Plateforme de séquençage du Genoscope
Réalisation de projets de séquençage à partir d'organismes non humains et veille technologique sur les technologies existantes et émergentes.
Plateforme de séquençage du Genoscope
Réalisation de projets de séquençage à partir d'organismes non humains et veille technologique sur les technologies existantes et émergentes.
Plateforme de séquençage du Genoscope
La Plateforme de séquençage du Genoscope s'implique dans la prise en charge de projets de séquençage à partir d’organismes non humains, du traitement d'échantillons jusqu'à la validation de séquences brutes. Elle est équipée de séquenceurs à très haut débit de deuxième et troisième génération, permettant d'atteindre un débit qui autorise le séquençage de génomes entiers dans un intervalle de temps limité.
Les projets traités par la plateforme sont essentiellement sélectionnés lors des appels d'offres du Genoscope et de France Génomique. Ils incluent des analyses métagénomiques et métatranscriptomiques des océans et des sols français, le séquençage de transcriptomes d'organismes eucaryotes ou encore, le séquençage de novo d'organismes animaux et végétaux.
Expertises et services
- Extraction d’ADN de très haut poids moléculaire,
- Préparation de banques Illumina, MGI, Nanopore et PacBio : quantification d’ADN génomique, fragmentation, sélection de tailles, réparation finale, adénylylation, ligation d’adaptateurs, amplification, nettoyage,
- Séquençage Illumina : séquençage de novo, reséquençage de petits génomes (bactéries, levures, phages, plasmides) et de gros génomes (humain, plantes, animaux), séquençage ciblé d'amplicons, RNA-Seq,
- Séquençage MGI : séquençage de novo ou reséquençage de gros génomes (humain, plantes, animaux), séquençage d'exomes et de transcriptomes de large taille,
- Séquençage Nanopore : séquençage de novo, séquençage direct d'ARN ou d’ADNc, metabarcoding,
- Séquençage PacBio : séquençage de novo.
Moyens et équipements
- Séquençage Illumina : 2 séquenceurs faible débit MiSeq (short reads, 15 Gb de séquences, lecture de 2x75 à 2x300 pb en paired-end), séquenceur haut débit NovaSeq 6000 (short reads, 4800 à 6000 Gb de séquences, lecture de 2x100 à 2x200 pb en paired-end), séquenceur haut débit NovaSeq X Plus (short reads, 2600 à 8000 Gb de séquences, lecture 2x50 à 2x150 pb en pairend-end),
- Séquençage MGI : séquenceur haut débit G400 (short reads, 55 à 1 440 Gb de séquences, lecture de 2x100 à 2x200 pb en paired-end),
- Séquençage Nanopore : 7 séquenceurs faible débit MinION (long reads, 5 à 10 Gb de séquences, lecture maximale de plusieurs dizaines de kb) et séquenceur haut débit PromethION (metabarcoding, long reads, 180 Gb de séquences, jusqu'à 24 flow cells, lecture maximale de plusieurs dizaines de kb),
- Séquençage PacBio : séquenceur haut débit Revio (long reads, ~ 400 Gb de séquences, jusqu'à 4 flow cells, lecture maximale de plusieurs dizaines de kb),
- Manipulation automatique de liquides : 3 robots Biomek FX et 2 robots Tecan.
Comment soumettre un projet ?
Pour soumettre un projet à la Plateforme de séquençage du Genoscope, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse pcoutool@genoscope.cns.fr en décrivant votre projet, l’objectif visé, la nature des travaux à réaliser, ainsi que le type et la quantité de matériel biologique à traiter.
La faisabilité de la demande sera étudiée en lien direct avec les collaborateurs. Si le projet est accepté, la stratégie à suivre sera définie en concertation avec le porteur de projet, selon les technologies et les protocoles disponibles sur la plateforme. Un descriptif technique sera alors rédigé et soumis au porteur de projet. Le délai de réalisation des prestations sera indiqué à titre informatif sous réserve de la validation préalable des matériels biologiques.
Exemple de projet
Développement de microorganismes pour une agriculture durable
Le projet Microorganismes pour une agriculture durable (MOPAD) vise à développer de nouvelles solutions de biocontrôle pour lutter contre les Fusarium du blé tendre. Financé par Bpifrance, il réunit le CEA, une PME de biotechnologie et un grand semencier. L’objectif est de proposer des produits de biocontrôle adaptés aux grandes cultures, ce qui implique de surmonter des contraintes à la fois techniques, réglementaires, environnementales et de marché.
A partir d’un screening in vitro et d’analyses génomiques, plusieurs souches microbiennes candidates ont été retenues pour être évaluées dans un champ de culture. La Plateforme de séquençage du Genoscope a mis en œuvre des techniques de séquençage à lectures courtes (Illumina) et longues (Nanopore) afin d’obtenir le génome de novo d’une centaine de microorganismes.
Contact
Plateforme de séquençage du Genoscope
2 rue Gaston Crémieux, CP 5706
91057 Evry
Région : Île-de-France
+33 (0)1 60 87 34 99
pcoutool@genoscope.cns.fr
Site de la plateforme
THÉMATIQUES : Génomique, transcriptomique
RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Pedro Oliveira
RESPONSABLES TECHNIQUES :
Aude Perdreau
TUTELLES : CEA
INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique
LABELLISATION IBiSA : 2008
MOTS CLÉS : Séquençage, Illumina, MGI, Nanopore, Génomique, Génomique environnementale, Métagénomique, Transcriptomique, Métatranscriptomique, Metabarcoding, Lectures longues, Carte optique
Fiche mise à jour en 2021
