ATGC

La plateforme ATGC a la triple vocation de diffuser et valoriser les outils bioinformatiques développés au sein de la communauté montpelliéraine, de favoriser les collaborations entre partenaires informaticiens et biologistes, et d'apporter une aide à ces chercheurs grâce à la mise en place de services bioinformatiques en lien direct avec leurs travaux. ATGC met à disposition de la communauté des services en bioinformatique issus des travaux de recherche de l’équipe « Méthodes et algorithmes pour la bioinformatique (MAB) » du Laboratoire d'informatique, de robotique et de microélectronique de Montpellier (LIRMM).

L’essentiel des outils logiciels sont disponibles sur le site web de la plateforme et peuvent être exécutés directement en ligne sur une interface dédiée à partir de laquelle les utilisateurs peuvent charger leurs propres données. Les services proposés sont accessibles librement et gratuitement. Le site internet fournit également des interfaces spécifiques pour la présentation, l’analyse et l’aide à l’interprétation des résultats. Les calculs effectués lors de chaque analyse sont réalisés sur l'infrastructure informatique de la plateforme dont les serveurs sont hébergés par le LIRMM.

Expertises et services

Services en ligne pour les analyses de bioinformatique évolutive :

• Phylogénétique et phylogénomique,
• Sélection de modèles,
• Datation,
• Visualisation et annotation.

Services en ligne pour les analyses de génomique :

• Recherche de motifs de facteurs de transcription,
• Localisation de lectures sur un génome,
• Comparaison de marqueurs VNTR,
• Recherche de répétitions en tandem.

Autres services d'analyse hors ligne :

• Analyse de séquençages Ribo-seq (RRE, RSCU),
• Correction d'erreurs dans les reads de troisième génération (LoRDEC, LoRMA),
• Assemblage d'haplotypes de virus (SAVAGE),
• Placement métagénomique (RAPPAS)

Accompagnement pour l’analyse de données NGS :

• Transcriptome (RNA-seq),
• Traductome (Ribo-seq, POL-seq),
• Epitranscriptome (MERIP-seq, CLIP-seq),
• Génomique, pangénomique,
• Assemblage,
• Correction et analyse de long reads.

Formation continue :

• Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS) : 5 jours en mars,
• Phylogénie moléculaire : basique, 3 jours en mars, et avancée, 3 jours en octobre,
• Linux et script pour la bioinformatique : 2,5 jours en novembre,
• Bioinformatique pour la métagénomique : 2,5 jours en mai.

Moyens et équipements

• 2 clusters de calcul avec des espaces de stockage dédiés, totalisant 26 serveurs de calcul et 180 To de stockage.

Comment soumettre un projet ?

L’activité d’accompagnement de projets concerne principalement l’analyse de données NGS (service et conseil), et plus ponctuellement la génomique comparative ou l'analyse de marqueurs spécifiques (microsatellites, VNTR). Elle se concrétise généralement par des collaborations. Pour soumettre un projet à la plateforme ATGC, envoyez un mail à l’adresse atgc-hts@lirmm.fr.

Contact

ATCG
LIRMM, Campus Saint Priest
860 rue de Saint Priest
34095 Montpellier
Région : Occitanie+33 (0)4 67 14 97 62
lefort@lirmm.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Bioinformatique

TUTELLES : CNRS, Université de Montpellier

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique, IFB

LABELLISATION IBiSA : 2010

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Stéphane Guindon, Eric Rivals

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Vincent Lefort

MOTS CLÉS : Evolution, Phylogénie, Génomique comparative, Annotation fonctionnelle, Paludisme, HIV, Cancer, Transcriptome, Traductome, Epitranscriptome, Pangénome, Bioinformatique, Algorithmique, Combinatoire, Optimisation, Modélisation probabiliste, Apprentissage statistique, Structures de données, Indexation

Fiche mise à jour en 2022

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