Bordeaux imaging center (BIC)

Plateforme d’imagerie cellulaire et composante de l’infrastructure nationale France-BioImaging, le BIC est une unité mixte de service rattachée au CNRS, à l’Inserm et à l’Université de Bordeaux. Il offre des ressources en imagerie photonique et électronique, principalement dans le domaine de la biologie, de la santé, du végétal et des biomatériaux. Il fournit des équipements et expertises pour la préparation des échantillons et l'acquisition d'images.

Le BIC propose un accès aux techniques les plus avancées de bioimagerie pour l'imagerie cellulaire fixe et vivante, comme la vidéomicroscopie, la microscopie confocale, multiphotonique, électronique à transmission et à balayage. Il dispose d’un ensemble unique d'équipements haut de gamme pour la microscopie de super-résolution (STED, SMLM et FLIM). Le BIC présente aussi une forte expertise dans les études ultra-structurelles et un savoir-faire en cryo-analyse d'échantillons biologiques, analyse par microscopie électronique (2D, 3D) et analyse chimique.

Expertises et services

• Mise à disposition d'équipements de microscopie électronique et photonique,
• Prise en charge partielle ou totale de projets : préparation d'échantillons, immunomarquage, acquisition d’images, analyse et interprétation,
• Mise en place de formations nationales ou régionales en microscopie et imagerie en collaboration avec le CNRS et l’Inserm,
• Formation à l’utilisation des équipements de préparation d’échantillons, des microscopes et des outils dédiés à l’analyse d’images,
• Imagerie photonique : FLIM, FRET, FRAP, décageage, suivi de particules et molécules uniques, super-résolution PALM, STORM ou GSD, par réflectance et feuillet de lumière,
• Imagerie électronique : MET en haut contraste ou haute résolution, imagerie 3D par tomographie MET, imagerie chimique par microanalyse X (EDS), imagerie par MEB en haut vide ou pression contrôlée associée à l’EDX, imagerie MEB par cryo-observation, imagerie 3D-MEB par serial block-face imaging (3ViewXP2), imagerie STEM par MEB ou MET,
• Microscopie corrélative photonique électronique (CLEM) en mode conventionnel et cryo,
• Préparation d’échantillons : méthodes conventionnelles, coupes semifines et ultrafines, préparation de grilles membranées, détallisation et dessication au point critique, coloration négative et contraste, transparisation d’organes entiers par U-DISCO, cryo-préparation (cryo-fixation sous haute pression, cryo-substitution par PLT et cryo-ultramicrotomie), immunodétection (méthode de Tokuyasu, pré ou post-enrobage),
• Analyse d’images en 2D et 3D : développement d’automatisations de traitement ou de nouvelles fonctionnalités, représentation 3D d’ultrastructures tissulaires ou cellulaires, analyse par microscopie corrélative de la localisation de protéines fluorescentes au niveau d’ultrastructures subcellulaires, reconstruction d’images en 3D et déconvolution, 
• Segmentation, classification et caractérisation d’objets, notamment par apprentissage par ordinateur.

Moyens et équipements

Imagerie photonique :

• 3 microscopes plein champ à épifluorescence,
• Vidéomicroscope,
• Macroscope,
• Ultramicroscope,
• 4 microscopes confocaux,
• 2 microscopes multiphotoniques équipés pour électrophy ou FLIM,
• Microscope confocal à ultra-haute résolution (STED),
• Vidéomicroscope combinant un spinning disk équipé de FRAP,
• 2 spinning disks équipés de FRAP et FLIM ou d’un module Live-SR,
• Microscope TIRF dédié au PALM et équipé de FRAP,
• Microscope de super-résolution GSD,
• Microscope à feuille de lumière lattice light-sheet,
• Scanner de lames.

Imagerie électronique :

• 3 microscopes électroniques en transmission (MET) dont 1 haute résolution,
• 2 microscopes électroniques à balayage (MEB) dont 1 haute résolution,
• Unité de cryo-fixation haute pression,
• 2 automates de cryo-substitution,
• 4 ultramicrotomes dont 1 cryo-ultramicrotome,
• Automate d’inclusion conventionnelle,
• 2 métalliseurs,
• Appareil à contournement du point critique (CPD).

Imagerie du végétal :

• Microscope MET 120 kV équipé pour la tomographie et cryo-observation,
• Système de cryo-fixation sous haute pression (EM-Pact Leica),
• 2 systèmes de cryosubstitution (AFS Leica),
• Microscope confocal avec module Fast Airyscan et cryo-platine,
• 2 microscopes à épifluorescence,
• 2 ultramicrotomes, microtome et vibratome,
• Macroscope à épifluorescence.

