Génomique fonctionnelle de C. elegans

La plateforme Génomique fonctionnelle de C. elegans se partage entre Marseille et Lyon. Son activité principale à Marseille est centrée autour du trieur COPAS Biosort qui permet un tri à grande vitesse des nématodes en fonction de leur taille, de l’expression d’un gène rapporteur fluorescent, ou de son profil d’expression le long du ver. Le plateau technique de Marseille propose également un service d’acquisition automatisée d’images. Le plateau technique de Lyon offre quant à lui un service de modification génique (knock-in, knock-out) utilisant les approches de type CRISPR/Cas9.

Expertises et services

Plateforme de Marseille :

• Criblage de chimiothèques avec C. elegans,
• Criblage génétique (F2, F3, ou F2 clonale) avec C. elegans,
• Quantification des paramètres physiques et de l’expression des gènes rapporteurs à grande échelle et haute vitesse, avec ou sans tri,
• Mise à disposition des banques ORFeome, pan-génome RNAi, cosmidiques, YAC…

Plateforme de Lyon :

• Production à façon de souches transgéniques du ver C. elegans : mutants, gènes rapporteurs, expression…

Moyens et équipements

Plateforme de Marseille :

• COPAS Biosort,
• TECAN Fluent,
• TECAN Genesis.

Plateforme de Marseille et Lyon :

• Equipements pour la culture de C. elegans : incubateurs réfrigérés, microscopes…
• Equipements pour la transformation du nématode : système de micro-injection, microscope inversé avec optiques Nomarski…

Comment soumettre un projet ?

Pour la plateforme de Marseille, la première étape est d’envoyer une demande de faisabilité au responsable technique, Jérôme Belougne. Celle-ci doit exposer vos besoins et la question biologique posée. Les demandes de génération de souches transgéniques sont à transmettre à Maïté Carre-Pierrat, responsable technique de la plateforme de Lyon. Cette prestation est facturée selon une grille de tarification prédéterminée.

Exemple d'utilisation

Criblage pangénomique par RNAi sur le site de Marseille

Dans le but de caractériser les voies de signalisation du système immunitaire inné, la plateforme de Marseille a effectué un criblage pour identifier les molécules de signalisation nécessaires à l’expression des gènes codant des peptides antimicrobiens. Pour cela, elle a utilisé une approche quantitative et semi-automatique par ARN interférence (RNAi). Deux banques de RNAi couvrant 95% du génome (soit près de 20 000 gènes) ont été criblées avec le trieur Biosort (environ 3000 clones par semaine).

Pour en savoir plus : Zugasti O. et al. (2016). A quantitative genome-wide RNAi screen in C. elegans for antifungal innate immunity genes. BMC Biology, 14(1):35.

Contact

Génomique fonctionnelle de C. elegans
Centre d'immunologie de Marseille-Luminy (CIML)
13009 Marseille
Région : Provence-Alpes-Côte d'Azur+33 (0)4 91 26 94 72
ewbank@ciml.univ-mrs.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Criblage et chimiothèque, Génomique, transcriptomique, Autres

TUTELLES : Aix-Marseille Université, CNRS, Inserm, Université Claude Bernard Lyon 1

LABELLISATION IBiSA : 2011

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES : Jonathan Ewbank

RESPONSABLES TECHNIQUES : Jérôme Belougne (Marseille), Maïté Carre-Pierrat (Lyon)

MOTS CLÉS : Nématode, C. elegans, Criblage génétique, Transgenèse, Automate haut débit, Trieur de cellules, Génomique fonctionnelle, CRISPR/Cas9, Animal modèle

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