Plateforme glycomique et protéomique (PAGés-P3M)

PAGés-P3M est l'unique plateau français labélisé IBiSA dédié à l’analyse globale des glycannes, glycolipides, glycopeptides et glycoprotéines entières. Adossée à l’Unité de glycobiologie structurale et fonctionnelle (UGSF) et à l’Institut Pasteur de Lille, la plateforme profite d’une longue expérience dans l’étude des glycosylations et des protéines. Elle met à disposition de solides expertises pour l’identification et la quantification des monosaccharides, glycannes et polysaccharides. Elle utilise des approches glycoprotéomiques pour l’identification et la localisation des glycosylations, ainsi que la spectrométrie de masse des glycoprotéines entières pour la quantification des glycoformes et l’étude des interactions avec ligands ou protéines partenaires.

PAGés-P3M dispose également d’une forte expertise en analyse protéomique et en caractérisation des modifications post-traductionnelles. La plateforme développe en particulier des analyses de thermal proteome profiling (TPP) pour l’identification des interactomes impliqués dans l’action des médicaments, les voies métaboliques, ou encore les modulations d’expression de gènes. Ouverte aussi bien au monde industriel qu'académique, PAGés-P3M répond aux besoins quel que soit le projet : formation, utilisation d’instruments, prestation ou développement.

Expertises et services

• Analyse glycomique : analyse détaillée de la structure de glycannes et glycoconjugués biosynthétisés ou neosynthétisés (N- et O-glycosylation des glycoprotéines, glycolipides, oligosaccharides, polysaccharides…) connus et inconnus,
• Détermination de paramètres structuraux : configuration et anomérie des monosaccharides, composition, séquence et liaisons de glycannes de toute origine (procaryote, eucaryote, virus),
• Analyse de glycoprotéines : identification des N- et O-glycannes par analyse glycomique et glycoprotéomique, localisation des sites de N- et O-glycosylation et quantification de l’occupation des sites par analyse glycoprotéomique et analyse des glycoprotéines intactes.
• Formation aux techniques analytiques des glycannes : spectrométrie de masse (MS), chromatographie en phase gazeuse (GC), GC/MS, résonance magnétique nucléaire (RMN) et chromatographie en phase liquide (HPLC),
• Analyse protéomique à haut débit de protéomes (immunopeptidomes, interactomes, protéomes complexes) avec quantification label-free (spectral counting ou XIC) et par marquage TMT,
• Analyse de thermal proteom profiling (TPP) : préparation d'échantillons (dénaturation, digestion, marquage), analyse 2D LC-MS/MS, traitement bioinformatique et statistique des données obtenues,
• Étude de modifications post-traductionnelles : méthylations, phosphorylations, ubiquitinylations, maturations N- et C-terminales,
• Analyse supramoléculaire de macrocomplexes protéiques par spectrométrie de masse à haute résolution en conditions natives ou dénaturantes.

Moyens et équipements

Spectrométrie de masse :

• MALDI-QIT-TOF Shimadzu Resonance,
• amaZon speed ETD couplé à une nanoLC U3000,
• Orbitrap Q Exactive couplé à une nanoLC U3000,
• Xevo G2-XS TOF couplé à un robot d’injection TVNM ou LC U3000.

Chromatographie en phase gazeuse : 

• GC-MS/MS Thermo TSQ Quantum couplé à une Trace GC Ultra,
• GC-MS Agilent 5977B MSD couplé à une 7820A,
• GC-FID Agilent 7820A,
• GC-FID Thermo Trace GC Ultra.

Chromatographie en phase liquide : 

• 2 HPLC équipées de détecteurs UV et de fluorescence,
• Thermo U3000 ICS-5000+ pour la chromatographie ionique.

Résonance magnétique nucléaire (RMN) :

• Accès aux équipements de la fédération de recherche FR2054 pour l’analyse structurale de novo des glycoconjugués,
• RMN 400 MHz avec sondes TBI 5 mm (²H, ¹H, ¹³C, X) et BBO 5 mm (²H, ¹H, X),
• RMN 800 MHz avec sondes BBI 3 mm (²H, ¹H, X), TXI 5 mm (²H, ¹H, ¹³C, ¹⁵N) et HR-MAS 4 mm (²H, ¹H, ¹³C, ³¹P),
• RMN 900 MHz avec cryosonde 5 mm (²H, ¹H, ¹³C, ¹⁹F, ¹⁵N).

Comment soumettre un projet ?

Toute demande peut être envoyée par mail à l’adresse pages-p3m@univ-lille.fr. Après une rapide analyse de la faisabilité du projet, une réunion est généralement proposée afin d’établir la stratégie analytique à utiliser. Une fois le mode de collaboration choisi (prestation, développement ou mise à disposition d’instruments et de savoir-faire), une fiche projet est formalisée, marquant le début de la collaboration selon les termes décidés.

Exemple d'utilisation

Détermination de la N-glycosylation des immunoglobulines G

La plateforme PAGés-P3M a établi le profil de glycosylation des immunoglobines G (IgG) au niveau glycanique et glycopeptidique. Les N-glycannes libérés de la glycoprotéine par la PNGase F et perméthylés ont été analysés par spectrométrie de masse MALDI-TOF-MS et MS/MS, afin d’établir la carte glycomique et de définir la structure fine des N-glycannes. L'analyse quantitative des N-glycannes libres a été réalisée par LC couplée à un détecteur de fluorescence ou par LC-MS.

L’analyse glycoprotéomique a permis de confirmer la nature des glycannes, mais surtout d’identifier les sites de glycosylation. L'analyse des produits de digestion enzymatique des IgG a été réalisée à l'aide d’un Orbitrap Q Exactive couplé à une colonne C18 montée sur une nanoLC. Les spectres ont été identifiés à l’aide du logiciel Byonic (Protein Metrics Inc) et la quantification relative des glycovariants a été effectuée avec le logiciel Skyline (MacCoss Lab Sofware).

Contact

PAGés-P3M
UMS2014-UAR41 PLBS
Université de Lille
Cité scientifique, Bâtiment C9
59655 Villeneuve-d’Ascq
Région : Hauts-de-France+33 (0)3 20 33 63 47
pages-p3m@univ-lille.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Biologie structurale, biophysique, biochimie

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Nao Yamakawa, Jean-Michel Saliou

TUTELLES : CHU de Lille, CNRS, Inserm, Institut Pasteur, Université de Lille

LABELLISATION IBiSA : 2014

MOTS CLÉS : Glycomique, Glycoprotéomique, Structure, Protéomique, Native MS, Spectrométrie de masse, RMN

Fiche mise à jour en 2022

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