Génome et transcriptome (GeT)

La plateforme GeT de Genotoul regroupe plus de trente ingénieurs répartis sur cinq plateformes (GeT-PlaGe, GeT-Biopuces, GeT-TRiX, GeT-Santé et GeT-IT) localisées sur quatre sites toulousains. Elle développe une expertise dans cinq domaines d’application : le séquençage de novo, le reséquençage et l’étude du polymorphisme, l’étude de l’expression génique, l’étude de la régulation de l’expression et enfin, la métagénomique.

Ces applications mobilisent les compétences de GeT sur les technologies de séquençage à petit, moyen et très haut débit de courts fragments et longs fragments sur molécule unique. La plateforme entretient son savoir-faire en analyse d'expression par hybridation sur puces, qPCR et PCR digitale, et développe une compétence en génomique et transcriptomique sur cellule unique.

Plateforme des infrastructures nationales France Génomique et IBISBA, GeT travaille en partenariat étroit avec la plateforme Bioinfo de Genotoul et investit une part significative de ses moyens dans la R&D. Une équipe de quatre ingénieurs GeT-IT (INRAE Transfert) est également associée à la plateforme pour un service aux entreprises privées basé sur l’expertise de GeT.

Expertises et services

• Séquençage de génomes de novo : courts fragments, longs fragments, ultra-longs fragments et cartes de contact Hi-C,
• Reséquençage génomique,
• Génotypage SNP et Indel avec possibilité de technologies GBS et de sparse sequencing,
• Analyse de transcrits par hybridation sur puces, séquençage (ARN direct, iso-Seq, total RNA-Seq, mRNA-Seq, small RNA-Seq, ultra-low input, cellules uniques, spatial), qPCR et digital PCR,
• Etude d’interactions ADN-protéine par ChIP-Seq,
• Etude de conformation Hi-C, Omni-C, séquençage de librairies ATAC-Seq et Cut&Tag,
• Etude de méthylation par traitement bisulfite ou EM-Seq et séquençage direct de molécules natives,
• Métagénomique ciblée (métabarcoding 16S ou autre amplicons) courts et longs fragments,
• Métagénomique et métatranscriptomique,
• Détection d’évènements rares par PCR digitale en droplet ou partition solide,
• Analyse de données bioinformatiques et biostatistiques : données métagénomiques et single cell, assemblage de petits génomes, étude de transcrits et analyse de méthylation.

Moyens et équipements

Séquençage :

• NovaSeq 6000 (Illumina) et Aviti (Element Biosciences) pour le séquençage de courts fragments à haut débit,
• MiSeq et iSeq100 (Illumina) pour le séquençage de courts fragments à bas débit,
• Ion S5 et Ion Chef (Thermo Fisher) pour le séquençage courts fragments à bas ou moyen débit,
• PromethION (Oxford Nanopore) pour le séquençage de longs fragments en molécule unique à très haut débit,
• GridION (Oxford Nanopore) pour le séquençage de longs fragments en molécule unique à moyen débit,
• Sequel II (Pacific Biosciences) pour le séquençage de longs fragments en molécule unique à haut débit.

Single cell :

• Chromium (10x Genomics) pour la transcriptomique sur cellule unique à grande échelle.

Puces à ADN :

• Station, four d’hybridation et scanner G25805C (Agilent) pour l’étude de l’expression génique sur microarrays.

Préparation de librairies :

• Automates de distribution EVO (Tecan), robots Bravo (Agilent), EpiMotion 5073 (Eppendorf) et Mosquito HV (SPT Labtech) pour la manipulation d’échantillons et la préparation de librairies,
• Megaruptor, Covaris, Blue Pippin, Pippin HT et Pixul pour la préparation de fragments de haut poids moléculaire.

Contrôle qualité :

• DropSense 96, NanoDrop 2000 et 8000, Fragment analyzer, TapeStation 4200, Femto Pulse, Bioanalyzer 2100 et BIABooster pour le contrôle qualité des acides nucléiques.

qPCR et PCR digitale :

• QuantStudio et StepOne Plus (Thermo Fisher) pour la PCR quantitative,
• QX200 et AutoDG (Bio-Rad) pour la PCR digitale en droplet,
• QIAcuity One 5 plex (Qiagen) pour la PCR digitale en phase solide.

Comment soumettre un projet ?

Le site internet de GeT présente par atelier les instruments disponibles sur chaque site, donnant un aperçu sur les technologies et applications maitrisées. Les publications dont GeT est co-auteur donnent également une idée des travaux qui peuvent être pris en charge.

Pour soumettre un projet, vous pouvez contacter la plateforme par mail à l’adresse générique get@genotoul.fr reçue par tous les directeurs des sites de GeT. En fonction du domaine scientifique concerné et du besoin exprimé, un ingénieur vous recontactera pour mieux comprendre vos attentes, identifier les technologies à mettre en œuvre, dimensionner et budgétiser le projet.

A noter que GeT ne dispose pas de crédits pour la réalisation de projets. La date de réalisation des expériences est communiquée après validation des échantillons. Pour certains projets d'intérêt stratégique pour GeT incluant de forts besoins en développement, la plateforme peut s'impliquer dans le dépôt d'un projet collaboratif de type ANR ou Europe.

Contact

Génome et transcriptome (GeT)
INRAE, US1426 GeT-PlaGe
Chemin de Borderouge
31326 Castanet-Tolosan
Région : Occitanieget@genotoul.fr
Site de la plateforme

 

THÉMATIQUES : Génomique, transcriptomique

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Denis Milan

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Claire Kuchly (GeT-PlaGe), Marie-Ange Teste (GeT-Biopuces), Yannick Lippi (GeT-TRiX), Emeline Lhuillier (GeT-Santé)

RESPONSABLES QUALITÉ :
Camille Eche (GeT-PlaGe), Lidwine Trouilh (GeT-Biopuces)

CERTIFICATIONS : Sites GeT-Plage, GeT-Biopuces

TUTELLES : CNRS, INRAE, INSA, Inserm, Université Toulouse III - Paul Sabatier

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique, IBISBA

LABELLISATION IBiSA : 2008

MOTS CLÉS : NGS, Séquençage, Epigénétique, Métagénomique, Transcriptomique, Génomique, Single cell, Variant, SNP, Génotypage, Long reads, Microarrays, Méthylation, GBS, ddPCR

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