Traitement et analyse d’images :

• Imagerie photonique : 4 stations de traitement d’images équipées de logiciels pour l'analyse 2D (MetaMorph, MatLab), la déconvolution (AutoQuant), l'analyse 3D (Imaris), la reconstruction 3D (Arivis Vision 4D) et la déconvolution des images STED (Huygens, SVI), 
• Imagerie électronique : logiciels pour l’analyse d'images (Digital Micrograph3D_REC, ImageJ, Photoshop, Etomo-Imod, Ilastik), 
• Imagerie du végétal : logiciels pour la déconvolution (ImageJ, Image-Pro Plus, Autoquant), la tomographie (Xplore 3D, IMOD) et la visualisation 3D (Amira), serveur de base de données images en cours de test et déploiement dans le cadre de l’infrastructure nationale France-BioImaging (non ouvert aux utilisateurs).

Comment soumettre un projet ?

La plateforme BIC met à disposition des équipements scientifiques sous la forme de séances de durée libre ou forfaitaire (1 et 3 heures) ou de contrats annuels multi-séances. Pour être autonomes, les utilisateurs doivent au préalable suivre une formation. Pour toute demande de travaux ou de mise à disposition d’équipements, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse bic@u-bordeaux.fr ou vous rendre sur le site de la plateforme. Pour les demandes de traitement d’échantillons, une prise de rendez-vous avec le responsable technique concerné du BIC, ou un personnel délégué, est obligatoire afin d’établir une stratégie d’analyse et mettre au point les conditions de préparation des échantillons.

Exemple de projet

Accueil d’un utilisateur européen sur la plateforme

En Janvier 2025, une doctorante du Centre de biologie moléculaire Severo Ochoa (CBMSO) a contacté le pôle photonique de la plateforme BIC pour solliciter un séjour de plusieurs mois dans le cadre de sa thèse. Pendant ce séjour, elle souhaitait mettre en place des méthodes de microscopie d’expansion sur des échantillons humains.

L’objectif de son doctorat était de comprendre le rôle de l’environnement, composé par la microglie, les astrocytes, les oligodendrocytes et les neurones immatures, dans la neurogènèse des hippocampes adultes. L'étudiante avait besoin d’une technique d’imagerie de super-résolution afin d’étudier le processus de phagocytose de la microglie. Ses travaux pourraient avoir un impact sur la compréhension du vieillissement physiologique mais aussi des maladies neurodégénératives. Il a en effet été décrit que le taux de phagocytoses de la microglie était perturbé dans la maladie de Parkinson, la sclérose latérale amyotrophique, la maladie de Huntington et la maladie d’Alzheimer.

Les experts de la plateforme ont proposé d'utiliser la technique de microscopie d’expansion pour mener à bien ce projet. Ils ont ensuite évalué la méthode d’expansion le plus adaptée à des échantillons marqués au préalable pour répondre à la question biologique posée, puis organisé la venue de l’étudiante pour développer une expérience sur ses propres échantillons. La doctorante a été formée à la préparation des échantillons, à l’acquisition d’images et à leur analyse. En complément de la thèse, un article impliquant le BIC est en cours de rédaction.  

Contact

Bordeaux imaging center (BIC)
146 rue Léo Saignat
33000 Bordeaux
Région : Nouvelle-Aquitaine+33 (0)5 57 57 17 61
bic@u-bordeaux.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Expérimentation végétale, Histologie, anatomopathologie, Imagerie cellulaire, Autres

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Daniel Choquet

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Christel Poujol, Etienne Gontier, Lysiane Brocard, Fabrice Cordelières

TUTELLES : CNRS, Inserm, Université de Bordeaux

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France-BioImaging

LABELLISATION IBiSA : 2008

MOTS CLÉS : Imagerie cellulaire, Imagerie tissulaire, Microscopie photonique, Macroscopie, Imagerie par feuille de lumière, Développement optique, FRAP, FRET, FLIM, STED, PALM, Détection de molécules individuelles, Super-résolution, Microscopie in vivo, Microscopie multiphotonique, Cryo-CLEM, Microscopie électronique, Microscopie en transmission, Tomographie électronique, Analyse chimique par EDS, Microscopie à balayage, Cryo-observation, 3D-MEB, Analyse d’image en 2D et 3D, Segmentation, classification et caractérisation d’objets, Apprentissage par ordinateur

Fiche mise à jour en 2025

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