PISSARO

Analyses protéomiques pour l’identification, la quantification, la recherche de biomarqueurs et la caractérisation de modifications post-traductionnelles, notamment sur les protéines thérapeutiques.

Site de la plateforme

PISSARO

Site de la plateforme

PISSARO

Créée en 2003, la plateforme PISSARO offre à la communauté scientifique, académique et industrielle, une expertise et des moyens technologiques efficaces et reconnus dans le domaine de la séparation, de l’identification et de la quantification des protéines et peptides, ainsi que dans l’étude de leurs modifications post-traductionnelles.

La plateforme est dotée d’un parc instrumental regroupant de nombreuses techniques : la spectrométrie de masse, la chromatographie liquide, le séquençage N-terminal, l’électrophorèse mono et bidimensionnelle... Un personnel dédié assure la maîtrise des appareillages, ainsi que la préparation des échantillons dans tous les domaines du vivant. Ce savoir-faire est mis à profit pour mener à bien ou contribuer à des projets de recherche sur des organismes variés : bactéries, Homme et plantes.

Expertises et services

Recherche translationnelle et identification de biomarqueurs à des fins diagnostiques, pronostiques, théranostiques, en particulier dans le contexte des maladies auto-immunes,
Caractérisation de glycoprotéines, notamment de protéines thérapeutiques glycosylées,
Recherche de cibles protéiques impliquées dans l'adhésion et la résistance bactérienne,
Développement d’une expertise dans le domaine des modifications post-traductionnelles,
Recherche et quantification de peptides endogènes dans des matrices complexes, tissus et fluides biologiques.

Moyens et équipements

Spectrométrie de masse et chromatographie :

Couplage EASY-nLC et LTQ-Orbitrap Elite (Thermo Scientific),
Couplage Ultimate 3000 et Q Exactive (Thermo Scientific),
Couplage nanoLC, Chip et QTOF XT (Agilent),
Couplage électrophorèse capillaire et QTOF 6520 (Agilent),
Couplage UPLC 1290 et QQQ 6490 avec technologie iFunnel (Agilent),
Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF UltrafleXtreme (Bruker).

Microséquençage des protéines :

Séquenceur Procise 494 (Applied Biosystems),
Séquenceur Procise 492 (Applied Biosystems).

Electrophorèse :

Systèmes pour la focalisation isoélectrique : IPGPhor (GE Healthcare), Multiphore II (Pharmacia), IEFCell (Bio-Rad) et offGel (Agilent),
Systèmes pour le SDS-PAGE : PROTEAN II XL (Bio-Rad) et Dodeca Cell Criterion (Bio-Rad),
Imageur biomoléculaire Typhoon FLA 9500 (GE Healthcare).

Traitement biochimique des échantillons :

Automate Multiprobe II (PerkinElmer),
Automate Biomek 3000 (Beckman),
Automate JANUS (PerkinElmer).

Traitement des données :

Identification des protéines : Mascot (Matrix Sciences), Proteome Discoverer (Thermo Scientific) et Spectrum Mill (Agilent),
Séquençage de novo : Peaks Studio (Bioinformatics Solutions),
Quantification : Progenesis QI (Waters), SameSpots (TotalLab) et Mass Profiler (Agilent),
Annotation fonctionnelle : IPA (Qiagen).

<hr>Spectromètre de masse Q Exactive Plus (Thermo Scientific).

<hr>Spectromètre de masse triple quadrupôle Agilent 6490.

<hr>Puce intégrant une colonne chromatographique.

<hr>Dépôt d’échantillons sur une plaque MALDI.

<hr>Vue extérieure d’une source nanoESI.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à PISSARO, contactez par mail le responsable scientifique de la plateforme, Pascal Cosette. Décrivez brièvement votre projet, l’organisme sur lequel vous travaillez et l’objectif de votre demande (identification, quantification…). La plateforme vous recontactera sous deux semaines pour vous proposer une stratégie en adéquation avec votre demande. Le délai de réalisation des projets varie en fonction de l’analyse souhaitée.

Exemple d'utilisation

Recherche de biomarqueurs de réponse à une biothérapie ciblée chez les patients atteints de polyarthrite rhumatoïde

Dans le cadre de la recherche de biomarqueurs, des cliniciens ont sollicité PISSARO pour mettre en évidence des protéines permettant de prédire la réponse à différents traitements thérapeutiques. La plateforme a mené une étude protéomique comparative pour identifier une signature théranostique prédictive de non réponse chez les patients atteints de polyarthrite rhumatoïde (PR) traités par une association d'étanercept et de méthotrexate. Pour cela, des échantillons ont été prélevés avant l'exposition au traitement d'une cohorte de patients atteints de PR active. PISSARO a procédé à une analyse différentielle de type label free. Ces travaux ont permis d'identifier un ensemble de 12 biomarqueurs capables de prédire la réponse au traitement. Une analyse quantitative ciblée a confirmé le potentiel de 7 protéines de cette combinaison sur une nouvelle cohorte.

Pour en savoir plus : Obry A. et al. (2015). Identification of 7 proteins in sera of RA patients with potential to predict ETA/MTX treatment response. Theranostics, 5(11):1214-1224.

Contact

PISSARO
Centre universitaire de recherche et d’innovation en biologie (CURIB)
25 rue Tesnière
76821 Mont-Saint-Aignan
Région : Normandie+33 (0)2 35 14 63 97
pascal.cosette@univ-rouen.fr
Site de la plateforme