Transcriptomique et génomique Marseille Luminy (TGML)
Séquençage à haut débit et analyse de données dans le domaine de la génomique.
Transcriptomique et génomique Marseille Luminy (TGML)
Séquençage à haut débit et analyse de données dans le domaine de la génomique.
Transcriptomique et génomique Marseille Luminy (TGML)
Depuis 20 ans, la plateforme TGML est un acteur majeur de la génomique. Hébergée au sein du laboratoire Théories et approches de la complexité génomique (TAGC) sur le campus de Luminy d’Aix-Marseille Université, elle est ouverte aux équipes de recherche du public et du privé, en France et à l’étranger. Elle offre ainsi une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du transcriptome et de la génomique fonctionnelle. Ses ingénieurs assurent la construction de librairies, le séquençage et l’analyse des données.
Labellisée par le GIS IBiSA et Aix-Marseille Université, la plateforme TGML est intégrée à l’infrastructure nationale France Génomique, et depuis peu, à l’Institut Marseille maladies rares (MarMaRa). La confiance de ces institutions est liée au modèle développé par la plateforme, qui repose sur une forte expertise, une standardisation des procédures et une ouverture totale à la communauté scientifique.
Depuis sa création, la plateforme est également fortement impliquée dans l’enseignement de la génomique, en particulier dans les Bouches-du-Rhône. Elle intervient notamment dans le projet Master of excellence et intègre les plateformes interdisciplinaires d’enseignement et de recherche (TRIPS) qui visent à renforcer l'enseignement des étudiants de licence, master et doctorat par la recherche. Chaque année, elle dispense des formations à l’école de bioinformatique de Roscoff et à l’international, par exemple au Mexique, en Algérie, en Thaïlande, au Brésil ou au Liban.
Expertises et services
- Construction de librairies de séquençage ChIP-Seq,
- Construction de librairies de séquençage RNA-Seq : sélection poly(A) et ribo-déplétion,
- Construction de librairies de séquençage miRNA-Seq,
- Construction de librairies avec le Chromium X,
- Transcriptomique spatiale avec le Visium CytAssist,
- Séquençage à haut débit,
- Analyse bioinformatique des données produites.
Moyens et équipements
- Séquenceur NextSeq 2000 (Illumina),
- Automate de microfluidique Chromium X (10x Genomics),
- Système Visium CytAssist (10x Genomics),
- Robots Qubit (LifeTechnologies), NanoDrop (Thermo Fisher Scientific) et Fragment Analyzer (Advanced Analytical),
- Compteur de cellules Countess II FL (Thermo Fisher Scientific),
- Cluster de calcul avec 24 nœuds, 384 cœurs, 3 To de RAM et baie GPFS de 293 To pour le stockage des données.
Comment soumettre un projet ?
Pour soumettre un projet à TGML, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse tgml.tagc@inserm.fr ou remplir le formulaire mis à votre disposition en ligne sur le site web de la plateforme. Une réponse vous sera apportée dans les meilleurs délais.
Contact
TGML
Bâtiment TPR2, niveau -1
163 avenue de Luminy
13288 Marseille
Région : Provence-Alpes-Côte d'Azur
+33 (0) 4 91 82 87 13
tgml.tagc@inserm.fr
Site de la plateforme
THÉMATIQUES : Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique
RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Beatrice Loriod, Denis Puthier
RESPONSABLES TECHNIQUES :
Béatrice Loriod
RESPONSABLES QUALITÉ :
Béatrice Loriod
CERTIFICATIONS :
TUTELLES : Aix-Marseille Université, Inserm
INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique
LABELLISATION IBiSA : 2008
MOTS CLÉS : Séquençage à haut débit, NGS, ARN, ADN, Bioinformatique, Génomique, Transcriptomique, Transcriptomique spatiale, Single cell
Fiche mise à jour en 2025
