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GeT - Genome et Transcriptome
Responsable : Denis Milan • Responsable Tech. : Cécile Donnadieu (GeT-PlaGe), Marie-Ange Teste (GeT-Biopuces), Jean-José Maoret (GeT-Santé), Yannick Lippi (GeT-TRIX)
Adresse : Centre INRA
BP52627
Auzeville
31326 Castanet-Tolosan
31326 Toulouse

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

http://get.genotoul.fr/

Presentation de la plate-forme

La plateforme Génome et transcriptome (GeT) de Genotoul, est une plateforme multisites présente sur 4 sites à Toulouse. Elle a pour mission de mettre à la disposition des équipes de recherche publiques et privées une expertise, des méthodologies et des outils dans les domaines de la Génomique et de la Transcriptomique.

GeT propose une expertise adaptée à vos projets de:
1) Séquençage haut et très haut débit, courts et longs fragments
2) Génotypage
3) Transcriptomique sur microarray ou séquençage NGS
4) Analyses bioinformatiques et statistiques de certaines données biologiques

EXPERTISE ET MOYENS HUMAINS :
La plateforme GeT compte aujourd’hui plus de 35 personnes, avec des compétences en biologie, bioinformatique, informatique et statistique. La gestion administrative et financière est assurée en interne . En fonction du site et de sa communauté de proximité, ses personnels sont experts dans différents domaines : Agronomie, Environnement, Ecologie, Microbiologie, Toxicologie, Santé.

Chaque responsable de site « ambassadeur » peut orienter les scientifiques de sa communauté vers les technologies les plus adaptées indépendamment de la localisation de l’équipement. En fonction du projet et du type de partenariat proposé à l’équipe de recherche, la plateforme peut réaliser un accompagnement plus approfondi sur l’analyse des données bioinformatiques et biostatistiques.

En plus de ces personnels dédiés, GeT accueille sur des périodes plus ou moins longues des personnels mis à disposition d’équipes de recherche ou de laboratoires pour la réalisation de leurs programmes.

RESEAUX, PARTENAIRES, LABELS ET QUALITE :
GeT est l'une des 12 plateformes du GIS Genotoul. GeT fait partie des plateformes stratégiques de l'INRA (CNOC : Commission Nationale des Outils Collectifs). Dans le cadre du Projet Investissement d’Avenir France-Génomique, elle fait partie des 7 plateformes, en complément du Génoscope et du CNRGH d'Evry), identifiées comme point d'appui national des équipes de recherche dans le domaine du séquençage nouvelle génération (NGS). Deux de ses sites fondateurs ont été labelisés IBiSA (Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie) depuis 2008 et sont certifiés ISO9001-2008 et NFX50-900. Ils sont regroupés au sein d'un même label IBiSA renouvelé en 2016. Au travers du laboratoire LISBP, GeT est également partenaire de la plateforme européenne ESFRI IBiSBA.

Les Plateformes GeT et Bioinformatique (INRA, C. Gaspin & C. Klopp - http://bioinfo.genotoul.fr) ont un partenariat historique (depuis 2001), qui a été renforcé avec la mise en place du NGS dès 2008. La plateforme Bioinformatique fournit l’infrastructure matérielle et logicielle pour le stockage et la sauvegarde des données, ainsi que les compétences en administration système. Nous co-développons le portail NG6, qui permet de mettre à disposition des équipes de recherche les données NGS validées qualitativement au travers de pipelines d’analyse uniformisés (http://ng6.toulouse.inra.fr). L’analyse qualitative des données issues des différents séquenceurs (Illumina HISEQ et MISEQ, PacBio RSII) est assurée en routine par le personnel biologiste de GeT, lui permettant d'avoir une vision globale depuis le montage du projet jusqu'au rendu des résultats. L'infrastructure de la plateforme bioinformatique nous permet d'assurer sereinement l'intégration de nouvelles machines ou l'augmentation des débits constants.

Pour son fonctionnement interne, GeT a déployé sur le site PlaGe le LIMS NGL développé par les plateformes nationales d'Evry. Il collabore depuis 3 ans à son développement.

EVOLUTION :
Depuis 2015, en plus du très haut débit sur les « Short Reads », la plateforme s’est positionnée sur le séquençage « Long Reads ». En 2015 nous avons mis en place une technologie à l'époque unique en France, avec le RSII de la société Pacific Biosciences. Depuis 2017, GeT propose dans ce domaine les technologies Oxford Nanopore à moyen débit sur GridION et haut débit sur PromethION. Grâce a des soutiens nationaux et régionaux, et pour répondre aux attentes des équipes de recherche, GeT investit fortement dans différents développements dans les domaines de la génomique, de l'épigénétique et de la métagénomique.

GeT est maintenant largement reconnue, elle accueille plus de 480 projets par an pour plus de 300 équipes de recherche investies dans un très large panel de domaines : animal, végétal, santé et environnement. GeT est coauteur d'une cinquantaine de publications par an.

Moyens et equipements

Principaux matériels :
• Séquenceur PromethION d'Oxford Nanopore (2018)
• Séquenceur Illumina Novaseq6000 (2018)
• Séquenceur Gridion d'Oxford Nanopore (2017)
• Séquenceurs Illumina Hiseq 3000 (2016)
• Séquenceur S5 d'Ion Torrent (2016)
• Séquenceurs Illumina MISEQ (4 machines en 2011, 2014, 2016 & 2018)
• Chromium de 10X Genomics (2016)
• Séquenceur Minion d'Oxford Nanopore (3 appareils, 2016)
• Séquenceur ABI3730 (2005)

• Amplicons en nanovolume Acces Array (2014)
• Quantification ADN-ARN Fragment Analyser (2014), DropSense96 (2014), Tape Station (2016) et Femto pulse (2017)
• 4*Robots pipetteur Tecan Genesis et Bravo Agilent (2009-2015)
• Single cell Fluidigm Module C1 - qPCR sur cellules uniques (2013)
• PyroMarq Q24 (2013)
• PCR et QPCR nano volume - Biomark de Fluidigm (2009)

• Digital PCR (ddPCR) Biorad QX200 et AutoDG de Biorad (2016)
• Scanner et four hybridation Agilent (2010)
• SStation Affymetrix (2008)
• Scanner Agilent
• qPCR : Quantstudio 6 (x2), ViiA7 (x2), QS5 (x1) de Thermofisher



Anciens matériels :
• Séquenceur Illumina Hiseq 3000 (L'un des 2 Hiseq est remplacé en 2018 par un Novaseq)
• Séquenceur PacBio RS II (2015-2017)
• Séquenceur Hiseq 2500 1T (2014-15)
• Séquenceur Hiseq 2500 (2013)
• Séquenceur HiSeq 2000 (2010-12)
• Séquenceur 454 Roche GS FLX (2008-10)
• Séquenceur 16 capillaires ABI 3130 (2003-)
• Séquenceur Proton d'Ion Torrent (2013-2016)
• Séquenceur PGM d'Ion Torrent (2015-2018)

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