Plateforme protéomique Strasbourg Grand Est (PSGE)

Protéomique fonctionnelle, protéomique structurale, conception et déploiement d’outils bioinformatiques pour la protéomique.

Site de la plateforme

Plateforme protéomique Strasbourg Grand Est (PSGE)

Protéomique fonctionnelle, protéomique structurale, conception et déploiement d’outils bioinformatiques pour la protéomique.

Site de la plateforme

Plateforme protéomique Strasbourg Grand Est (PSGE)

La plateforme protéomique propose des collaborations et des prestations de service en protéomique fonctionnelle et structurale. Elle s’appuie sur une équipe hautement expérimentée de chercheurs et d’ingénieurs issus du Laboratoire de spectrométrie de masse bioorganique (LSMBO) de l’Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC). Le LSMBO mène des activités de R&D en chromatographie, spectrométrie de masse et bioinformatique pour la biologie. La plateforme est engagée dans l’infrastructure nationale de protéomique ProFI. Elle réalise également des analyses moléculaires et supramoléculaires de molécules naturelles ou de synthèse.

Expertises et services

Préparation d’échantillons (gel 1D, digestion liquide, SP3, enrichissement PTMs...),
Identification et quantification globale de protéines à très haut débit (label-free),
Quantification ciblée de protéines par LC-PRM,
Identification et quantification de modifications post-traductionnelles (PTMs),
Analyse bioinformatique des données et biostatistiques,
Identification de partenaires de complexes multiprotéiques (interactomique),
Caractérisation de protéines recombinantes purifiées ou à usage thérapeutique (anticorps monoclonaux),
Immunopeptidomique,
Analyse protéomique sur cellule unique,
Analyse protéomique spatiale,
Analyse structurale de complexes non covalents par MS native et mobilité ionique (complexes multiprotéines, multiprotéines/ADN ou ARN, et protéines/ligand),
Echange H/D suivis par spectrométrie de masse, epitope mapping,
Pontage chimique (cross-linking) de complexes multiprotéiques.

Moyens et équipements

Orbitrap Q Exactive Plus avec nanoLC,
Orbitrap Q Exactive HF-X avec nanoLC,
Q-TOF timsTOF Pro 2 avec nanoLC,
Q-TOF Synapt HDMS G2 avec Acquity H-Class Bio ou NanoMate Advion,
Orbitrap Exactive Plus EMR avec NanoMate Advion,
Cyclic IMS,
Q-TOF Maxis II avec ETD, NanoMate Advion ou Acquity H-Class Bio,
Q-TOF Synapt G2-Si HDMS avec ETD et HDX Manager,
MALDI-TOF Autoflex,
Orbitrap Tribrid Eclipse avec ETD/UVPD, LC et nanoLC,
Mass Photometry Refeyn,
LC-ESI-TOF BioAccord Waters,
timsTOF Ultra AIP avec nanoElute 2,
Orbitrap Astral avec Vanquish Neo,
Automate Bravo AssayMAP Agilent pour la préparation d'échantillons,
Trieur de cellules CellenONE,
Outils d’identification et de quantification : Proline développé par ProFI, Mascot, MaxQuant, Spectronaut, DIA-NN, ionBOT, MSFragger,
Outils pour le stockage et l'archivage des données.

<hr>Synapt G2-Si avec mobilité ionique et système HDX.

<hr>Orbitrap Tribrid Eclipse avec ETD/UVPD, LC et nanoLC.

Comment soumettre un projet ?

Pour toute demande de collaboration ou de prestation de service, rendez-vous sur le portail de l’infrastructure nationale de protéomique ProFi. Décrivez brièvement votre projet puis choisissez le site de Strasbourg pour sa réalisation. Le personnel de la plateforme PSGE peut vous accompagner, de la préparation des échantillons à l’interprétation des données. Les prestations réalisées sont gérées dans le cadre d'un système de management de la qualité défini selon la norme ISO 9001 et NF X50-900.

Exemple de projet

Développement d’une méthode de quantification MS Top 3-ID-DIA pour l’analyse in-process des cellules hôtes productrices de médicaments

Au cours des deux dernières décennies, une pléthore d'anticorps thérapeutiques a été approuvée et représente aujourd’hui une voie thérapeutique prometteuse pour de nombreuses pathologies. L'élimination efficace des impuretés protéiques résiduelles de la cellule hôte productrice (HCP), qui peuvent réduire l'efficacité du médicament et/ou induire des réactions indésirables, est une question cruciale dans la production d’anticorps pour la thérapie humaine.

Dans ce contexte, des méthodes alternatives aux dosages immuno-enzymatiques (ELISA) classiquement réalisés sont nécessaires. La plateforme PSGE a développé des méthodes analytiques innovantes de spectrométrie de masse permettant une identification individuelle et une quantification précise de l’ensemble des HCP dans les médicaments finaux ou au cours des étapes du processus de purification. Ces méthodes utilisent en particulier des modes d’acquisition indépendante des données (DIA).

Pour en savoir plus : Husson G. et al. (2018). Dual data-independent acquisition approach combining global HCP profiling and absolute quantification of key impurities during bioprocess development. Analytical Chemistry, 90 (2), 1241-1247.