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ProtéoSeine@IJM
Responsable : Jean-Michel CAMADRO • Responsable Tech. : En cours de recrutement
Adresse : ProtéoSeine@IJM
Institut Jacques Monod
UMR7592 CNRS – Univ de Paris
15 rue Hélène Brion
75205 Paris Cedex 13
75013 Paris

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

https://www.ijm.fr/30/spectrometrie-de-m...

Presentation de la plate-forme

La plateforme travaille sans aucune distinction sur tous les systèmes biologiques.
Les prestations offertes sont les suivantes:

• Conseil, gestion de projets et formation en protéomique,
• Analyse protéomique d’échantillons biologique variés (tissus et lignées cellulaires humaines ou murines, nématode, drosophile, levures, bactéries, plantes) sur sérum, plasma, LCR, urine, salive et extraits tissulaires (foie, pancréas, intestin, cerveau, os, dent),
• Préparation des échantillons : pré-cleaning par migration électrophorétique courte en SDS-PAGE, digestion protéolytique (trypsine, Lys-C, Glu-C), extraction et dessalage de peptides,
• Quantification des variations d’abondance protéique par des approches « Label-free » ou sur des échantillons marqués in vivo (SILAC et dérivés),
• Marquage isotopique in vitro d’échantillons (quantification TMT) à la demande,
• Interrogation de bases de données et analyse pour la quantification de protéomes,
• Aide à l’interprétation des résultats.

Moyens et equipements

• Spectromètres de masse :
- Orbitrap Fusion Tribrid ETD (Thermo, 2014)
- Orbitrap Q-Exactive Plus (Thermo, 2014)
- Orbitrap Q-Exactive Plus (Thermo, 2017)
- Maldi TOF/TOF 4800 + (AB Sciex, 2008)
• Systèmes chromatographiques
- Chaine nano-LC Dionex RSLC U3000 (2011)
- Chaines nano-LC Proxeon 1000 (2012, 2014)
- Chaines nano-LC Proxeon 1200 (2016)
- Sources EasySpray
• Automates de préparation d’échantillons
- Robot pipeteur Hamilton Starlet (2008)
- SpotPicker Biorad (2008)
- Microcollecteur de fractions Probot Dionex (2009)
• Moyens de calcul
- Cluster de calcul Alineos 10 processeurs, 44 cœurs et NAS 2x96 To (2011)
- Licences logicielles commerciales
Proteome Discoverer
Mascot server
Progenesis QI
Peaks server
Sequest
Byonic (Glycoproteomics)
ProSight TPM (Top-down proteomics)
Pinnacle (Data Independent Acquisition analysis)
- Licences logicielles libres
TopPIC
MaxQuant
Skyline
OpenMS
RAId

Galerie