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MaP, (Marseille Protéomique)
Responsable : BORG JP, LAFITTE D, MEUNIER-GONTERO B. • Responsable Tech. : Dr. Stéphane AUDEBERT Dr. Luc CAMOIN (Responsable opérationnel de MaP) Dr. Régine LEBRUN
Adresse : MaP
Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille
Inserm UMR 1068, CNRS UMR 7258
27 bd Leï Roure,
BP 30059, 13273 Marseille Cedex 09
France
13009 Marseille

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://marseille-proteomique.univ-amu.fr

Presentation de la plate-forme

MaP est une plateforme protéomique fédérative équipée de spectromètres de masse et dotée de techniques complémentaires qui permettent un large éventail d’études des protéines qu’elles soient isolées ou sous forme de protéomes complexes: identification, quantification, caractérisation, analyse des modifications post-traductionnelles, localisation par imagerie-MS, protéomique structurale et bioinformatique. MaP offre des opportunités de collaborations et de prestations pour la recherche fondamentale, la clinique et l’industrie. MaP couvre un vaste champ expérimental de l’oncologie pour la découverte de biomarqueurs, à l’immunologie et la microbiologie pour la compréhension de mécanismes de défenses cellulaires. MaP a été fondée en 2007, certifiée depuis 2008 par IBiSA et, labélisée Plateforme technologique Aix-Marseille en 2013, 2015 et 2020. Elle est composée de trois plateformes situées sur trois sites différents (IMM, CRCM et Timone) à proximité des centres de recherche du CNRS, de l’INSERM et d’AMU, ainsi que de l’Institut Paoli-Calmettes (IPC). MaP poursuit ses efforts dans les approches de protéomiques quantitatives complexes (Next Generation Proteomics, faibles abondances) et dans les études interactomiques (BioID) et structurales notamment par HDX.

La plate-forme MaP présente une localisation multiple avec du matériel spécifique sur chacun des sites.

Expertises et services :

Caractérisation de protéines
-Identification par spectrométrie de masse PMF, MS/MS, LC-MS/MS
-Analyse de modifications chimiques (sondes RPE, FRET, métaux, …) & post-traductionnelles (phosphorylation, glycosylation (O-GlcNAc et autres), ubiquitinylation, sumoylation, glutathionylation, carbonylation, …) par spectrométrie de masse
-Séquençage de novo par spectrométrie de masse (Top down LC-MS/MS & MALDI in source decay) et séquençage d’Edman

Protéomique quantitative
-Quantification par marquages isobariques (iTRAQ, TMT), marquage métabolique (SILAC) et Label-Free
-Protéomique ciblée utilisant l’approche parallel reaction monitoring (PRM)

Complexomique et interactomique
-Approches biochimiques IP-MS, AP-MS, TaP-TaG-MS, APEX-MS et BirA-MS
-Interactions non covalentes par ESI-MS en conditions natives
-Dynamique conformationnelle et interactions par échange H/D et MS

Découverte de biomarqueurs
-Analyse en protéomique quantitative
-Recherche de biomarqueurs en cancérologie, immunologie, microbiologie , etc…

Chimioprotéomique
-Analyse CETSA, drug affinity and click-chemistry

Protéomique structurale
-Détermination de masse globale de protéines par MALDI-ToF-MS ou ESI-MS dans des conditions natives ou dénaturantes
-Caractérisation des conformères par mobilité ionique-MS
-Caractérisation par échange H/D et analyse MS

Fractionnement d’échantillons protéiques
-Électrophorèse hors gel
-Chromatographie liquide hautes pressions (phase inverse, pH basique, SCX…)
-LOPIT

Imagerie MS
-MALDI-Imaging: caractérisation de biomarqueurs in situ et distribution des médicaments dans les tissus

autres
-Contrôle-qualité de peptides thérapeutiques et de protéines pour l’industrie pharmaceutique
-Caractérisation de métabolites et études pharmacocinétiques
-Quantification de produits chimiques et de médicaments par spectrométrie de masse

Moyens et equipements

Principaux équipements :

Spectromètres de masse
-Un spectromètre de masse orbitrap Fusion Lumos Tribrid (2017) couplé à une nano-chromatographie liquide
-Deux spectromètres de masse Q-Exactive plus (2014 ; 2017) couplés à des nano-chromatographies liquides (2010)
-Un séquenceur d’Edman PPSQ (2016)
-Un spectromètre de masse MALDI-TOF-TOF Axima performance (2013)
-Un spectromètre de masse MALDI-TOF UltrafleXtreme (2012)
-Un spectromètre de masse Triple Quadrupole 8040 (2012)
-Un spectromètre de masse Q-TOF SynaptG1 couplé à un module HDX (2011)
-Un spectromètre de masse LTQ-Velos-Orbitrap (2010) couplé à une nano-chromatographie (2010)
- Un spectromètre de masse MALDI-TOF Microflex (2008)

Robotisation
-XCISE Shimadzu (2007)
-Digester EVO100 Tecan (2009)
-Accuspot Shimadzu (2011)

Autres chromatographies
-SMART system microHPLC (2000)
-MDLC GE Healthcare (2005)
-UPLC Agilent (2008)
-Biopure MicroLC (Jasco) (2011)
-Nano chromatography Acquity UPLC Waters (2012)
-UPLC Nexera Shimadzu (2012)

Autres équipements
-OffGEL Electrophoresis (2010)

Procédure de sélection des projets traités
MaP réalise des analyses protéomiques tres variées pour des structures de recherche au niveau local, national ou international appartenant aussi bien au domaine académique qu’au secteur industriel. MaP étant une plate-forme multi-sites, les demandes d’analyses sont réparties en fonction des spécificités de chacun des sites. En effet, si les analyses de routine (identification simple de protéines par exemple) peuvent être effectuées sur chacun des sites, certaines demandes nécessitent des expertises techniques et des instruments spécifiques qui ne sont développées ou présentes uniquement sur l’un des sites. Dans ce contexte, en fonction du projet et de la technique associée requise, il est conseillé aux chercheurs de contacter le site de plateforme le plus approprié. Une présentation du site Internet et un formulaire de contact (http://marseille-proteomique.univ-amu.fr) sont disponibles en ligne. Le comité de pilotage est consulté pour les grands projets et décide de la gestion des projets en termes d'instruments et d'expertise et de ressources humaines.

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