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Bordeaux Metabolome
Responsable : PETRIACQ Pierre • Responsable Tech. : FOUILLEN Laetitia VALLS Josep
Adresse : Plateforme Bordeaux Metabolome,
INRAE Bordeaux-Aquitaine, Site de Villenave d'Ornon, IBVM
CS20032
33140 Villenave d'Ornon-Bordeaux

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

https://metabolome.cgfb.u-bordeaux.fr/

Presentation de la plate-forme

La Plateforme Bordeaux Metabolome, portée via ses UMR d’adossement à trois tutelles (INRA, CNRS et Université de Bordeaux) est une structure labélisée IBiSA en 2008 puis reconnue Plateforme Stratégique par l'INRA en 2008, Plateforme Stratégique Nationale en 2013 et Infrastructure Scientifique Collective (ISC) en 2018. Elle a récemment été labellisée Plateforme de Recherche par l’Université de Bordeaux (Juillet 2019) car fortement impliquée dans les thématiques de recherche locales.
La Plateforme participe à cinq Projets d'Investissement d'Avenir dont 2 projets Infrastructures : Phenome-Emphasis et sa déclinaison européenne EPPN2020, et MetaboHUB qui est coordonné en local (Phenome et MetaboHUB ayant reçu une évaluation très positive par l’ANR en 2019), ainsi que 3 projets BioTechnologies et BioRessources BTBR : Amaizing, Breedwheat et Sunrise. S’agissant d’une ISC, le modèle économique est celui d’une répartition des coûts de fonctionnement et de logistique entre les utilisateurs et la Plateforme, avec une gestion transparente et analytique. La Plateforme a pour vocation de satisfaire les besoins en métabolomique et lipidomique liés aux activités de recherche de laboratoires académiques et privés. Elle est ouverte à l'ensemble de la communauté pour la réalisation de collaborations et la mise à disposition de services, d’équipements et d'expertise.

EXPERTISES ET SERVICES :
Métabolomique végétale :
• Quantification des métabolites polaires majeurs par RMN-1H d’extraits polaires,
• Réalisation et analyse d’empreintes métabolomiques par RMN-1H d’extraits polaires,
• Caractérisation de profils métabolomiques par RMN multidimensionnelles d’extraits polaires,
• Quantification des métabolites majeurs de vins par qRMN-1H ; applications pour l’identification et classement de vins,
• Réalisation et analyse d’empreintes métabolomiques par LC-Orbitrap-MS d’extraits semi-polaires,
• Analyse ciblée et quantification de métabolites par LC-QTRAP-MS,
• Analyse ciblée (screening) et quantification de polyphénols (et autres métabolites d’intérêt) par LC-QQQ-MS.

Lipidomique végétale :
• Extraction de lipides (phospholipides, lipides neutres, sphingolipides…),
• Quantification d’acides gras, de cires et polymères lipidiques par GC-FID ou GC-MS
• Quantification de classes de lipides par TLC -GC-FID ou GC-MS
• Quantification relative des espèces complexes de lipides (Sphingolipides, lyso et phospholipides, phytostérols et stérols complexes, lipides neutre) par ESI-MS/MS ou LC-MS/MS.
• Caractérisation de lipides végétaux, détermination de la localisation des acides gras sur les lipides complexes par ESI-MSn

Identification de composés :
• Détermination structurale de polyphénols (et d’autres métabolites d’intérêt) par HRMS et ITMS,
• Détermination structurale de polyphénols (et d’autres métabolites d’intérêt) par RMN et LC-RMN,
• Étude des interactions polyphénols/protéines par RMN et/ou MS.

Phénotypage biochimique :
• Dosage robotisé en microplaques : protéines totales, amidon, saccharose, glucose, fructose, malate, fumarate (sous réserve), citrate, acides aminés libres totaux, glutamate, proline, chlorophylles a et b (à partir d’une extraction),
• Dosage de polyphénols par HPLC-UV/visible, LC-MS ion trap, LC-MS QQQ,
• Dosage de composés redox majeurs en microplaques.

Étude du métabolisme :
• Mesure robotisée d’activités enzymatiques du métabolisme central (glycolyse, cycle de Krebs ou TCA, cycle de Calvin, pentoses phosphates, saccharose, assimilation de l’azote, redox),
• Réalisation de spectres RMN pour la mesure d’enrichissements isotopiques C13 de composés sur des fractions, et pour le calcul de flux métaboliques.
• Études de biodisponibilité (quantification de métabolites par LC-QQQ-MS et/ou LC-HRMS)

Mise à disposition d’équipements après habilitation :
• Lecteurs de microplaques (340 nm, 405 nm, 520 nm, 570 nm et 600 nm), robots de cryo-broyage et cryo-pesée,
• Spectromètre RMN 600 MHz et système LC-MS ion trap,
• Spectromètre RMN 500 MHz et passeur BACS-120,
• Equipements pour des analyses de métabolites ou lipides : UHPLC-DAD, LC-QTRAP-MS et LC-MS-Orbitrap, GC-FID, GC-MS, UHPLC-fluorimètre, Linomat, densitomètre, évaporateurs.

Prestations connexes :
• Réalisation d’étude de faisabilité,
• Analyse de résultats,
• Gestion et archivage de données et métadonnées métabolome : bases de données et de connaissances dont MeRy-B
• Progiciel de gestion et archivage de données de mesure robotisée d’activité enzymatique à haut débit (LIMS Plato),
• Accueil individuel et personnalisé de scientifiques, formation aux technologies et outils de métabolomique (analyse et traitement de spectres, NMRProcFlow) et de phénotypage métabolique (analyse et statistiques),
• Encadrement de master et doctorants (formation initiale),
• Organisation d’ateliers et de journées scientifiques.

Le système de Management de la Qualité de la Plateforme a été certifié ISO 9001:2008 par l'organisme LRQA de 2013 à 2015, et se base actuellement sur ce référentiel.

Moyens et equipements

- Spectromètre de AVANCE III RMN 500 MHz (nouveau cryoaimant installé en mars 2019), 2001, électronique 2010), station d’acquisition et sondes (2010, Sonde RMN Bruker BBI ATMA 5 mm, Sonde RMN Bruker BBFO+ ATMA 5 mm, Sonde RMN Bruker BBO+ ATMA 10 mm) et passeur BACS-120. Robot BTpH (2012)

- Spectromètre AVANCE III RMN 600 MHz et son environnement avec 3 sondes (BBO H-D-Z, TXI H-C/N-D 5mm, et LC SEI 60 µL), LC et interface LC-RMN, et Système SPE pour LC-RMN et RMN (2008). Robot BTpH (2018)

- Système UHPLC-UHRMS LTQ Orbitrap (2014)
- Interface TLC-MS (2016)

- Systèmes UHPLC-QTRAP5500 et nanoLC-QTRAP6500 SCIEX (2017)

- Chaîne LC-MS QqTOF Dionex-Bruker et Station de retraitement LC-MS (2007)

- Chaîne LC-MSn ion trap Bruker (2007)

- Chaînes GC-MS Agilent (2006, 2016) et GC-FID (2016)

- Systèmes robotisés de mesures à haut débit: robot de cryopesée, robots pipeteurs, capper-decapper, modules de contrôle de température, 11 lecteurs de microplaque UV/visible, 1 lecteur de microplaque multifonction, serveur de stockage et PC de contrôle dédiés (2009-2012-2013-2014-2016)

- Spectromètre NIRS TANGO Bruker (2019)

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