• Découvrir IBiSA

    • Objectifs et missions

    • Équipe et organisation

    • La mission qualité

    • Actualités
  • Trouver une structure

    • Annuaire des plateformes

    • Annuaire des CRB
  • Candidater à un appel d'offres

    • Les appels d'offres IBiSA

    • Appel d'offres Plateformes

    • Appel à projets CRB

MicroPICell

Des outils, des méthodes et des ressources en préparation d'échantillons, microscopie photonique, traitement et analyse d'images pour la biologie cellulaire et tissulaire.

Site de la plateforme

MicroPICell

Des outils, des méthodes et des ressources en préparation d'échantillons, microscopie photonique, traitement et analyse d'images pour la biologie cellulaire et tissulaire.

Site de la plateforme

MicroPICell

MicroPICell propose à l’ensemble de la communauté scientifique, académique et industrielle, une offre de services intégrée en imagerie cellulaire et tissulaire. Le personnel de la plateforme assure la préparation des échantillons : inclusion, congélation, coupe de tissus biologiques, coloration et immunomarquage. Les lames peuvent être numérisées grâce à un scanner, stockées et partagées à distance sur un serveur dédié.

Les préparations fluorescentes, fixées ou vivantes, peuvent être visualisées sur différents systèmes de microscopie : confocal, super résolution, champ large… Des prestations plus spécifiques telles que la microfluidique, la déconvolution spectrale confocale, l’imagerie confocale à très haute résolution temporelle, les mesures de temps de vie de fluorescence et le micropatterning, sont également disponibles.

Le service de traitement d'images de la plateforme propose la gestion du stockage et du partage des images, le conseil et l’accompagnement dans l’analyse des données, la conception d’analyses spécifiques, l’écriture de macros pour automatiser les mesures et la réalisation de programmes d’analyse complexes.

Expertises et services

  • Microscopie confocale multi-couleurs et spectrale, à haut débit et à haute résolution temporelle,
  • Vidéomicroscopie et mesure dynamique (tracking cellulaire, mesure de flux ioniques…),
  • Microscopie de super résolution SIM et TIRF,
  • Histologie : multimarquage, immunohistochimie, immunofluorescence, coloration de tissus biologiques, tissue microarray,
  • Analyse d’images pour des traitements manuels ou de pré-automatisation (ImageJ, ICY, Volocity, Imaris, ilastik, QuPath…),
  • Réalisation ou modification de scripts (ImageJ, ICY, MATLAB, Java, Python),
  • Réalisation de mesures statistiques et mise en forme des résultats (Prism, MATLAB, R...),
  • Mise à disposition d’une plateforme web de gestion et partage des images (openImaDis),
  • Réalisation de micropatterns (fonctionnalisation résolue dans l’espace de surfaces de culture cellulaire),
  • Conception et rédaction d’algorithmes de traitement d’images (java, python…).
  • Conception de processus d’automatisation du pilotage des microscopes à fluorescence,
  • Production de pièces en impression 3D,
  • Inclusion en paraffine de tissus biologiques,
  • Production de lames paraffinées et congelées (coupes de tissus et dépôts sur lames),
  • Mise au point et réalisation de colorations et d'immunomarquages,
  • Formation à l’utilisation des systèmes d’imagerie, à la préparation et coupe d'échantillons, ainsi qu’aux méthodes d'analyse d'images (colocalisation, tracking, segmentation...).

Moyens et équipements

  • Microscope multimodal Nikon confocal A1 et super résolution SIM,
  • Microscope confocal Nikon A1 Resonant Spectral,
  • Scanner de lames Nanozoomer Hamamatsu (couleur et fluorescence),
  • Système de fonctionnalisation de surfaces (micropatterning) Primo Alvéole,
  • Microscope confocal Nikon C1,
  • Microscope vidéo Nikon TiE et source Spectra Lumencor,
  • Stéréomacroscope à fluorescence Axiozoom Zeiss et Apotome (sectionnement optique),
  • Vidéo microscope LEICA DMI8 time lapse,
  • Microscope de criblage à haut débit HCS Arrayscan Cellomics,
  • Microscope confocal like inversé à fluorescence Zeiss AxioVert et Apotome,
  • Automate d’immunomarquage,
  • Station d'enrobage Leica,
  • Cryostat et microtomes Leica,
  • Automate de déshydratation Leica,
  • Automate de coloration Thermo,
  • Microscope multi-têtes Leica,
  • TMA Builder IMSTAR pour la réalisation de tissue microarray,
  • Système de microfluidique Bioflux 2000,
  • Système de mesure de temps de vie de fluorescence Picoquant (laser pulsé 488 nm, capteur SPAD, logiciel Symphotime),
  • Imprimante 3D Volumics,
  • Logiciels Volocity, Huygens SVI Déconvolution, Amira 3D, Metamorph Offline, BitplaneImaris, NIS Elements, Matlab,
  • Serveur de stockage et de calcul Dell PowerEdge R720xd, processeurs Intel Xeon E-26XX avec 2 baies de stockage Dell PowerVault MD1200.

Retrouvez toutes les actualités d'IBiSA

Inscrivez-vous à la newsletter

Comment soumettre un projet ?

MicroPICell accepte tout projet réalisable par le biais des techniques et méthodes disponibles sur la plateforme. Seul le critère de faisabilité est pris en compte dans l'acceptation des projets. La première prise de contact se fait sur rendez vous, par téléphone ou par mail. Les coordonnées des personnels de la plateforme et leur service de rattachement (histologie, imagerie, analyse) sont disponibles sur le site internet de MicroPICell.

Contact

MicroPICell
8 quai Moncousu
44007 Nantes
Région : Pays de la Loire+33 (0)2 28 08 03 40
micropicell@univ-nantes.fr
Site de la plateforme

MicroPICell

 

THÉMATIQUES : Bioinformatique, Histologie, anatomopathologie, Imagerie cellulaire

TUTELLES : CNRS, Inserm, Nantes Université

LABELLISATION IBiSA : 2018

CERTIFICATIONS :

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Perrine Paul-Gilloteaux

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Steven Nedellec

RESPONSABLES QUALITÉ (RMQ) :
Stéphanie Blandin, Philippe HUlin

MOTS CLÉS : Bioimagerie, Microscopie photonique, Fluorescence, Histologie, Immunomarquages, Analyse d’images, Imagerie tissulaire, Imagerie cellulaire

Fiche mise à jour en 2023


Suivre les
actualités des
plateformes

GIS IBiSA

Infrastructures de recherche
en biologie, santé et agronomie

147 rue de l'Université
75007 Paris

+33 (0)1 42 75 91 55
secretariat@ibisa.net

Découvrir IBiSA

Objectifs et missions
L'équipe IBiSA

Les services IBiSA

Trouver une plateforme
Trouver un CRB
Candidater à un appel d'offres
Demander un soutien qualité

Quoi de neuf à IBiSA ?

Les actualités d'IBiSA
Calendriers des appels d'offres
Inscription à la newsletter

© IBiSA 2023 I Contact I Mentions légales I Plan de site