Grenoble Proteomics

Multisites, la plateforme Grenoble Proteomics regroupe EDyP, Prométhée et Brain Tech Lab. Elle développe des approches haut de gamme de détection et quantification des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles basées sur la spectrométrie de masse. La plateforme dispose de solides expertises dans les domaines complémentaires de la biochimie, des sciences analytiques, de l’informatique et des statistiques, lui permettant de mener à bien des projets ambitieux dans les sciences du vivant et de la santé.

Les expertises avancées et les intérêts scientifiques complémentaires des trois groupes composant la plateforme se trouvent à l’origine de la gamme large de services offerte à la communauté scientifique pour soutenir et mener à bien des projets académiques et industriels divers : interactomique, identification et quantification relative ou absolue de protéines dans des échantillons simples ou complexes, détection et quantification de modifications post-traductionnelles... La plateforme Grenoble Proteomics est adossée à l’infrastructure française de protéomique ProFI et bénéficie de ses activités de recherche et développement.

Expertises et services

• Identification de protéines dans des échantillons biologiques complexes,
• Quantification relative de protéines dans des échantillons complexes : label free, iTRAQ,
• Interactomique,
• Identification et quantification de modifications post-traductionnelles : phosphorylation, acétylation, méthylation, ponts disulfures…
• Quantification absolue de protéines à l’aide de standards protéiques ou peptidiques,
• Caractérisation de petites protéines entières.

Moyens et équipements

Spectrométrie de masse :

• 2 Q Exactive HF, Thermo Scientific (EDyP),
• Q Exactive Plus, Thermo Scientific (EDyP),
• LTQ-Orbitrap Velos Pro, Thermo Scientific (EDyP),
• QTrap 6500, ABSciex (EDyP),
• Q Exactive Plus, Thermo Scientific (Prométhée),
• MALDI-TOF/TOF 4800, ABSciex (Prométhée).
• SELDI-TOF, Ciphergen (Brain Tech Lab),
• Robot Biomek, Beckman (Brain Tech Lab).

Chromatographie liquide :

• 5 chaînes UHPLC RSLC U3000, Thermo Scientific (EDyP),
• Chaîne UHPLC M-Class, Waters (EDyP),
• 3 chaînes nanoUHPLC U3000, Thermo Scientific (Prométhée).

Préparation automatisée d’échantillons :

• Robot EVO 150, Tecan (EDyP),
• Robot EVO 150, Tecan (Prométhée),
• Robot Biomeck, Beckman (Brain Tech Lab).

Comment soumettre un projet ?

Les sites EDyP et Prométhée de Grenoble Proteomics sont ouverts à la communauté scientifique académique et industrielle. Pour soumettre un projet à EDyP, envoyez un mail à Yohann Couté ou rendez-vous sur le site internet de l’infrastructure ProFI, dans la rubrique « Analysis request », en choisissant Grenoble comme site de réalisation. Pour soumettre une demande à Prométhée, envoyez un mail à l’adresse contact@proteomique.fr.

En lien avec vous, l’équipe de la plateforme évaluera le mérite et la faisabilité de votre projet en termes de moyens financiers et de ressources humaines nécessaires à une réalisation fructueuse. En fonction du projet, des développements et des moyens à mettre en œuvre, la plateforme pourra vous aiguiller vers un appel à projet collaboratif (ANR, INCa...) ou vous proposer une prestation de service, collaborative ou non.

Exemple d'utilisation

Etude de la compensation de dose des gènes des chromosomes sexuels

Marion Picard, de l’équipe de Beatriz Vicoso à l’Institut de science et technologie de Klosterneuburg en Autriche, a contacté le site EDyP de la plateforme Grenoble Proteomics dans le cadre d’un projet visant à déterminer les mécanismes de compensation de dose des gènes portés par les chromosomes sexuels.

Chez les espèces présentant des sexes séparés, la détermination génétique du sexe se manifeste sous la forme de chromosomes sexuels différenciés, qui peuvent ne pas avoir la même taille, la même morphologie ou le même contenu génétique. Cette dernière caractéristique fait que contrairement aux gènes autosomiques portés par 2 chromosomes, certains gènes portés par les chromosomes sexuels ne sont présents qu’en une seule copie chez le sexe hétérogamétique. Pour compenser cette plus faible représentation, certains organismes utilisent des mécanismes dits de compensation de dose.

Au cours du projet, l’objectif était de comprendre l’évolution du dosage des gènes du chromosome Z chez le parasite Schistosoma. Des analyses protéomiques quantitatives d’échantillons de têtes et de gonades d’organismes mâles et femelles, combinées à des expériences de génomique comparative et de transcriptomique, ont montré que les mécanismes de compensation de dosage des gènes sexuels sont principalement mis en œuvre au niveau de l’expression des transcrits.

Pour en savoir plus : Picard M.A.L. et al. (2018). Evolution of gene dosage on the Z-chromosome of schistosome parasites. Elife, 7:e35684.

Contact

Grenoble Proteomics
Université Grenoble Alpes
IRIG, BGE, EDyP
17 avenue des Martyrs
38054 Grenoble
Région : Auvergne-Rhône-Alpesvirginie.brun@cea.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Protéomique

TUTELLES : CEA, Inserm, Université Grenoble Alpes

INFRASTRUCTURES NATIONALES : ProFI

LABELLISATION IBiSA : 2010

CERTIFICATIONS : Site EDyP

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Virginie Brun

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Yohann Couté

RESPONSABLES QUALITÉ :
Marianne Tardif

MOTS CLÉS : Analyse protéomique, Spectrométrie de masse, Identification de protéines, Quantification de protéines, Modifications post-traductionnelles, Biochimie, Sciences analytiques, Informatique, Statistiques

Fiche mise à jour en 2022

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