Pasteur Proteomics

Pasteur Proteomics offre à la communauté scientifique des compétences et des services pour intégrer au développement de projets des approches protéomiques basées sur la spectrométrie de masse à haute résolution. La plateforme dispose d’équipements de dernière génération et d'outils de bioinformatique sophistiqués.

La particularité de Pasteur Proteomics est de concevoir des approches protéomiques dédiées à l’étude de protéines dans le contexte de maladies infectieuses. La plateforme développe des méthodologies et met en place des pipelines et des outils bioinformatiques pour la caractérisation des protéines et de l’interaction hôte-pathogène lors de l’infection.

La plateforme est impliquée dans des réseaux nationaux (F3P, PPIF), internationaux (CoreForLife, CTLS, EPIC-XS) et participe activement aux actions des deux principales sociétés françaises de spectrométrie de masse (SFSM) et de protéomique (SFEAP). Elle est ouverte aux équipes de l’Institut Pasteur et d'autres laboratoires, publics et privés.

Expertises et services

• Définition et conception d’expériences,
• Accompagnement pour la mise en place de projets,
• Conseil et aide à la préparation des échantillons,
• Identification de protéines et peptides faiblement abondants dans des échantillons biologiques complexes (cultures cellulaires, fluides corporels…),
• Quantification relative à large échelle (label free, Silac, TMT, DDA, DIA…),
• Quantification ciblée, relative et absolue, par des approches PMR,
• Caractérisation de modifications post-traductionnelles (PTMs), en particulier chez les bactéries et les parasites,
• Identification et analyse de complexes protéiques (AP-MS, TurboID, BioID…),
• Profiling par mesure de masse moléculaire de protéines entières,
• Analyse protéomique de type top-down,
• Analyse bioinformatique et biostatistique,
• Proteogénomique.

Moyens et équipements

Spectromètres de masse :

• 2 Q Exactive Plus couplés à une nanoLC Proxeon 1200 (Thermo Fisher),
• Q Exactive HF couplée à une EASY nanoLC Proxeon 1200 (Thermo Fisher),
• LTQ Velos Orbitrap Pro (Thermofisher) couplé à une chaine U3000 nanoLC (Dionex),
• Orbitrap Fusion Lumos couplé à une nanoLC (Dionex) et équipé d’ETD et d’UVPD.

Chromatographies préparatives :

• Chaine HPLC Agilent,
• Chaine ÄKTA^™.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à Pasteur Proteomics, remplissez le formulaire accessible en ligne sur le site internet et envoyez le par mail à l’adresse proteomics@pasteur.fr. La plateforme vous recontactera pour étudier avec vous la faisabilité du projet. Une réunion sera alors organisée avec les chercheurs impliqués, qui seront invités à présenter le contexte de l’étude et le projet d’analyse. A l'issue de cette réunion, la plateforme évaluera le coût du projet, déterminera le protocole et fixera une date pour la réalisation des travaux.

Un comité d'utilisateurs créé récemment contribue à améliorer l’offre de service de la plateforme. Le délai nécessaire à la réalisation des projets varie selon le type de service demandé. Il peut être de deux semaines pour des analyses de routine et de plusieurs mois pour des projets plus complexes. Les projets sont pris en charge en fonction de l'arrivée des demandes et de leur faisabilité. La plateforme dispose d’un comité de pilotage qui peut l’aider à prioriser et statuer sur des projets d’envergure.

Exemple d'utilisation

Caractérisation du processus d’invasion caractéristique des entérobactéries

Les entérobactéries telles que les espèces Salmonella et Shigella ont la capacité d’envahir les cellules épithéliales intestinales de manière non phagocytaire. Elles induisent la formation de plis dans la membrane plasmique des cellules hôtes, leur permettant d’y pénétrer par endocytose de vacuoles (BCV). En parallèle de ce mécanisme, des macropinosomes vides sont formés aux environs des BCV. Quelques minutes après leur formation, la taille des BCV augmente par fusion avec les macropinosomes environnants.

L’objectif de l'équipe de Jost Enninga à l’Institut Pasteur est de caractériser ce processus d’invasion durant les différentes phases d’infection. Les chercheurs ont développé des techniques biochimiques pour isoler et purifier ces compartiments cellulaires dans le but de déterminer leur composition protéique. Ils ont fait appel à Pasteur Proteomics pour réaliser une étude protéomique de type label free visant à identifier et quantifier les protéines impliquées lors de la phase précoce d’infection (30 minutes à 3 heures après infection) par Salmonella enterica sérotype Typhimurium. Les résultats de la plateforme ont mis en évidence le rôle clé du complexe COPII et de la protéine VAMP7 dans la localisation intracellulaire et la réplication de Salmonella (J.-C. Santos et al., 2015).

La plateforme a par ailleurs développé une méthode de fractionnement cellulaire basée sur l’utilisation de billes magnétiques pour extraire spécifiquement les macropinosomes lors de l'entrée des bactéries dans la cellule hôte. Un protocole a été optimisé pour réduire de manière conséquente les étapes de préparation des échantillons et le temps d’acquisition des données par spectromètrie de masse. Ce protocole a été mis en œuvre avec Salmonella enterica sérotype Typhimurium puis Shigella flexneri.

Pour en savoir plus : Santos J.-C. et al. (2015). The COPII complex and lysosomal VAMP7 determine intracellular Salmonella localization and growth. Cell Microbiology, 17(12):1699-720.

Contact

Pasteur Proteomics
Institut Pasteur
28 rue du Docteur Roux
75015 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 44 38 93 88
proteomics@pasteur.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Protéomique

TUTELLES : CNRS, Institut Pasteur

LABELLISATION IBiSA : 2012

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Julia Chamot-Rooke

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Mariette Matondo

RESPONSABLES QUALITÉ (RMQ) :
Thibaut Douché

MOTS CLÉS : Spectrométrie de masse, Identification de protéines, Quantification de protéines, Protéomique ciblée, Bottom-up, Top-down, Modifications post-traductionnelles, PTMs, Interactions biomoléculaires, Interactomique

Fiche mise à jour en 2022

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