Gentyane

La plateforme Gentyane est rattachée à l’unité Génétique, diversité et écophysiologie des céréales (GDEC, UMR1095) d’INRAE et de l’Université Clermont Auvergne. Elle réalise des activités de recherche et développement sur les technologies de génotypage, de séquençage et de carte optique, en lien avec l'unité GDEC et des équipes de recherche extérieures.

Gentyane propose à toute équipe du public et du privé des prestations de service en génotypage et séquençage. La plateforme assure également une veille technologique qui lui permet de mettre en place de nouveaux outils pour répondre plus efficacement, plus rapidement et à un coût moindre, aux attentes de ses utilisateurs. Labellisée infrastructure scientifique collective INRAE en 2018, elle est associée, depuis 2019, aux plateformes GeT de Toulouse, PGTB de Bordeaux et EPGV d’Evry au sein de l’infrastructure de génomique INRAE.

Expertises et services

Production à haut débit :

• Génotypage : microsatellites (SSR), polymorphisme de nucléotides uniques (SNP), variations structurales (CNV),
• Séquençage : lectures longues et cartes optiques,
• Extraction HD robotisée d’ADN animal et végétal (3 200 extractions par jour).

Application en génomique :

• Séquençage de génomes complexes,
• Analyse de variants structuraux,
• Analyse d’expression,
• Génotypage,
• Caractérisation de diversité phylogénétique.

Moyens et équipements

• Génotypage SNP : LC480, Fluidigm Biomark et 2 Genetitan Axiom Thermo au format 96 et 384 puits (fournisseur de service officiel Thermo pour la technologie Axiom),
• Génotypage microsatellites : ABI 3730XL 96 capillaires,
• Séquençage massif : Pacific Biosciences Sequel 1M et Sequel 8M (fournisseur de service officiel en séquençage PacBio),
• Cartes optiques : Bionano Genomics sur Saphyr V2,
• Extraction automatisée d’ADN : kits Lifestock LGC (plantes) et DNAdvance Beckman (animal) sur robot Beckman i7 (Gentyane est site de référence de Beckman France).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à Gentyane, envoyez un mail à gentyane@inrae.fr ou remplissez le formulaire de contact disponible sur le site internet de la plateforme. Décrivez brièvement votre projet et la stratégie que vous souhaiteriez mettre en œuvre. L'expert responsable de la technologie concernée par votre demande vous recontactera pour étudier avec vous la faisabilité du projet, la meilleure approche à utiliser et la nature des services que la plateforme peut vous offrir. Une réponse vous sera adressée dans les deux semaines suivant la demande. Le délai nécessaire à la réalisation des projets varie entre 48 heures et 2 mois selon le type de technologie et de service sollicités.   

Exemple d'utilisation

Puce de génotypage, marqueurs SNP et données de séquence

Dans le cadre du projet BreedWheat (BW) porté par le laboratoire Génétique, diversité et écophysiologie des céréales (GDEC), la plateforme Gentyane a développé une puce de génotypage Affymetrix Axiom contenant plus de 420 000 marqueurs SNP (single nucleotide polymorphism) et génotypé environ 7 800 accessions de blé. Afin que la communauté scientifique puisse bénéficier des résultats de BW, une grande partie de cette puce, représentant 280 000 SNP, a été rendue publique pour la recherche et la sélection. Une carte génétique comprenant plus de 307 000 SNP a été construite. Il s’agit de l’une des cartes avec la plus haute densité jamais conçue pour le blé. Une séquence du chromosome 1B a été produite. Elle est actuellement utilisée pour améliorer la séquence de référence du génome entier du blé développée par le Consortium international de séquençage du blé (IWGSC).

Pour en savoir plus : Site du consortium IWGSC.

Contact

Gentyane
GDEC, UMR1095
5 chemin de Beaulieu
63000 Clermont-Ferrand
Région : Auvergne-Rhône-Alpes+33 (0)4 43 76 15 19
gentyane@inrae.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Génomique, transcriptomique

TUTELLES : INRAE, Université Clermont Auvergne

LABELLISATION IBiSA : 2009

CERTIFICATIONS :

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Jérôme Salse

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Charles Poncet

RESPONSABLES QUALITÉ :
Véronique Gautier

MOTS CLÉS : Génomique, Génotypage, Séquençage, Développements technologiques, Puce à ADN, Long reads, Sélection génomique, Extraction HD d’ADN, Long reads, SNP, CNV, Génotypage à ultra haut débit Axiom

Fiche mise à jour en 2022

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