Biogenouest Génomique

La plateforme Biogenouest Génomique est partagée entre trois sites du Grand Ouest. Elle regroupe la plateforme EcogenO de génomique environnementale et humaine de Rennes, la plateforme Génomique de Nantes et la plateforme Genomer de séquençage et génotypage de Roscoff. Biogenouest Génomique se consacre à la réalisation de projets de séquençage, comprenant la préparation des librairies avec leurs lots de contrôles qualité et purification, les séquençages NGS (Illumina principalement) et les analyses primaires de bioinformatique.

Les trois plateformes de Biogenouest Génomique bénéficient d’un environnement mêlant écologie et santé qui leur apporte synergie et complémentarité quant aux technologies et modèles utilisés. Elles se diversifient également dans le génotypage, la qPCR haut débit, les puces à ADN, et s’orientent vers le développement de technologies émergentes comme le single cell et l’étude des longs fragments d’acides nucléiques.

Expertises et services

Plateforme EcogenO de Rennes :

• Préparation de librairies et séquençage de masse,
• Conduite de projets en génomique, métagénomique, transcriptomique (dont snARN, miARN), méta-transcriptomique (RNA-Seq, déplété ou non), épigénétique, capture d’ADN, et amplicons,
• Multiplexage HiPlex d’ADN,
• Séquençage single cell,
• Analyse par qPCR à haut débit de l’expression de gènes et génotypage SNP,
• Mise à disposition d’équipements encadrée pour les utilisateurs,
• Analyse bioinformatique des données,
• Pre-processing, alignement, profil de transcriptome, différentiel d’expression et interprétation (annotation fonctionnelle).

Plateforme Génomique de Nantes :  

• Expression microarrays pour mARN et miARN,
• Génotypage arrays et SNP, 
• Séquençage NGS et WGS,
• Séquençage d’exomes, ciblés ou entiers, et d’amplicons,
• RNA-Seq,
• 3’RNA-Seq profiling, analyse primaire, analyse secondaire et interprétation des données,
• Analyse de données expert.

Plateforme Genomer de Roscoff :

• Préparation de librairies et séquençage à haut débit NGS,
• Conduite de projets en génomique : métagénomique, génome entier, amplicons…
• Mise à disposition d’équipements encadrée pour les utilisateurs,
• Séquençage Sanger et analyse de fragments,
• Analyse bioinformatique.

Moyens et équipements

Séquençage Sanger :

• ABI3130XL (2009).

Séquençage NGS (high throughput sequencing) :

• 4 MiSeq Illumina (2012, 2014, 2019),
• HiSeq 1500 (2013), HiSeq 2500 (2014),
• Novaseq Illumina,
• MinION (2018),
• Environnement informatique (mis à jour en 2015, 2016, 2017).

Pyroséquençage (fast DNA sequencing) pour la recherche clinique :

• PSQ 96MA (2007).

Robotique :

• 2 epMotion (2006, 2009),
• Zephyr 384-tip dispenser (2010),
• Starlet Hamilton (2013)
• Bravo Agilent (2015),
• Biomek NXp et Biomek 4000 Beckman Coulter (2016).

Analyse sur puces et microarrays :

• Lucidea spotter (2002),
• iScan Illumina (2009),
• GeneTitan MC Affymetrix (2011).

Quantification d’ADN et ADNc, SNPs, qPCR à haut débit :  

• qPCR 7900 HT (2006),
• 2 LightCycler 480 Roche (2010, 2012),
• dPCR EP1 Fluidigm (2012),
• Wafergen SmartChip Cycler et MSND (2016) unique in France.

Analyse d’ADN et ARN en microfluidique :

• 3 Bioanalyzer 2100 Agilent (2007),
• Agilent 2200 TapeStation System (2012),
• Caliper Labchip XT (2012).

Analyse en single cell :

• 10x Genomics (2018),
• Cellenion (2019) unique en France.

Sélection de taille :

• Pippinprep (2013).

Fragmentation d’ADN :

• Sonicateur ME220 Covaris (2017),
• Bioruptor Diagenode (2006).

Comment soumettre un projet ?

Biogenouest Génomique rassemble trois plateformes localisées sur trois sites de la région du Grand Ouest. Pour soumettre un dossier, adressez-vous directement à la plateforme qui semble le mieux correspondre à votre projet à Rennes, Nantes ou Roscoff.

Après étude de votre dossier, l’équipe concernée vous recontactera pour discuter de la faisabilité du projet et des services que Biogenouest Génomique peut vous offrir. Selon votre besoin, les trois plateformes peuvent être amenées à travailler ensemble sur le projet.

Exemple d'utilisation

Flygut : quantification des bactéries dans le microbiote intestinal de drosophile

Hervé Colinet, chargé de recherche au laboratoire Ecosystèmes, biodiversité, évolution (ECOBIO), a contacté la plateforme EcogenO de Rennes afin de développer une expérimentation de qPCR à très haut débit centrée sur le microbiote de drosophiles. L’objectif du projet était de mettre au point une méthode générique, simple et rapide pour quantifier les bactéries dominantes composant le microbiote intestinal de la mouche drosophile, dans le but de proposer un outil ou une prestation aux nombreux chercheurs travaillant sur ce modèle, au niveau local, national et international.

La plateforme EcogenO a commencé par tester et orienter le choix des amorces ciblant convenablement le microbiote, chacune s’hybridant à certains types de microorganismes. Grâce aux technologies de séquençage et de bioinformatiques dont dispose la plateforme, l’équipe a pu vérifier que les amorces sélectionnées s’hybridaient correctement et que l’amplicon était bien celui attendu. Le projet s’est terminé par un test final de qPCR à haut débit, utilisant le système SmartChip de Takara qui permet de traiter des quantités d’échantillons plus importantes que les technologies classiques, le tout en une seule fois.    

Contact

Biogenouest Génomique
EcogenO, UMS3343 OSUR
Université de Rennes 1
Campus de Beaulieu
35042 Rennes
Région : Bretagnephilippe.vandenkoornhuyse@univ-rennes1.fr
Site de la plateforme

 

THÉMATIQUES : Bioinformatique, Génomique, transcriptomique

TUTELLES : CNRS, CHU de Rennes, Sorbonne Université, Université de Nantes, Université de Rennes 1

LABELLISATION IBiSA : 2011

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES : Philippe Vandenkoornhuyse et Jean Mosser (Rennes), Richard Redon et Solena le Scouarnec (Nantes), Claire Daguin-Thiébaut (Roscoff)

RESPONSABLES TECHNIQUES : Sophie Michon-Coudouel et Marc Aubry (Rennes), Sophie Bonnaud (Nantes), Gwenn Tanguy (Roscoff)

MOTS CLÉS : Génomique environnementale, Génomique humaine, Génomique, Séquençage, Génotypage, NGS, WGS, Librairies, Bioinformatique, Sciences environnementales, Génomique marine, Ecologie, Evolution, single cell, longs fragments

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