Plateforme de cytométrie et biomarqueurs (UTechS CB)

Un support inédit à la recherche translationnelle et fondamentale par le biais de technologies innovantes pour le phénotypage, le tri cellulaire et l’étude moléculaire à l’échelle de la cellule unique.

Site de la plateforme

Plateforme de cytométrie et biomarqueurs (UTechS CB)

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Plateforme de cytométrie et biomarqueurs (UTechS CB)

L’Unité de technologie et service Cytométrie et biomarqueurs (UTechS CB) a pour mission de soutenir des projets de recherche translationnelle et fondamentale à travers des équipements de haute technologie pour le phénotypage multi-couleurs, le tri cellulaire et l’étude de profils moléculaires à l’échelle de la cellule unique (single cell). La plateforme dispose de laboratoires de niveau L2 et L3 pour la manipulation de matériel humain et infectieux. Cette configuration et la diversité de ses technologies lui permettent d’apporter des solutions adaptées à l’ensemble des besoins d’un projet biomédical.

La plateforme UTechS CB est ouverte à la communauté scientifique académique et industrielle. Elle accueille de nombreux projets de recherche fondamentale dans des thématiques variées : maladies infectieuses, cancer, allergies, auto-immunité, transplantation… Ses axes de développement se concentrent sur l'analyse à l’échelle de la cellule unique, l’expérimentation sous hypoxie et l’étude de profils immunitaires pour la découverte de biomarqueurs en vaccinologie et dans différents contextes pathologiques.

Expertises et services

Soutien à la recherche translationnelle et fondamentale,
Réalisation de prestations de service,
Étude de profils immunitaires,
Phénotypage multi-couleurs et tri cellulaire,
Analyse à l’échelle de la cellule unique (single cell),
Etude moléculaire multiplexe et ultrasensible (profils ARN et protéiques),
Expérimentation en condition d’hypoxie,
Soutien bioinformatique,
Enseignement et formation,
Développement de nouvelles applications et collaborations.

Moyens et équipements

Laboratoires de confinement :

Laboratoires de culture cellulaire de niveau L2 et L3 intégralement équipé avec possibilité d'expérimentation en condition d’hypoxie (Biospherix xVivo).

Phénotypage et tri cellulaire :

Cytomètres analyseurs : BD LSR Fortessa, Symphony A5 (5 lasers, 28 paramètres), Sony Spectral (3 lasers, 21 paramètres), Beckman Coulter CytoFlexS (4 lasers, 13 paramètres, lecteur de plaques, comptage absolu),
Trieurs à haute vitesse : BD FACS Aria III, FACS Aria Fusion (5 lasers, 4 voies de tri, 18 paramètres), Beckman Coulter MoFlo Astrios EQ (7 lasers, 6 voies de tri, 30 paramètres),
Séparateurs et trieurs : Miltenyi autoMACS Pro, multiMACS pour enrichissement rapide de suspensions cellulaires ou du sang total,
Cytomètre en images : Amnis ImageStream Mark II (5 lasers, 12 paramètres),
Imagerie en temps réel : Essen BioScience IncuCyte Zoom,
Métabolisme cellulaire : Agilent Seahorse XF, respiration mitochondriale et glycolyse en plaques 96 puits.

Etude de protéines en multiplex et ultrasensible :

Bio-Rad BioPlex 200, xMAP pour quantification (jusqu’à 100 analytes),
Curiox DropArray, préparation d'échantillons pour xMAP, réduction de volume réactionnel,
Quanterix Simoa HD-1, ELISA digitale et ultrasensible.

Étude de profils moléculaires (acides nucléiques) :

Single cell : préparation d'échantillons pour scRNA-Seq par 10x Chromium, Fluidigm C1, Polaris (étude fonctionnelle), BioMark (PCR en temps réel à haut débit),
Microfluidique : technologies pour l’analyse de sphéroïdes 3D et la séparation de cellules (en cours de développement),
Expression génique par hybridation : NanoString Technologies nCounter Dx Analysis System, quantification directe et multiplexe (800 gènes),
Quantification : Agilent 2100 BioAnalyzer, Thermo Fisher Scientific Qubit 2.0 Fluorometer.

Analyse des données :

Solutions commerciales : Qlucore Omics Explorer, IDEAS (Amnis), FlowJo (Tree Star), Kaluza (Beckman Coulter), Diva (BD), SP6800 (Sony),
Solutions open source (R et RStudio) pour l’analyse de données de RNA-Seq à l’échelle single cell et pour l’analyse supervisée et non supervisée de données de cytométrie.

<hr>Dosage de protéines par ELISA ultrasensible.

<hr>Analyse transcriptomique à l'échelle de la cellule unique.

<hr>Expression génique multiplexe par hybridation.

<hr>Cytomètre en images et équipements de culture cellulaire.

<hr>Laboratoire dédié à la biologie moléculaire.

<hr>Banc optique de l'analyseur Symphony A5.

<hr>Analyse de données de cytométrie spectrale.

<hr>Application SCHNAPPS développée par UTechS CB pour une analyse de données de RNA-Seq à l’échelle de la cellule unique.

Comment soumettre un projet ?

Vous pouvez utiliser l'outil de soumission de projet disponible sur le site de la plateforme UTechS CB. Les renseignements suivants sont requis : nom et affiliations du chef de projet, du chef de laboratoire et des utilisateurs associés au projet, titre et résumé du projet, description des pathogènes et approbations relatives à l’utilisation d’échantillons humains.

L’examen du projet par la plateforme intervient après la validation du chef de laboratoire et prend une à deux semaines. Pour qu’il soit accepté, le projet doit répondre aux exigences réglementaires de l'Institut Pasteur. Lors de sa validation, les modalités de formation et d'accès aux laboratoires et technologies sont communiquées aux utilisateurs par mail. Toute modification (liste des utilisateurs, pathogènes ou types d'échantillons, durée du projet) peut être soumise en ligne et à tout moment par le chef de projet.

Exemple d'utilisation

Un soutien intégratif au projet translationnel « Milieu Interieur », de la mise au point des protocoles jusqu’à l’analyse des données

Dans le cadre du projet « Milieu intérieur », l'UTechS CB a joué un rôle déterminant dans l'établissement de pipelines et de protocoles standardisés, le traitement et l'analyse des échantillons et des données. L'objectif du projet était d'étudier des déterminants de la variabilité de la réponse immunitaire humaine saine en s’appuyant sur une cohorte de 1 000 donneurs sains.

UTechS CB a caractérisé les cellules immunitaires du sang périphérique en homéostasie par cytométrie de flux et analysé la contribution des facteurs génétiques et environnementaux à la variabilité observée. La réponse immunitaire suite à une stimulation du sang périphérique a été quantifiée au niveau protéique (xMAP) et de l’ARN (Nanostring). Une nouvelle cohorte de donneurs est prévue.

Avec ce projet, la plateforme a acquis une expertise dans le domaine de l’étude des profils immunitaires et la capacité à soutenir des études de recherche translationnelle à grande échelle. Elle déploie actuellement son savoir-faire à des études en contexte pathologique.

Pour en savoir plus : Patin et al. (2018). Natural variation in the parameters of innate immune cells is preferentially driven by genetic factors. Nature Immunology, 19(3):302-314.