MicroPICell

Des outils, des méthodes et des ressources en préparation d'échantillons, microscopie photonique, traitement et analyse d'images pour la biologie cellulaire et tissulaire.

Site de la plateforme

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Des outils, des méthodes et des ressources en préparation d'échantillons, microscopie photonique, traitement et analyse d'images pour la biologie cellulaire et tissulaire.

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MicroPICell propose à l’ensemble de la communauté scientifique, académique et industrielle, une offre de services intégrée en imagerie cellulaire et tissulaire. Le personnel de la plateforme assure la préparation des échantillons : inclusion, congélation, coupe de tissus biologiques, coloration et immunomarquage. Les lames peuvent être numérisées grâce à un scanner, stockées et partagées à distance sur un serveur dédié.

Les préparations fluorescentes, fixées ou vivantes, peuvent être visualisées sur différents systèmes de microscopie : confocal, super résolution, champ large… Des prestations plus spécifiques telles que la microfluidique, la déconvolution spectrale confocale, l’imagerie confocale à très haute résolution temporelle, les mesures de temps de vie de fluorescence et le micropatterning, sont également disponibles.

Le service de traitement d'images de la plateforme propose la gestion du stockage et du partage des images, le conseil et l’accompagnement dans l’analyse des données, la conception d’analyses spécifiques, l’écriture de macros pour automatiser les mesures et la réalisation de programmes d’analyse complexes.

Expertises et services

Microscopie confocale multi-couleurs et spectrale, à haut débit et à haute résolution temporelle,
Vidéomicroscopie et mesure dynamique (tracking cellulaire, mesure de flux ioniques…),
Microscopie de super résolution SIM et TIRF,
Histologie : multimarquage, immunohistochimie, immunofluorescence, coloration de tissus biologiques, tissue microarray,
Analyse d’images pour des traitements manuels ou de pré-automatisation (ImageJ, ICY, Volocity, Imaris, ilastik, QuPath…),
Réalisation ou modification de scripts (ImageJ, ICY, MATLAB, Java, Python),
Réalisation de mesures statistiques et mise en forme des résultats (Prism, MATLAB, R...),
Mise à disposition d’une plateforme web de gestion et partage des images (openImaDis),
Réalisation de micropatterns (fonctionnalisation résolue dans l’espace de surfaces de culture cellulaire),
Conception et rédaction d’algorithmes de traitement d’images (java, python…).
Conception de processus d’automatisation du pilotage des microscopes à fluorescence,
Production de pièces en impression 3D,
Inclusion en paraffine de tissus biologiques,
Production de lames paraffinées et congelées (coupes de tissus et dépôts sur lames),
Mise au point et réalisation de colorations et d'immunomarquages,
Formation à l’utilisation des systèmes d’imagerie, à la préparation et coupe d'échantillons, ainsi qu’aux méthodes d'analyse d'images (colocalisation, tracking, segmentation...).

Moyens et équipements

Microscope multimodal Nikon confocal A1 et super résolution SIM,
Microscope confocal Nikon A1 Resonant Spectral,
Scanner de lames Nanozoomer Hamamatsu (couleur et fluorescence),
Système de fonctionnalisation de surfaces (micropatterning) Primo Alvéole,
Microscope confocal Nikon C1,
Microscope vidéo Nikon TiE et source Spectra Lumencor,
Stéréomacroscope à fluorescence Axiozoom Zeiss et Apotome (sectionnement optique),
Vidéo microscope LEICA DMI8 time lapse,
Microscope de criblage à haut débit HCS Arrayscan Cellomics,
Microscope confocal like inversé à fluorescence Zeiss Axiozvert et Apotome,
Automate d’immunomarquage,
Station d'enrobage Leica,
Cryostat et microtomes Leica,
Automate de déshydratation Leica,
Automate de coloration Thermo,
Microscope multi-têtes Leica,
TMA Builder IMSTAR pour la réalisation de tissue microarray,
Système de microfluidique Bioflux 2000,
Système de mesure de temps de vie de fluorescence Picoquant (laser pulsé 488 nm, capteur SPAD, logiciel Symphotime),
Imprimante 3D Volumics,
Logiciels Volocity, Huygens SVI Déconvolution, Amira 3D, Metamorph Offline, BitplaneImaris, NIS Elements, Matlab,
Serveur de stockage et de calcul Dell PowerEdge R720xd, processeurs Intel Xeon E-26XX avec 2 baies de stockage Dell PowerVault MD1200.

<hr>Marquage de l'actine (phalloïdine, rouge) et du noyau (Hoechst, bleu) de cellule de glioblastome U251 sur micropattern de fibrinogène (vert).

<hr>Cellules endothéliales sur micropattern.

<hr>Cardiomyocytes dérivés de cellules souches IPS (DAPI, Ad GFP, phalloïdine rouge et image en réflexion).

<hr>Fibroblastes sur matrice 3D autofluorescente.

<hr>Cœur de souris non marqué visualisé en imagerie épiscopique.

<hr>Holotomographie pour l'imagerie cellulaire 3D sans marquage.

Comment soumettre un projet ?

MicroPICell accepte tout projet réalisable par le biais des techniques et méthodes disponibles sur la plateforme. Seul le critère de faisabilité est pris en compte dans l'acceptation des projets. La première prise de contact se fait sur rendez vous, par téléphone ou par mail. Les coordonnées des personnels de la plateforme et leur service de rattachement (histologie, imagerie, analyse) sont disponibles sur le site internet de MicroPICell.