Clic-Imaging

Clic-Imaging offre des prestations dans le domaine de l'imagerie moléculaire par spectrométrie de masse et de la protéomique tissulaire pour des applications en biologie et recherche clinique. La plateforme est ouverte aux laboratoires académiques, cliniques et industriels. Elle dispose d’une grande expérience et d'instruments de dernière génération pour la préparation d'échantillons, l'analyse en imagerie par spectrométrie de masse ou protéomique spatiale (spatially resolved proteomics) et l'analyse de données.

La plateforme est adossé au laboratoire PRISM, lui permettant de proposer une large gamme d’analyses et une expertise de haut niveau. Actuellement, elle oriente ses développements vers des approches innovantes pour l’analyse tissulaire à une résolution cellulaire en condition ambiante par imagerie MS et protéomique spatiale. Clic-Imaging s’intéresse également au développement d’une technologie pour l’analyse MS in vivo chez des organismes modèles (plantes, animaux) en laboratoire ou chez des patients en bloc chirurgical.

Expertises et services

• Imagerie par spectrométrie de masse MALDI et DESI,
• Profilage sur tissus par MALDI, DESI et SpiderMass,
• Analyse protéomique à grande échelle (bottom-up, shotgun, top-down),
• Analyse de partenaires d’interactions (PPI) protéine-protéine par cross-linking MS et BioID,
• Analyse de protéomique spatiale (spatially resolved proteomics) à partir de sections histologiques de tissus,
• Analyse de protéomique et imagerie MS à partir de grandes cohortes (> 100 échantillons),
• Quantification sans marquage pour la protéomique,
• Analyse des données de protéomique et d’imagerie MS avec des outils d’analyse statistique multivariés et de deep learning,
• Quantification absolue de composés dans les tissus par imagerie MS,
• Préparation d'échantillons pour l’imagerie par spectrométrie de masse (coupe, déparaffination, lavage, démasquage des antigènes, digestion enzymatique), indépendamment du mode de conservation des échantillons (frais, congelés, fixés, FFPE), pour tout matériel biologique tissulaire (organes, biopsies, coupes de tissus, organoïdes, sphéroïdes, plantes) et tout type d’analyse (métabolites, lipides, peptides, protéines),
• Préparation d'échantillons pour la protéomique à grande échelle (FASP, IST), indépendamment du mode de conservation des échantillons (frais, congelés, fixés, FFPE) et pour tout matériel biologique (fluides, organes, biopsies, coupes de tissus, organoïdes, sphéroïdes, vésicules extracellulaires),
• Production et quantification de vésicules extracellulaires à partir de fluides (sang, CSF),
• Mise à disposition des instruments de type MALDI pour des analyses de routine.

Moyens et équipements

Spectrométrie de masse :

• MALDI-TOF, imagerie à haut débit RapiFlex (Bruker),
• ESI/DESI/REIMS-QTOF Xevo G2-XS (Waters), imagerie DESI et analyse in vivo,
• MALDI/ESI LTQ-Orbitrap XL (Thermo Scientific), MALDI à haute résolution spectrale,
• MALDI-TOF/TOF Ultraflex II (Bruker Daltonics), imagerie MALDI,
• ESI LTQ-Orbitrap Elite (Thermo Scientific), protéomique,
• ESI Q-Orbitrap Q Exactive (Thermo Scientific), analyse protéomique à grande échelle shotgun et top-down,
• ESI-Q-TOF incluant une séparation par mobilité ionique et mode ETD de type SYNAPT G2S (Waters), lipidomique à grande échelle.

Chromatographie :

• NanoLC EASY-nLC II (Thermo Scientific),
• NanoUHPLC EASY-nLC 1000 (Thermo Scientific),
• NanoUPLC ACQUITY (Waters),
• HPLC Serie 200 (PerkinElmer).

Electrophorèse :

• CZE ProteoLab PA 800 (Beckmann Coulter).

Préparation d'échantillons :

• Système de micronébulisation Imageprep (Bruker Daltonics),
• Système de microdépôt piézoélectrique CHIP1000 microspotter (Shimadzu),
• Système de microextraction Triversa Nanomate avec option LESA (Advion) et mise à jour en LESAplus (Advion),
• Système de micronébulisation TM-Sprayer M3 (HTXImaging),
• Système de sublimation manuel (Sigma-Aldrich),
• Cryostat (Leica),
• Système de démasquage des antigènes (antigen retrieval system).

