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Genomic Paris Centre
Responsable : Stéphane Le Crom / Alain Nicolas • Responsable Tech. : Laurent Jourdren – Génomique ENS – 100% Sylvain Baulande – Génomique IC - 100 % Bertrand Ducos – qPCR-HD-GPC ENS - 20 %
Adresse : Plateforme Génomique
Institut de Biologie de l'École normale supérieure (IBENS)
46, rue d'Ulm
75005 Paris

complements

Certifications

  

Site web

https://genomique.biologie.ens.fr/

Presentation de la plate-forme

Génomique ENS : spécialisation en génomique fonctionnelle eucaryote
- Analyse du transcriptome (RNA-seq) à partir de faible quantité de matériel
- Immuno-précipitation de la chromatine (ChIP-seq)
- Analyse sur cellules uniques
- Séquençage de lectures longues
- Mise au point de nouveaux outils d'analyses et de pipeline d'automatisation
- Analyse des données de RNA-seq jusqu'à l'analyse différentielle des gènes exprimés (avec un génome de référence)

Séquençage haut débit, Institut Curie
- Génomique : Séquençage de génome (WGS) et d’exome (WES) complet, séquençage de panels de gènes (Capture-Seq / Amplicon-Seq)
- Transcriptomique : Séquençage du transcriptome (RNAseq sur mRNA, total RNA, small RNA, FFPE RNA, faible quantité, single cell RNA)
- Epigénomique : Caractérisation pan-génomique des marques d’histones et sites de fixation de facteurs de transcription (ChIPseq), Méthylation de l’ADN (WGBS-seq), étude des régions ouvertes de la chromatine (ATAC-seq), conformation de l’ADN (HiC, Capture-C, 5C).
- Développement autour de la technologie de séquençage long-reads PacBio (séquençage mRNA pleine longueur, séquençage ciblé de grandes régions génomiques : phasing de variants et recherche de variations structurales, méthylation de l’ADN).
- Mise en place de pipelines bioinformatiques d’analyse de long-reads PacBio

PCR quantitative à haut débit par microfluidique, ENS :
- Analyses génomiques et transcriptomiques à partir de faible quantité de matériel : expression des gènes, CNV, PCR digitale, Genotypage, reséquençage ciblé, quantification des protéines (O-LinkTM)
- Analyses sur cellules uniques
- Préparation du matériel génomique : extraction et purification
- Contrôles qualités
- Développement de pipelines bioinformatiques adaptés aux données haut débit

Moyens et equipements

Contrôle qualité des échantillons :
- Électrophorèse capillaire – Bioanalyzer 2100 (Agilent), Fragment Analyzer (Agilent), LabChip Touch (PerkinElmer)
- Spectrophotomètre à UV – Nanodrop ND-1000 (Thermo Scientific)
- Fluorimètre – QuBit 3 (Invitrogen), Infinite F200 Pro (Tecan)
- qPCR : CFX96 Touch real time PCR (BioRad)

Automatisation et préparation des échantillons :
- Robot pipeteur Biorobot 8000 (Qiagen)
- Système de préparation de banques IP STAR (Diagenode)
- Ultra-sonicateur – S220 et ME220 (Covaris)

Microfluidique (cellules uniques) :
- C1 (Fluidigm)
- Chromium (10XGenomics)

Séquençage à Haut Débit :
- MiSeq x 2 (Illumina)
- HiSeq 2500 (Illumina)
- NextSeq 500 (Illumina)
- NovaSeq 6000 (Illumina)
- Sequel (Pacific Biosciences)
- MinION (Oxford Nanopore Technologies)

qPCR-HD :
- Système Biomark HD (Fluidigm)

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