GenomiqueENS

Génomique fonctionnelle et séquençage à haut débit, du dessin expérimental à l'analyse des données, avec une expertise en analyse du transcriptome.

Site de la plateforme

GenomiqueENS

Génomique fonctionnelle et séquençage à haut débit, du dessin expérimental à l'analyse des données, avec une expertise en analyse du transcriptome.

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La plateforme GénomiqueENS propose une activité de génomique par séquençage et une activité de qPCR à haut débit par microfluidique pour accompagner les chercheurs dans leurs projets. L’activité de génomique porte sur la génomique fonctionnelle eucaryote et plus particulièrement sur le séquençage des ARNs (RNA-Seq). La plateforme a développé une expertise en séquençage à haut débit en lecture longue grâce à la technologie Nanopore et propose également des approches en cellules uniques (scRNA-Seq).

L‘activité de qPCR à haut débit par microfluidique est quant à elle concentrée sur l’analyse du génome, transcriptome et miRnome par PCR quantitative et digitale. La plateforme propose la quantification d’ARN et miARN, la détection de SNP et du génotypage, en adéquation avec les besoins spécifiques des projets qu'elle accompagne. Elle a développé une expertise dans l’analyse à haut débit des données de PCR obtenues à partir de tissus ou de cellules uniques.

Expertises et services

Génomique :

Préparation de banques pour analyse transcriptomique (RNA-Seq, small RNA-Seq, scRNA-Seq),
Préparation de banques pour analyse épigénomique (ChIP-Seq),
Analyse en épitranscriptomique de la méthylation m6A de l’ARN,
Séquençage à haut débit de lectures courtes (Illumina) et longues (Oxford Nanopore Technologies).

Génomique et transcriptomique quantitatives :

qPCR, RT-qPCR, dPCR et RT-dPCR sur tissus et cellules uniques.

Bioinformatique :

Analyse primaire (démultiplexage et contrôle qualité) des données produites par les séquenceurs à haut débit,
Analyse bioinformatique des données de RNA-Seq et de qPCR jusqu’à la production de listes de gènes différentiellement exprimés,
Analyse biostatistique des données de qPCR et dPCR.

Moyens et équipements

Séquençage à haut débit :

NextSeq 2000 (Illumina),
MinION Mk1C et PromethION P2 Solo (Oxford Nanopore Technologies).

Analyse en cellules uniques :

Chromium (10x Genomics).

qPCR à haut débit et dPCR :

Biomark HD (Fluidigm),
Naïca 6 couleurs (Stilla Technologies).

Préparation des échantillons :

Système d’électrophorèse capillaire Fragment Analyzer (Agilent),
Ultrasonicateur S220 (Covaris),
Spectrophotomètre à UV ND-One (NanoDrop),
Fluorimètre Qubit 3.0 (Life Technologies).

<hr>Formation pratique à l’utilisation du séquenceur MinION (Oxford Nanopore Technologies).

<hr>Séquenceur à haut débit MinION Mk1C (Oxford Nanopore Technologies).

<hr>Séquenceur à haut débit NextSeq 2000 (Illumina).

<hr>Chromium (10X Genomics) pour l’analyse d’échantillons en cellules uniques.

<hr>Système Biomark HD (Fluidigm) pour qPCR et dPCR à haut débit.

<hr>Visualisation des résultats d'une analyse de qPCR à haut débit.

<hr>Système de sonication de l’ADN Covaris S220.

<hr>Puce de qPCR à haut débit permettant l’analyse de 96 gènes sur 96 échantillons, soit l’équivalent de 9216 qPCR simultanées.

<hr>Cônes à filtres et pipette multicanaux.

<hr>Barrette de tubes de PCR sur le plateau d’un automate de préparation de banques pour le séquençage à haut débit.

<hr>Portoir magnétique pour la préparation de banques pour le séquençage à haut débit.

<hr>Fragment Analyzer (Agilent) pour vérifier la qualité des échantillons.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à la plateforme GenomiqueENS, vous pouvez passer par le portail web de France Génomique, envoyer un mail à genomique@bio.ens.psl.eu ou qpcr@biologie.ens.fr. Si le projet entre dans le champ des applications de la plateforme, des échanges auront lieu pour définir la mise en ½uvre, les délais et les coûts des prestations à réaliser. La plateforme travaille en mode collaboratif : le personnel impliqué sera coauteur en cas de publication des résultats. À la fin de la prestation, les données brutes ainsi qu’un rapport d'analyse vous seront remis.

Exemple d'utilisation

Analyse en transcriptomique RNA-Seq

La plateforme GenomiqueENS a été sollicitée par une équipe INRAE du laboratoire Herbivores à Clermont Ferrand pour mettre en ½uvre une analyse sur l’ensemble du transcriptome des ARNs polyadénylés comprenant les ARNs messagers. Les chercheurs INRAE ont extrait les ARNs totaux à partir de leur modèle cellulaire. La plateforme a purifié les ARNs polyA+, vérifié la qualité et la quantité de ces ARNs, préparé les banques et réalisé le séquençage. Elle a ensuite inspecté les données pour vérifier la qualité du séquençage et mené une analyse initiale permettant d’attester que les données produites étaient pleinement exploitables.

Une analyse plus approfondie a également été menée pour identifier les ARNs différentiellement exprimés en fonction des diverses conditions expérimentales. Ce travail a abouti à une publication cosignée par la plateforme.

Pour en savoir plus : Faulconnier Y. et al. (2021). Expression pattern of purinergic signaling components in colorectal cancer cells and differential cellular outcomes induced by extracellular ATP and adenosine. International Journal of Molecular Sciences, 22(21):11472.