GenomEast

Un savoir-faire en séquençage et microfluidique à haut débit avec une expertise en bioinformatique pour la réalisation d’analyses transcriptomiques, génomiques et épigénomiques.

Site de la plateforme

GenomEast

Un savoir-faire en séquençage et microfluidique à haut débit avec une expertise en bioinformatique pour la réalisation d’analyses transcriptomiques, génomiques et épigénomiques.

Site de la plateforme

GenomEast

Forte de 20 ans d’expérience, la plateforme GenomEast, hébergée à l'Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), propose une large gamme de services en transcriptomique, épigénomique et génomique, du contrôle qualité des échantillons jusqu'à l'analyse des données produites. Elle est équipée de technologies complémentaires de séquençage à haut débit, de microfluidique en gouttes pour cellules uniques et de transcriptomique spatiale.

La plateforme offre également une expertise en bioinformatique pour l’analyse des données générées dans le cadre de collaborations scientifiques. En outre, des cours et des formations sur l’analyse des données de séquençage sont régulièrement organisés.

Pour maintenir à long terme une offre cohérente avec les avancées technologiques du domaine, la plateforme dédie une part importante de son activité à la veille scientifique et au développement de nouvelles technologies, notamment dans le domaine de la génomique sur cellules uniques et de la transcriptomique spatiale.

Expertises et services

Analyse du transcriptome : RNA-Seq avec protocoles adaptés aux objectifs de l'étude, à la qualité et quantité de matériel de départ, small RNA-Seq, single cell RNA-Seq, single nucleus RNA-Seq et transcriptomique spatiale,
Analyse de l’épigénome : ChIP-Seq, CUT&RUN, MeDIP-Seq, single cell ATAC-Seq, séquençage de librairies ATAC-Seq et CUT&Tag,
Analyse du génome : séquençage de régions ciblées du génome (exome, régions d’intérêt) et séquençage complet,
Analyse multiomique : CITE-Seq, single cell ATAC + expression.

Moyens et équipements

Systèmes Illumina : NextSeq 2000 et iSeq-100,
Système MGI : DNBSEQ-G400,
Systèmes 10x Genomics : Chromium Controller, Chronium iX et CytAssist,
Système NanoString : GeoMx DSP,
Infrastructure informatique : stockage GPFS Lenovo (750 To), lames de calcul Dell (304 coeurs),
Equipements de contrôle qualité : 4 appareils d’électrophorèse capillaire Agilent (Fragment Analyzer automated CE system et 2100 Bioanalyzers), 2 fluorimètres Qubit Invitrogen, lecteur de plaques Varioskan Flash Thermo Fisher Scientific,
Equipements supplémentaires : ultrasonicateur E220 AFA system Covaris.

<hr>Pointes à filtre RNase free 1000 µl.

<hr>Thermocycleurs pour la génération de banques de séquençage.

<hr>Séquenceurs Illumina NextSeq 2000 et iSeq-100.

<hr>Système de profilage spatial GeoMx DSP de NanoString.

<hr>Plan de multiplexage de flow cells et tubes de librairies à séquencer.

<hr>Purification de librairies de miARNs sur gel d'acrylamide.

<hr>Contrôle de librairies de séquençage par électrophorèse capillaire (Bioanalyzer).

<hr>Système CytAssist pour le transfert de sondes ARN sur des lames Visium 10x Genomics.

<hr>Système Chromium iX de 10x Genomics pour le partitionnement et le codage à barres de cellules uniques.

<hr>Représentation de données de RNA-Seq sur cellules uniques (10x Genomics), après réduction de dimension (t-SNE) et regroupement des cellules.

<hr>Classification hiérarchique et carte de chaleur représentant l’expression de gènes identifiés grâce à l’analyse de données de RNA-Seq.

<hr>Visualisation dans un navigateur de génome de données de reséquençage d’exomes dans une région délétée pour deux patients (échantillons 3 et 4).

<hr>Carte de chaleur et profils moyens montrant l’enrichissement en lectures dans des régions génomiques d’intérêt pour des données de ChIP-Seq.

<hr>Flow cells sur le séquenceur Illumina NextSeq 2000.

Comment soumettre un projet ?

La soumission de projets s’effectue sur une interface web dédiée de la plateforme GenomEast, après ouverture d’un compte utilisateur. Il convient de joindre à chaque demande un résumé de la question scientifique posée, une description détaillée des échantillons biologiques à traiter (contrôles, répliquats...), ainsi que les coordonnées complètes du responsable du laboratoire qui finance le projet et du correspondant technique. Ces informations permettront à la plateforme de déterminer si elle est techniquement en mesure de réaliser votre projet, de suggérer des modifications dans le plan expérimental et d'évaluer le coût des opérations. Les demandes soumises sont examinées quotidiennement, avec validation d’un devis dans la semaine.

Exemple d'utilisation

HIF1A, un facteur clé de la progression maligne des lésions prostatiques

Des chercheurs de l'Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC) ont fait appel à la plateforme GenomEast pour mettre en oeuvre des analyses transcriptomiques sur cellules uniques (scRNA-Seq) et des expériences de ChIP-Seq dans le cadre d’un projet visant à élucider les événements moléculaires supportant la progression des lésions précancéreuses prostatiques en tumeur maligne.

Ces travaux ont permis d’identifier le facteur 1 alpha inductible par l'hypoxie (HIF1A) comme un facteur clé de la progression maligne des lésions, grâce à une étude longitudinale utilisant la scRNA-Seq sur des modèles de souris qui récapitulent la carcinogenèse de la prostate chez l'Homme. Les chercheurs ont également identifié la transglutaminase 2 (TGM2) comme un nouveau biomarqueur potentiel de rechute précoce après prostatectomie chez les patients atteints d'un cancer de la prostate. Pour cette étude, la plateforme GenomEast a généré et séquencé les banques scRNA-Seq et ChIP-Seq, puis conduit les analyses de données correspondantes.

Pour en savoir plus : El Maaty A. et al. (2022). Hypoxia-mediated stabilization of HIF1A in prostatic intraepithelial neoplasia promotes cell plasticity and malignant progression. Science Advances, 8(29):eabo2295.