AD2P

Criblage de chimiothèques commerciales et académiques pour l’identification d’antiviraux sur des protéines virales, isolats cliniques, interactions protéine-protéine et protéine-ligand.

Site de la plateforme

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Criblage de chimiothèques commerciales et académiques pour l’identification d’antiviraux sur des protéines virales, isolats cliniques, interactions protéine-protéine et protéine-ligand.

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AD2P regroupe trois plateformes de criblage travaillant de manière indépendante ou en synergie selon les projets : la Plateforme de criblage Marseille-Luminy (PCML), la plateforme Interactions dynamiques et drug-design (INT3D) et la Plateforme de criblage virale Marseille-Timone (PCVMT). Cette combinaison de compétences et savoir-faire dans le domaine de la chimie, virologie, enzymologie et chem-informatique a pour objectif la découverte et la mise au point de nouveaux composés chimiques antiviraux.

A cette fin, AD2P développe des technologies innovantes pour l'identification et la caractérisation de petites molécules actives. La plateforme intègre les dernières avancées de chem-informatiques dans ses stratégies de criblage et contribue à enrichir de nouvelles chimiothèques de petits composés. La mise en place de nouveaux essais de criblage ouvre des perspectives significatives pour l’élaboration de stratégies antivirales inédites.

Expertises et services

Plateforme de criblage Marseille-Luminy (PCML) :

Production et purification d’enzymes cibles,
Criblage enzymatique : miniaturisation, robotisation, développement d'essais,
Caractérisation biochimique,
Criblage d'inhibiteurs des interactions protéine-protéine ou protéine-ligand,
Fourniture de chimiothèques « maison » ou dédiées,
Synthèse de chimiothèques orientées et SAR.

Plateforme Interactions dynamiques et drug-design (INT3D) :

Modélisation moléculaire en 3D, alignement structural, mutagenèse virtuelle,
Simulations numériques,
Docking protéine-protéine et protéine-ligand,
Criblage in silico : docking à haut débit, recherche de similarité...
Chimie médicinale : optimisation « hit to lead », Q-SAR,
Gestion de base de données « maison » ou dédiées.

Plateforme de criblage virale Marseille-Timone (PCVMT) :

Criblage cellulaire : cellules infectées par des virus sauvages ou isolats cliniques, tests de résistance...
Expérimentation animale sur rongeurs de type souris et hamster.

Moyens et équipements

Criblage robotisé (PCML) :

Robots Beckman 4000 et I5 pour criblage 96 ou 384 puits.

Production et purification de protéines recombinantes (PCML, INT3D) :

Système AKTA Pure (PCML, INT3D),
Système FPLC (INT3D),
Incubateurs (PCML, INT3D).

Tests d’activité fluorescents (PCML, PCMVT, INT3D) :

Fluorimètres Tecan Safire 2 et Pherastar (PCML),
Fluorimètre Tecan Infinite M200 (PCVMT),
Fluorimètre Pherastar (INT3D),
Biorad CFX384 (INT3D).

Tests d’activité radioactifs (PCML) :

Laboratoire L2,
Compteur à scintillation Microbeta Filtermat Perkin,
Phospho-imageur Typhoon.

Tests cellulaires (PCVMT) :

Laboratoire NSB3 avec robot et lecteur de plaques,
Collection d’isolats cliniques,
Appareils à real-time PCR Quant Studio Qflex 12 et Applied 7900,
Extracteur Qiacube HT 96P.

Bio et chem-informatique (INT3D, PCML) :

Clusters de calculs (INT3D),
Base de données MBioLISM (PCML).

Chimiothèques (> 68 000 composés) :

Chimiothèque commerciale Prestwick (chimique, naturelle, pyridazine),
Chimiothèque National Cancer Institute (NCI) « Diversity »,
Chimiothèque Chembridge « Diversity set »,
Chimiothèques nationales : chimiothèque de l’Institut Curie, chimiothèques de Gif-sur-Yvette (ICSN et extraits naturels), chimiothèques nationales de Strasbourg et de Caen,
Chimiothèque Active Sight « Fragment based library »,
Chimiothèques dédiées à l’inhibition des interactions protéine-protéine ou protéine-peptide : 2P2I_3D, PPIChem, Life Chemical rule of four, extrait de la ChemDiv Eccentric,
Des composés développés par les collaborateurs de la plateforme AD2P dans le cadre de projets sont régulièrement ajoutés à cette base.

<hr>Les composés chimiques dissous dans du DMSO sont stockés en plaques 96 puits (ou 384 puits) pour constituer les chimiothèques.

<hr>Production sur système bactérien des protéines recombinantes nécessaires aux essais enzymatiques de la plateforme.

<hr>Laboratoire de type L2 pour le développement et la mise en œuvre de tests enzymatiques radioactifs (3H et/ou 32P).

<hr>Criblage robotisé de chimiothèques sur des tests d’activité radioactifs (3H) avec des enzymes virales (polymérases ou méthyltransférases).

<hr>Compteur à scintillation pour la détection de radioactivité (3H) dans les tests d’activité d’enzymes virales.

<hr>Fluorimètre Phérastar utilisé dans les tests d’activité ou d’interaction par technique de fluorescence, polarisation ou HTRF.

<hr>Fluorimètre Tecan-Safire2 utilisé dans les tests d’activité fluorescents (criblage ou IC50) basés sur la technique Picogreen.

<hr>PSM, lecteur de plaque et divers pipettes programmables en NSB3.

<hr>Robot dilueur et lyophilisateur de virus sous PSM en NSB3.

<hr>Robot d’extraction d’ARNs en plaque 96 puits Qiagen Qiacube HT.

<hr>Isocages indépendantes filtrées HEPA en NSB3+ pour la réalisation d'expérimentations animales.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à AD2P, contactez par mail le responsable de la plateforme avec laquelle vous souhaitez interagir, en décrivant votre projet : Jean-Claude Guillemot (PCML), Xavier Morelli (INT3D) ou Xavier de Lamballerie (PCVMT). Après étude de votre dossier, l’équipe concernée vous recontactera pour discuter de la faisabilité du projet, de la stratégie à mettre en œuvre, des coûts et des services que la plateforme peut vous offrir. Les délais de réalisation varient de quelques jours à plusieurs mois selon la nature de la demande.

Exemple d'utilisation

Identification de molécules inhibant les méthyltransférases virales

Des épidémies liées à des virus émergents comme celui de la Dengue ou du Syndrome respiratoire aigu sévère (SARS) frappent de manière récurrente la population. Les enzymes spécifiques à la réplication de ces virus constituent des cibles adaptées au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques. Dans le cadre d’une ANR, la plateforme AD2P a collaboré avec les entreprises Prestwick Chemical et Cisbio Bioassay pour identifier des composés chimiques potentiellement capables d’inhiber les méthyltransférases virales.

La plateforme PCML a produit et purifié les méthyltransférases des virus de la Dengue et du SARS, puis développé un essai robotisé de criblage avec la technologie HTRF (kit Cisbio Bioassay). Une chimiothèque de plus de 2 000 composés mise à disposition par Prestwick Chemical a ainsi été criblée. Les composés « hits leaders » ont été caractérisés biochimiquement. La plateforme PCVMT a déterminé leur toxicité et leur efficacité sur des isolats cliniques. Des familles de composés inhibiteurs ont pu être identifiées, ouvrant la voie au développement d’antiviraux ciblant de manière spécifique les méthyltransférases virales.

Pour en savoir plus : Aouadi W. et al. (2017). Toward the identification of viral cap-methyltransferase inhibitors by fluorescence screening assay. Antiviral Research, 144:330-339.