Génome et transcriptome (GeT)

La plateforme GeT de Genotoul regroupe plus de trente ingénieurs répartis sur cinq plateformes (GeT-PlaGe, GeT-Biopuces, GeT-TRiX, GeT-Santé et GeT-IT) localisées sur quatre sites toulousains. Elle développe une expertise dans cinq domaines d’application : le séquençage de novo, le reséquençage et l’étude du polymorphisme, l’étude de l’expression génique, l’étude de la régulation de l’expression et enfin, la métagénomique.

Ces applications mobilisent les compétences de GeT sur les technologies de séquençage courts fragments à très haut débit et longs fragments sur molécule unique. La plateforme entretient son savoir-faire en analyse d'expression par hybridation sur puces et PCR en nano-volumes, et développe une compétence en génomique et transcriptomique sur cellule unique.

Plateforme de l'infrastructure nationale France Génomique, GeT travaille en partenariat étroit avec la plateforme Bioinfo de Genotoul et investit une part significative de ses moyens dans la R&D. Une équipe de quatre ingénieurs GeT-IT (INRA Transfert) est également associée à la plateforme pour un service aux entreprises privées basé sur l’expertise de GeT.

Expertises et services

• Séquençage de génomes de novo (Illumina, 10x Genomics, Oxford Nanopore, HiC Illumina),
• Reséquençage génomique (Illumina, Ion Torrent),
• Génotypage SNP (Biomark de Fluidigm, possible technologies GBS),
• Séquençage de transcrits (RNA-Seq sur Illumina, Ion Torrent),
• Etude d’interactions ADN-protéine par ChIP-Seq (Illumina, Ion Torrent),
• Séquençage de transcrits sur cellule unique (10x Genomics, Illumina),
• Etude de méthylation par traitement bisulfite (Illumina) ou séquençage direct (Nanopore),
• Métabarcoding par séquençage 16S (Illumina, Ion Torrent),
• Métagénomique (Illumina),
• Etude d’expression génique sur puces (Affymetrix, Agilent), par qPCR en microvolume (Thermo Fisher) ou nanovolume (Fluidigm),
• Détection d’évènements rares en PCR digitale (Bio-Rad).

Moyens et équipements

Séquençage :

• NovaSeq, HiSeq 3000 (Illumina) pour le séquençage de courts fragments à très haut débit,
• 4 MiSeq (Illumina) pour le séquençage de courts fragments à bas débit,
• PromethION (Oxford Nanopore) pour le séquençage de longs fragments en molécule unique à très haut débit,
• GridION (Oxford Nanopore) pour le séquençage de longs fragments en molécule unique à moyen débit,
• Chromium (10x Genomics) pour génomique single cell et haplotypage,
• S5 (Ion Torrent) pour le séquençage de courts fragments à bas débit,
• ABI 3730 48 capillaires (Thermo Fisher) pour séquençage Sanger.

Single cell et transcriptomique en microfluidique :

• Chromium (10x Genomics) pour la transcriptomique sur cellule unique à grande échelle,
• C1 et Biomark (Fluidigm) pour qPCR sur cellule unique ou en nanovolume.

Puces à ADN :

• Station, four d’hybridation et scanner G25805C (Agilent) pour l’étude de l’expression génique sur microarrays,
• Station GCS3000 7G (Affymetrix) et scanner MS200 (Tecan) pour l’étude de l’expression génique sur puces Affymetrix.

Préparation de librairies :

• 4 robots automates de distribution EVO (Tecan) et robot BRAVO (Agilent) pour la manipulation d’échantillons et la préparation de librairies,
• Megaruptor, Covaris, Blue Pippin pour la préparation de fragments de haut poids moléculaire,
• DropSense 96, Nanodrop, Fragment Analyzer, TapeStation 4200, Femto Pulse et Bioanalyzer 2100 pour le contrôle qualité des acides nucléiques.

Autres équipements :

• QX200 et AutoDG (Bio-Rad) pour PCR digitale,
• QuantStudio et ViiA7 (Thermo Fisher) pour PCR quantitative.

Comment soumettre un projet ?

Le site internet de GeT présente par atelier les instruments disponibles sur chaque site, donnant un aperçu sur les technologies et applications maitrisées. Les publications dont GeT est co-auteur donnent également une idée des travaux qui peuvent être pris en charge.

Pour soumettre un projet, contactez la plateforme par mail à l’adresse get@genotoul.fr reçue par tous les directeurs des sites de GeT. En fonction du domaine scientifique concerné et du besoin exprimé, un ingénieur vous recontactera pour mieux comprendre vos attentes, identifier les technologies à mettre en ½uvre, dimensionner et budgétiser le projet.

A noter que GeT ne dispose pas de crédits pour la réalisation de projets. La date de réalisation des expériences est communiquée après validation des échantillons. Pour certains projets d'intérêt stratégique pour GeT incluant de forts besoins en développement, la plateforme peut s'impliquer dans le dépôt d'un projet collaboratif de type ANR ou Europe.

Contact

Génome et transcriptome (GeT)
INRAE, US1426 GeT-PlaGe
Chemin de Borderouge
31326 Castanet-Tolosan
Région : Occitanieget@genotoul.fr
Site de la plateforme

 

THÉMATIQUES : Génomique, transcriptomique

TUTELLES : CNRS, INRAE, INSA, Inserm, Université de Toulouse

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique, IBISBA

LABELLISATION IBiSA : 2008

CERTIFICATIONS : Sites GeT-Plage, GeT-Biopuces

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Denis Milan

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Cécile Donnadieu (GeT-PlaGe), Marie Ange Teste (GeT-Biopuces), Yannick Lippi (GeT-TRiX), Emeline Lhuillier (GeT-Santé)

RESPONSABLES QUALITÉ :
Sandra Fourre (GeT-PlaGe), Lidwine Trouilh (GeT-Biopuces)

MOTS CLÉS : NGS, Séquençage, Epigénétique, Métagénomique, Transcriptomique, Génomique, Single cell, Variant, SNP, Génotypage, Long reads, Microarrays, Méthylation, GBS, ddPCR

Fiche mise à jour en 2023

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