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ProGénoMix
Responsable : Jean Armengaud • Responsable Tech. : Responsable technique wet-lab: Béatrice Alpha-Bazin Responsable technique in-silico : Olivier Pible
Adresse : Plateforme ProGénoMix
CEA-Marcoule
DRF/JOLIOT/DMTS/SPI/Li2D
Parc Régional d'Activité Économique Marcel Boiteux
Départementale 765
BP 17171
F-30200 Bagnols-sur-Cèze cedex
France
30200 Bagnols-sur-Cèze

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

Pas de site web.

Presentation de la plate-forme

La protéogénomique se propose de mieux appréhender les mécanismes biologiques par un effort d’intégration de données multi-omiques. Initialement cantonnée à la correction d’annotation de données génomiques par l’utilisation de données protéomiques, ce champ disciplinaire s’est considérablement élargit. Par exemple, son application à des organismes non-modèles tels que l’amphipode Gammarus fossarum permet de définir très rapidement des biomarqueurs pertinents à partir de données de RNAseq et protéomique nouvelle génération. Son utilisation dans le domaine de l’oncologie (onco-protéogénomique) permet d’affiner le diagnostic par un traitement ultra-personnalisé des données en prenant en compte les variants génétiques présents dans une population donnée. Ses applications dans le domaine de l’analyse des microbiotes sont de plus en plus évidentes, où données de génomique, transcriptomique, protéomique, et métabolomique doivent être intégrées dès leur genèse, et nécessite la correction de bases de données omiques et taxonomiques. Ses multiples applications intéressent nombre d’industriels spécialisés et de groupes de recherche académiques, mais nécessitent une infrastructure adaptée, notamment en terme informatique orientée multi-omique, et savoir-faire d’intégration. La plateforme ProGénoMix située en Gard Rhodanien est en soi unique en France dans ce domaine, et a une expertise mondialement reconnue. Outre les applications sur les organismes non-modèles (animaux aquatiques utilisés comme sentinelles en éco-toxicologie) et en santé humaine, la plateforme contribue à de nombreux projets portant sur la caractérisation de microorganismes isolés ou en mélanges complexes. Elle s’appuie sur le fort potentiel du laboratoire Li2D qui l’héberge quant à la production d’anticorps et de facilités pour la microbiologie (laboratoires L2 et L3). Elle a pour vocation de satisfaire les besoins en protéogénomique d’acteurs industriels et académiques régionaux, nationaux et internationaux des domaines des biotechnologies, de la microbiologie, de la santé et de l’environnement. La plateforme ProGénoMix est située sur un parc régional d’activités économiques où sont implantés l’entreprise de biotechnologie Cisbio, leader sur les marchés des produits et services pour la recherche pharmaceutique et diagnostic in vitro, une antenne de la société Bertin-Pharma, ainsi que zeLab, un accélérateur biotech & pharma (http://www.cisbio.com/ze-lab) qui a pour objectif d’accueillir une dizaine de petites sociétés biotech.

La plateforme « ProGénoMix » est ouverte à l'ensemble de la communauté par la mise à disposition de matériels, de services et d’expertises dans les domaines des méthodologies omiques (protéomique, transcriptomique, génomique) et de leur forte intégration (multi-omique et méta-omiques), des outils bioinformatiques et des bases de données décontaminées développées au sein de la plateforme, et des applications de ces méthodologies pour l’identification de microorganismes (méta-analyses). La plateforme bénéficie d’une reconnaissance internationale dans le domaine de la protéogénomique pour la caractérisation des microorganismes et des organismes non-modèles. La plateforme développe des méthodologies innovantes pour la métaprotéomique (déconvolution de signaux complexes à des fins de validation taxonomique ; étalon Mix24X pour la métaprotéomique) et la protéogénomique afin de sonder la biodiversité.

Prestations proposées par la plateforme:
• Fouille de données exhaustive et intégrative à partir de données de génomique, transcriptomique, protéomique et métabolomique
• Analyse protéogénomique à très haut débit d'organismes non-modèles
• Analyse protéogénomique à très haut débit de microorganismes
• Analyse méta-omique d'échantillons complexes
• Identification de microorganismes de tout type d'échantillons par analyse moléculaire
• Préparation d'échantillons biologiques (fractionnement subcellulaire, marquage chimique, enrichissement, multiplexage)
• Prestation de spectrométrie de masse en tandem et caractérisation de modifications post-traductionnelles de protéines
• Correction de bases de données omiques

Moyens et equipements

Trois spectromètres de masse en tandem à très haute résolution couplés à des nanoUHPLC duales:
• 2 bancs de mesure Q-Exactive HF Thermo (2014 et 2016)
• 1 banc de mesure LTQ Orbitrap XL Thermo (2007)

Equipements en purification des protéines et biomolécules:
• HPLC Agilent
• FPLC GE Healthcare
• UHPLC Thermo,
• 3100 OffGel Fractionator Agilent

Six serveurs informatiques :
• 1 Serveur informatique principal pour archivage de données (Biprocesseur Intel Xeon CPU E5-2603v4 @ 1.70GHz ; 12 cœurs ; 16 Go RAM ; 32.7 To utiles / RAID 6)
• 1 Serveur informatique secondaire pour archivage de données (Monoprocesseur Intel Atom CPU D2700 @ 2.13GHz ; 2 cœurs ; 4 Go RAM ; 17.7 To utiles / RAID 5)
• 1 Serveur informatique pour traitements Mascot en protéomique (Biprocesseur Intel Xeon CPU E5-2637v2 @ 3.50GHz ; 8 cœurs ; 128 Go RAM)
• 1 Serveur informatique pour traitements Mascot en protéogénomique (Cluster de 5 monoprocesseurs Intel Core i7-6700K CPU @ 4.00GHz, 5 x 4 cœurs, 5 x 32Go RAM)
• 1 Serveur informatique pour assemblage RNAseq et DNAseq (Biprocesseur Intel Xeon CPU E5-2630v3 @ 2.40GHz ; 16 cœurs ; 256 Go RAM)
• 1 Serveur informatique pour traitements données méta-omiques (Biprocesseur Intel Xeon CPU E5-2620v2 @ 2.10GHz ; 12 cœurs ; 64 Go RAM).

Outils de transcriptomique et génomique:
• Scanner microarrays
• Bioanalyzer Agilent
• nanodrop
• qRT-PCR

Accès aux laboratoires de culture pour lignées cellulaires (niveau de sécurité 1 et 2) et Laboratoires de culture pour microorganismes (niveau de sécurité 1, 2 et 3) du Li2D.

Galerie

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