Bioinformatique :

• Data server PowerEdge T430 RAID6 32 To (Dell), Proteome Destroyer de 64 Gb 4 canaux DDR3 RAM et processeur 12 cœurs (OmicsComputing), station de calcul avec GPU Nvidia Tesla K20c (Lenovo),
• FlexImaging 4 (Bruker Daltonics), SCiLS Lab (SCils),
• Logiciels de traitement de données : Proteome Discoverer 2.1 (Thermo Scientific) avec XLinkX et ProSightPD 1.1, Scaffold 4.6 et perSPECtives (Proteome Software), Progenesis QI et Progenesis QI pour la protéomique (Nonlinear Dynamics), Suites Maxquant et Perseus.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à Clic-Imaging, prenez contact avec la plateforme par téléphone ou par mail à l’adresse isabelle.fournier@univ-lille.fr et décrivez votre projet (résumé, objectifs, échantillons...). Vous serez par la suite invité à faire une présentation lors d’une rencontre physique ou visioconférence.

Les projets sont évalués en interne par un comité. Lorsqu'une demande est validée, les moyens techniques sont précisés, un planning prévisionnel est établi et une proposition est adressée au responsable du projet. Pour les projets de grande complexité, une étude préliminaire est réalisée par la plateforme, à sa charge, sur un à trois échantillons, afin de vérifier la faisabilité avant l’engagement de l’étude complète. La proposition est accompagnée d'un devis sauf dans le cas où une collaboration scientifique est plus adaptée à la demande.

Cette procédure est valable pour les analyses en imagerie par spectrométrie de masse ainsi que pour les analyses protéomiques. Un spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF (Ultraflex II, Bruker) peut être utilisé en autonomie après formation. L’accès se fait sur réservation d'un créneau au moins 24 heures à l'avance et sous condition de disponibilité

Exemple d'utilisation

Etude protéomique et transcriptomique des mécanismes physio-pathologiques de l’acné pour l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques

Le projet Acné est issu d’une demande de la société PFDC souhaitant réaliser des études de protéomique à grande échelle, avec quantification relative sans marquage des protéines, pour comprendre les mécanismes physio-pathologiques associés à l’acné, en s’intéressant plus spécifiquement à la réponse inflammatoire survenant chez les patients. L’objectif était de réaliser des analyses protéomiques à grande échelle de type shotgun et d'intégrer les données à celles de transcriptomique déjà acquises par PFDC afin d’identifier des cibles thérapeutiques et améliorer la gamme de produits de traitement contre l’acné.

Les expériences de protéomique ont été réalisées à partir d’une cohorte de biopsies de 9 patients, incluant 3 prélèvements par patient (microkystes, papules et peau saine) dans le cadre d’une étude clinique mise en place par PFDC. Les résultats obtenus par la plateforme ont montré que la plupart des protéines identifiées comme étant les plus différentiellement exprimées entre les biopsies normales et acnéiques étaient liées à une réponse du système immunitaire accrue au niveau de la papule. Dans les microkystes, les protéines sont retrouvées mais en quantités moindres.

Ces résultats sont corroborés par l'identification d’un peptide antimicrobien, le peptide CAMP, produit par P. acnes uniquement dans les microkystes. L’identification exclusive de ce peptide au niveau des microkystes confirme son implication dans la pathogénèse au niveau des microkystes et non de la papule. Ceci suggère l’existence d’une réponse inflammatoire au stade papule, suivie par un déséquilibre de la production lipidique, déclenchant à son tour une prolifération accrue de P. acnes mais limitée aux microkystes. L’intégration des données de protéomique aux données de transcriptomiques a permis une validation croisée des résultats obtenus par protéomique.

Pour en savoir plus : Quanico J. et al. (2017). Proteomic and transcriptomic investigation of acne vulgaris microcystic and papular lesions: Insights in the understanding of its pathophysiology. Biochimica et Biophysica Acta, 1861(3): 652-663.

Contact

Clic-Imaging
U1192 PRISM, Bâtiment SN3
Cité scientifique, Université de Lille
59655 Villeneuve d’Ascq
Région : Hauts-de-France+33 (0)3 20 43 41 94
isabelle.fournier@univ-lille.fr
Site de la plateforme

 

THÉMATIQUES : Protéomique, Autres

TUTELLES : Centre Oscar Lambret, CHU de Lille, Inserm, Université de Lille

INFRASTRUCTURES NATIONALES : ProFI

LABELLISATION IBiSA : 2017

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Isabelle Fournier, Maxence Wisztorski

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Jean-Pascal Gimeno

RESPONSABLES QUALITÉ :
Maxence Wisztorski

MOTS CLÉS : Imagerie par spectrométrie de masse, Protéomique spatiale, Imagerie MALDI, MS in vivo, MALDI-TOF, DESI, Orbitrap, Q-TOF, Shotgun, Bottom-up, Top-down, Cross-linking MS, Marquage de proximité (BioID/TurboID), Analyses à large échelle, Clinique, Biologie, Cancer

Fiche mise à jour en 2022

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