Plateforme histopathologie haute précision (H2P2)

Une expertise et un savoir-faire de haut niveau en histopathologie pour la communauté scientifique académique et privée.

Site de la plateforme

Plateforme histopathologie haute précision (H2P2)

Une expertise et un savoir-faire de haut niveau en histopathologie pour la communauté scientifique académique et privée.

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Plateforme histopathologie haute précision (H2P2)

La plateforme H2P2 propose une expertise et un savoir-faire en histopathologie pour la santé, l’agroalimentaire et la cosmétologie. Elle utilise des techniques de base (imprégnation de tissus, coupe fine, coloration, immunomarquage), des techniques de pointe nécessitant des optimisations (multimarquage, microdissection par capture laser, spectroscopie Raman) et des traitements informatiques (quantification par analyse d’images, reconstruction 3D).

Après formation, H2P2 met différents équipements à disposition de la communauté scientifique : microtomes, cryostats, scanners de lames, logiciels d’analyse d’images... La plateforme collabore également aux projets de recherche de ses utilisateurs. Elle apporte son expertise concernant l’ensemble de ses activités, optimise les marquages immunohistochimiques en simplex ou multiplex et met en évidence des ARNs d’intérêt par hybridation in situ sur des coupes de tissus et TMA (tissue microarrays) réalisés par H2P2.

L’utilisation de la microdissection par capture laser permet de sélectionner les cellules d’intérêt sur des coupes tissulaires, puis d’analyser leur transcriptome par microarray, NGS ou RT-qPCR. La microspectroscopie Raman permet quant à elle d’évaluer les modulations phénotypiques des cellules par la mise en évidence de signatures spectrales.

Expertises et services

Application de techniques histologiques sur tissus humains, animaux et végétaux,
Modélisation de cultures cellulaires en 3D (sphéroïdes, culture organotypiques),
Microdissection laser à partir de coupes histologiques d’origine humaines, provenant de rongeurs, poissons et plantes,
Capture individuelle de cellules pour l’analyse du transcriptome,
Réalisation de TMA (tissue microarrays) à partir de blocs de tissus inclus en paraffine,
Marquage immunohistochimique de cellules, tissus et organes.
Marquage multiplex (jusqu’à 7 marquages en immunofluorescence sur la même coupe),
Transparisation de tissus et des marquages par immunofluorescence in toto.
Reconstruction 3D à partir de coupes sériées ou de marquages de tissus transparisés,
Caractérisation de la signature spectrale cellulaire par microspectroscopie Raman.

Moyens et équipements

Automate d’inclusion et d’imprégnation en paraffine,
5 microtomes et 2 cryostats pour les coupes fines,
Vibratome pour la coupe de tissus mous,
Secteur de culture cellulaire pour la mise en place de cultures organotypiques à partir de tranches tissulaires réalisées avec le vibratome,
Automate de coloration,
2 automates d’immunohistochimie et d'hybridation in situ Roche XT et Ultra pour les marquages multiplexes,
Automate d’immunohistochimie pour le marquage de tissus entiers (embryons...),
Scanner de lames Hamamatsu et scanner confocal 3D Histech (fond clair et fluorescence),
2 microdissecteurs par capture laser Arcturus Veritas et XT (7 publications),
Minicore 3 pour la réalisation de puces à tissus (TMA),
Microspectromètre Raman DXR2xi,
Logiciels d’analyse d’images (Halo AI) et de reconstruction 3D (Amira).

<hr>Marquage de 4 protéines d'intérêt avec des marqueurs chromogéniques pour visualiser la structure d'un tissu.

<hr>Marquage multiplex par immunofluorescence.

<hr>Les microdissecteurs par capture laser Arcturus Veritas et XT permettent de préserver les ARNs lors de la capture des cellules.

<hr>Equipement pour la réalisation de coupes de 3 à 4 µm d’épaisseur.

<hr>Microspectromètre Raman DXR2xi pour caractériser la signature spectrale de coupes de tissus, cultures cellulaires et bactéries.

<hr>Le vibratome permet de réaliser sur du tissus frais des tranches de 100 à 500 µm d’épaisseur pouvant ensuite être maintenues en culture.

<hr>Mise en évidence de la fibrose hépatique par lumière polarisée.

<hr>Caractérisation de la fibrose par coloration du collagène au rouge sirius dans un espace porte hépatique.

<hr>Reconstruction 3D d’un sphéroïde après transparisation et immunomarquages avec 3 fluorochromes.

<hr>Marquage multiplex d’une coupe de cerveau de souris.

<hr>Coupe transversale d’un embryon de souris coloré à l’hémalun-éosine.

<hr>Coupe d’un bloc de TMA après marquage immunohistochimique.

<hr>IHC anti-spp1 sur un TMA de 100 spots de cholangiocarcinomes.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à la plateforme, envoyez un mail à l’adresse H2P2@univ-rennes1.fr en décrivant brièvement votre projet et le type d’échantillons à analyser. L’équipe d’H2P2 vous recontactera pour prendre un rendez-vous téléphonique ou sur le site de la plateforme. Elle étudiera avec vous la meilleure stratégie à mettre en ½uvre et vous précisera les services qu'elle peut vous offrir, ainsi que les coûts et les délais de réalisation associés.

Exemple d'utilisation

Identification de biomarqueurs de l’agressivité tumorale dans le cholangiocarcinome

La plateforme H2P2 a mis en évidence des biomarqueurs de l’agressivité tumorale dans le stroma peritumoral. A partir de 8 biopsies congelées provenant de 4 patients, elle a réalisé la capture par microdissection laser de stroma peritumoral et normal. Les ARNs ont été extraits (50 ng) avec une qualité suffisante (RIN d'environ 7,6/10) pour une analyse par transcriptomique avec des puces à ADN.

Ainsi, 3 ARNm différentiellement exprimés ont été identifiés dans le stroma des cholangiocarcinomes agressifs. La validation de ces biomarqueurs s’est faite par l’évaluation de l’expression des protéines correspondantes sur 80 tissus inclus en paraffine provenant de divers cholangiocarcinomes, que la plateforme a regroupés sur des TMA (tissue microarrays).

Pour en savoir plus : Sulpice L. et al. (2013). Molecular profiling of stroma identifies osteopontin as an independent predictor of poor prognosis in intrahepatic cholangiocarcinoma. Hepatology, 58(6):1992-2000.