PACA BioInfo

La plateforme PACA BioInfo est adossée au laboratoire Information génomique et structurale (IGS, UMR7256) sur les campus de Marseille Luminy et Joseph Aiguier. Elle offre aux académiques et industriels les outils bioinformatiques et l’expertise nécessaires à la réalisation d’analyses omiques. Depuis peu et face à une demande croissante, elle développe également une expertise en analyse d’images de cryo-microscopie.

Les compétences disponibles sur la plateforme couvrent un grand nombre de champs de la bioinformatique tels que l’assemblage et l’étude de séquences de (méta)génomique et (méta)transcriptomique issues des différentes technologies de séquençage.

PACA BioInfo offre un accès public via internet à divers logiciels développés en son sein. La plateforme est entre autres responsable du développement et du maintien de Phylogeny.fr (analyse phylogénétique) et ACDtool (analyse de grands jeux de données de comptage). Elle permet aussi l’exploration des génomes de virus découverts par l’IGS au travers d’une interface GBrowse dédiée et publique.

Expertises et services

• Analyse et manipulation de séquences : données Illumina (short reads), données Oxford Nanopore et PacBio (long reads), (méta)génomique, (méta)transcriptomique, protéomique, épigénomique, assemblage, mapping, recherche de variants et de motifs, prédiction de gènes,
• Conseil et soutien à la conception d’expériences de séquençage,
• Mise à disposition d’un service de phylogénie moléculaire (Phylogeny.fr),
• Mise à disposition d’un service de calcul statistique (ACDtool),
• Mise à disposition d’un service de visualisation de génomes spécifiques (GBrowse),
• Expertise et développement en analyse d’images de cryo-microscopie.

Moyens et équipements

• 612 cœurs de calcul répartis sur 3 générations de clusters,
• 120 cœurs de calcul répartis sur 3 machines SMP (256 Gb à 1 Tb de RAM),
• Serveur de virtualisation dédié GBrowse,
• 2 serveurs de virtualisation redondants pour les autres services,
• Serveur Galaxy interne à l’Institut de microbiologie de la Méditerranée (IMM),
• Serveur de calcul imagerie (32 cœurs, 256 Gb RAM, 18 432 cœurs CUDA, 192 Gb GDDR6),
• Espace de stockage brut d’environ 250 To.

Comment soumettre un projet ?

L’utilisation de la plateforme PACA BioInfo se fait avant tout au travers des outils qu’elle met à disposition du public. Cependant, tout projet ayant un lien avec les sujets traités au laboratoire Information génomique et structurale (IGS) dont elle dépend pourra être considéré. Pour soumettre un projet, vous pouvez envoyer par mail un bref résumé au responsable technique de la plateforme, Sébastien Santini. L’adéquation du projet avec les thématiques du laboratoire d’accueil et la charge de la plateforme sera évaluée par le responsable scientifique.

Exemple d'utilisation

Modélisation du génome d’éponges endémiques de la Méditerranée

En 2013, l'Institut méditerranéen de la biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE) et l’Institut de biologie du développement de Marseille (IBDM) ont contacté le laboratoire Information génomique et structurale (IGS) pour son appui bioinformatique dans le cadre de la modélisation du génome de deux variétés d’éponges endémiques de la Méditerranée. Ce projet baptisé Spongex a obtenu un financement de l’A*MIDEX d’Aix-Marseille Université.

La plateforme PACA Bioinfo a pris en charge l’ensemble des calculs et des manipulations des données de séquençage issues des technologies Illumina et PacBio. Plusieurs organismes ont été totalement ou partiellement assemblés à partir des données de métagénomique : une bactérie, une mitochondrie, une archaebactérie et deux éponges. Des données de transcriptomique sont venues compléter ces assemblages et ont permis, grâce à la puissance de calcul de PACA Bioinfo, d’obtenir de nouvelles informations sur l’émergence des épithéliums au cours de l’évolution. La plateforme a par ailleurs fourni, le temps du projet, un espace de stockage dédié et privé, ainsi qu’une série d’outils spécifiques pour l’annotation des différents génomes obtenus.

Pour en savoir plus : Belahbib H. et al. (2018). New genomic data and analyses challenge the traditional vision of animal epithelium evolution. BMC Genomics, 24;19(1):393.

Contact

PACA BioInfo
IGS, UMR7256
Parc scientifique de Luminy
163 avenue de Luminy
13288 Marseille
Région : Provence-Alpes-Côte d'Azur+33 (0)4 91 82 54 34
santini@igs.cnrs-mrs.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Bioinformatique, Génomique, transcriptomique

TUTELLES : CNRS

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique, IFB

LABELLISATION IBiSA : 2008

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES : Matthieu Legendre

RESPONSABLES TECHNIQUES : Sébastien Santini

MOTS CLÉS : Bioinformatique, NGS, Illumina, Oxford Nanopore, PacBio, (Méta)génomique, (Méta)transcriptomique, Virus géants, Interactions hôte-pathogène, Phylogénie, Analyse d’images

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