Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB)

Le CBiB conçoit et met en œuvre des prestations de recherche pour l’analyse de données biologiques issues de productions à haut débit (génomique, protéomique, métabolomique. L’exigence d’analyser des données de grande volumétrie de façon rapide et fiable amène le CBiB à développer des méthodes de type big data et d’intelligence artificielle. Pour cela, le centre réunit les compétences nécessaires en informatique et bioinformatique. Il est équipé de moyens de calcul et de stockage adaptés.

Le CBiB est au service des laboratoires académiques et privés. Il répond de manière efficace et rentable à leurs besoins en bioinformatique. Ses équipes proposent des services de pointe pour le traitement de données biologiques et médicales, de leur acquisition à leur stockage, analyse et diffusion. Le CBiB dispose de ressources sécurisées et conformes aux standards internationaux. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, il offre des services complets pour l’étude de l'ADN, de l'ARN, les analyses de protéomique et de métabolomique.

Expertises et services

• Mise à disposition de programmes et bases de données publiques,
• Hébergement et exploitation d'applications et de données,
• Développement et maintenance de bases de données biologiques pour la génomique comparative et métabolomique,
• Développement de l'infrastructure et de logiciels pour la communauté de recherche, en particulier pour les données de NGS,
• Mise en place de techniques d’analyse de données à haut débit (big data),
• Bioanalyse et conseil pour des projets de bioinformatique et pour la mise en place de collaborations avec des équipes de recherche en bioinformatique, informatique et statistique sur les thématiques citées,
• Accueil et formation à l'utilisation d'outils bioinformatiques et à la programmation,
• Animation d’ateliers et de formations sur différentes thématiques de bioinformatique.

Moyens et équipements

Stockage :

• Stockage pour la production sur IBM Spectrum Scale, ~ 300 To utile,
• IBM Spectrum Scale (ex-GPFS) composé de 2 nœuds GPFS (Dell R730) et JBOD (Dell MD3460),
• Stockage pour la réplication du stockage de production basé sur GlusterFS, ~ 400 To sur site distant,
• Stockage pour la sauvegarde basé sur ZFS, 50 To, répliqué sur un site distant,
• Système de stockage distribué, projet MCIA-iRODS,
• Nœud de stockage de la solution INRAE AgroDataRIng.

Calcul :

• Cluster cortex : total de 25 nœuds de calcul (512 cœurs, 7.2 To RAM), 24 nœuds de calcul standard, Dell R630 (20 cœurs, 256 Go RAM), nœud de calcul big memory, Dell R630 (32 cœurs, 1 To RAM), 2 nœuds de login, Dell R630 (20 cœurs, 256 Go RAM),
• Portail Galaxy, serveur DELL PowerEdge R910 (32 cœurs / 64 threads, 128 Go RAM, 800 Go d'espace disque).

Virtualisation :

• Cluster Proxmox : 3 serveurs DELL PowerEdge R640 (2 CPU Xeon 4114, 20 cœurs, 256 Go RAM) et stockage dédié partagé (20 To).

Réseau :

• Accès Internet ~ 1 Gb/s (partagé) fourni par l’Université de Bordeaux,
• LAN Intel Omni-Path (données), 100 Gb/s,
• LAN Ethernet (administration), 10 Gb/s.

Infrastructure d'hébergement :

• Salle de 28m²,
• Confinement allée chaude,
• Groupe froid et free-cooling (~ 50% du temps),
• Echangeurs thermiques air/eau (réseau d’eau ~ 15°C),
• Onduleur à tolérance de panne d’une capacité de 48 kW n+1,
• Supervision de la salle : température, hygrométrie, fuite d'eau, consommation par prise, onduleur, groupe froid, LCP.

Comment soumettre un projet ?

Le CBiB est en accès libre pour les applications en ligne. Il intervient sur des projets nécessitant des travaux d’ingénierie ou de R&D, sous la forme de prestations de service ou de collaborations. Pour soumettre un projet, vous pouvez envoyer un mail à Macha Nikolski.

Lorsque le CBiB intervient en tant que prestataire de service, ses prestations font l’objet d’une facturation. Les prestations de recherche faisant appel à de l’ingénierie ou de la R&D imposent une rencontre préalable pour établir les besoins de l’utilisateur et définir le cadre des prestations dans un document de type fiche-projet. Les utilisateurs des ressources de calcul du CBiB au travers d’un compte machine authentifié doivent remplir et accepter la charte d’utilisation des moyens de calculs de la plateforme.

Exemple d'utilisation

Identification d’un biomarqueur diagnostique pour les adénomes hépatocytaires

Les adénomes hépatocellulaires (HCA) sont des tumeurs bénignes du foie pouvant évoluer vers un état cancéreux ou hémorragique. Il existe déjà une classification génétique et transcriptomique des HCA en quatre sous-groupes. Parmi ces groupes, les UHCA (unclassified) sont ceux pour lesquels on ne dispose pas de biomarqueur. Ils ressemblent aux hyperplasies nodulaires focales (HNF) qui ne présentent aucun danger pour les patients.

A la demande de Frédéric Saltel (BaRITon, Inserm U1053), le CBiB a mené des analyses protéomiques sur 10 UHCA et 3 HNF, à la fois dans le tissu tumoral et le tissu sain, pour déterminer si dans le groupe des UHCA, la population est uniforme. Il a ensuite comparé les profils protéiques des UHCA et des HNF, afin de définir les protéines utilisables en tant que biomarqueurs pour diagnostiquer et distinguer les deux types de tumeurs. Les analyses bioinformatiques réalisées ont permis d’identifier un biomarqueur suffisamment robuste pour être utilisé dès maintenant dans le diagnostic de ces tumeurs chez les patients.

Pour en savoir plus : Henriet E. et al. (2017). Argininosuccinate synthase 1 (ASS1): A marker of unclassified hepatocellular adenoma and high bleeding risk. Hepatology, 66(6):2016-2028.

Contact

Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB)
Université de Bordeaux, site Carreire
146 rue Léo Saignat, Case 68
33076 Bordeaux
Région : Nouvelle-Aquitaine+33 (0)5 57 57 16 83
macha.nikolski@u-bordeaux.fr
Site de la plateforme

 

THÉMATIQUES : Bioinformatique, bases de données

TUTELLES : Université de Bordeaux

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique, IFB

LABELLISATION IBiSA : 2008

CERTIFICATIONS :

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Macha Nikolski

RESPONSABLES TECHNIQUES :
David Benaben

RESPONSABLES QUALITÉ :
Alexis Groppi

MOTS CLÉS : Bioinformatique, Big data, Intelligence artificielle, Bioanalyse, NGS, Génomique, Transcriptomique, RNA-seq, Séquençage, Méthylation, Exome, Enrichissement, Réseaux, Protéomique, Analyse d’images, Bases de données, Métagénomique, Microbiome, Virome

Fiche mise à jour en 2022

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