopie d’expansion, la transparisation d’échantillons épais et le développement de méthodes innovantes adaptées aux questions biologiques.

Expertises et services

• Conseil scientifique et méthodologique pour la conception de protocoles d’imagerie, le choix de technologies adaptées et l’optimisation de stratégies d’acquisition,
• Mise à disposition de systèmes de microscopie photonique avancée après formation ou avec accompagnement technique,
• Accès à des équipements spécialisés pour l’imagerie cellulaire fixe ou vivante, l’imagerie automatisée, le criblage et l’acquisition de larges séries d’images,
• Microscopie de super-résolution STED et STORM pour l’analyse de structures subcellulaires,
• Imagerie tridimensionnelle par microscopie à feuille de lumière et par microtomographie X (microCT) adaptée aux tissus épais, organoïdes et organismes entiers,
• Imagerie dynamique du vivant permettant le suivi en temps réel de processus biologiques,
• Accompagnement à la préparation d’échantillons pour la microscopie de super-résolution, la microscopie d’expansion et la transparisation d’échantillons épais,
• Développement, adaptation et optimisation de méthodes d’imagerie innovantes en fonction des besoins spécifiques des projets de recherche,
• Analyse, traitement et valorisation des données : déconvolution, reconstruction 3D, quantification, interprétation des résultats et préparation de figures pour publications, communications ou demandes de financement.

Moyens et équipements

• 4 microscopes confocaux à balayage laser AX (Nikon), SP5 et SP8 (Leica),
• 3 microscopes confocaux à disque rotatif CSU-X1 (Yokogawa) et X-Light V3 (CrestOptics),
• 4 microscopes à champ large TIRF (Nikon), Apotome, Axiovert A1 et Axioplan (Zeiss),
• Microscope confocal à haut débit (HCS) Opera Phenix (Revvity),  
• Microscope confocal SP8 gSTED (Leica),
• Microscope STORM home made,
• Microscope à feuille de lumière Z1 (Zeiss),
• Micro-tomodensitomètre SkyScan 1272 (Bruker),
• Stéréomicroscope à fluorescence M205 FCA (Leica),
• Loupe Stemi 305 (Zeiss).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à la Plateforme d’imagerie cellulaire de la SFR Necker, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse imagerie.sfr.necker@inserm.fr. Un rendez-vous sera proposé afin d’échanger sur le projet, de préciser les besoins scientifiques et techniques, et d’identifier l’équipement le plus adapté.

L’accès à la plateforme sera possible après transmission du formulaire de demande dûment complété et de la charte d’utilisation signée. Les prestations pourront être réalisées en autonomie, après une formation préalable ou avec l’accompagnement d’un ingénieur de la plateforme.

Exemple de projet

Étude des anomalies cérébrales associées aux ciliopathies

Les ciliopathies sont des maladies génétiques rares liées à des anomalies du cil primaire, une structure cellulaire impliquée dans de nombreux processus de signalisation au cours du développement. Certaines formes de ciliopathies sont associées à des atteintes cérébrales, rénales ou squelettiques, mais les mécanismes cellulaires expliquant ces anomalies restent encore mal compris. Dans ce contexte, l’étude de la zone de transition du cil primaire est essentielle, car cette région située à la base du cil contrôle l’entrée et la sortie de nombreuses protéines ciliaires.

Dans le cadre d’un projet mené en collaboration avec l’Institut Imagine, la Plateforme d’imagerie cellulaire de la SFR Necker a été sollicitée pour développer une approche de microscopie d’expansion sur cellules. L’objectif était d’analyser l’impact de mutations bialléliques affectant des protéines de la zone de transition, notamment TMEM17, afin de mieux comprendre son rôle dans l’organisation du cil primaire et dans les anomalies associées aux ciliopathies.

Avec l’appui de deux étudiantes de Master 2, la plateforme a ainsi contribué à la mise au point du protocole de microscopie d’expansion, à son adaptation aux échantillons cellulaires étudiés et à l’analyse des marquages par immunofluorescence. Cette approche a permis de dépasser les limites de résolution de la microscopie optique conventionnelle et d’observer plus finement l’architecture de la zone de transition. Elle a notamment rendu possible la visualisation précise de la distribution de plusieurs protéines ciliaires et l’étude de leur organisation spatiale à la base du cil.

Les résultats du projet ont mis en évidence des défauts de ciliogenèse, une diminution de plusieurs protéines ciliaires et une désorganisation de l’architecture de la zone de transition dans les cellules porteuses de mutations. Ces observations ont permis de mieux relier les altérations moléculaires aux défauts cellulaires observés dans les ciliopathies. Ce travail illustre l’intérêt des technologies avancées d’imagerie pour décrypter les mécanismes impliqués dans les anomalies cérébrales associées aux ciliopathies et a donné lieu à une publication scientifique.

Référence bibliographique : Boutaud L. et al. (2026). Missense variants in the second transmembrane domain of TMEM17 disrupt its stability and function and lead to a wide phenotypic spectrum of ciliopathies. Clinical Genetics, 109(2), 305–315.

Contact

Plateforme d’imagerie cellulaire de la SFR Necker
24 boulevard du Montparnasse
75015 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 42 75 43 94
imagerie.sfr.necker@inserm.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Imagerie cellulaire

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Gaël Menasché, Meriem Garfa-Traoré

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Meriem Garfa-Traoré

RESPONSABLES QUALITÉ :
Béatrice Durel, Christine Bole

TUTELLES : CNRS, Inserm, Université Paris Cité

LABELLISATION IBiSA : 2025

MOTS CLÉS : Imagerie cellulaire et tissulaire, Microscopie photonique, Microscope confocal, Spinning disk, TIRF, STED, STORM, Microscopie à feuille de lumière, Microscopie d’expansion, Transparisation, microCT, Criblage à haut débit, HCS, Organoïdes, Poisson zèbre, Imagerie 3D, Imagerie du vivant, Dynamique cellulaire

Fiche mise à jour en 2026

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