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PLATEFORME DE SEQUENCAGE DE L'I2BC (PSI2BC)
Responsable : Claude THERMES • Responsable Tech. : Erwin van DIJK (100%)
Adresse : Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
1 Avenue de la Terrasse
91198 Gif-sur-Yvette

complements

Certifications

  

Site web

https://www.i2bc.paris-saclay.fr/spip.ph...

Presentation de la plate-forme

La Plateforme de Séquençage de L'I2BC (Institut de Biologie Intégrative de la Cellule) est accessible à tous utilisateurs académiques et industriels. Elle prend en charge l’intégralité des prestations, de la préparation des librairies, le séquençage, jusqu'à à l’analyse primaire des données. Elle propose à ses utilisateurs une large gamme de techniques pour la préparation de banques ADN et ARN et leur séquençage. Elle propose également des analyses bioinformatiques : cartographie, stockage des données et divers types d’analyses plus avancées qui sont définies en accord avec les utilisateurs. Dans certains cas, pour des projets plus complexes, une collaboration peut être mise en place.
Qualité : la plateforme est certifiée ISO9001 depuis 2015 et NFX 50-900 depuis 2017. Elle réalise chaque année une enquête de satisfaction auprès de ses utilisateurs.

La plateforme traite environ 130 projets/an :

1. Échantillons d'ADN
* Séquençage de novo, re-séquençage, recherche de variants, SNP, indels, remaniements chromosomiques :
- avec la technologie Illumina seule (paired-end, mate-pair)
- avec la technologie nanopore seule (GridION)
- avec les deux technologies (Illumina, GridION) couplées
* Séquençage de fragments ultra-longs avec la technologie nanopore (GridION)
* Détection de l'ADN méthylé 5mC et 6mA avec le GridION
* Tn-seq
* ChIP-seq

2. Échantillons d'ARN
* RNA-seq, miRNA-seq, transcrits différentiellement exprimés
* Identification d’extrémités 5’ d’ARNs
* Séquençage de cDNA avec le GridION : identification de transcrits alternatifs
* Séquençage direct d'ARN avec le GridION : identification de transcrits complets, de transcrits alternatifs

Pour plus d'information : https://www.i2bc.paris-saclay.fr/spip.php?article399

Moyens et equipements

Illumina NextSeq 500
Illumina MiSeq
MinION (Oxford Nanopore Technologies)
GridION (Oxford Nanopore Technologies)
Robot Beckman Coulter SPRIworks
Sonicateur Covaris
Bioanalyzer, Qubit
Bluepippin

Galerie

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