Expertise en anatomie pathologique (APEX)

APEX est une plateforme originale associant l’expertise de pathologistes vétérinaires à celle d’ingénieurs spécialisés en bioimagerie de fluorescence. Ses produits et services sont certifiés ISO 9001 et ses pathologistes sont diplômés du Collège européen de leur spécialité, garantissant la conformité de leur savoir-faire vis-à-vis de la réglementation européenne.

Structurée autour d’experts aux compétences complémentaires, APEX propose une offre intégrée en histopathologie vétérinaire et des développements en imagerie de haute technologie, de la molécule à l’animal, sur un large spectre d'espèces animales en réponse aux problématiques de physiopathologie comparée.

Grâce à cette synergie, la plateforme fournit une expertise scientifique dans les domaines de la caractérisation de modèles animaux, la physiopathogénie de maladies infectieuses, le suivi tissulaire et cellulaire d’agents exogènes, le développement d’études précliniques et réglementaires, l’évaluation toxicopathologique de l’impact de polluants environnementaux sur les espèces sentinelles et modèles, la nutrition et la sécurité alimentaire.

Expertises et services

• Collaboration ou prestation en histopathologie et bioimagerie de fluorescence,
• Développement de multi-marquages pour le phénotypage tissulaire et cellulaire,
• Développement de nouvelles méthodologies pour le tracking cellulaire,
• Développement de nouvelles méthodologies pour la préparation des échantillons, coloration in toto et transparisation,
• Mise à disposition des équipements de la plateforme après formation,
• Soutien en analyse d’images,
• Conception et organisation de formations en microscopie, histopathologie et immunohistochimie.

Moyens et équipements

Traitement des prélèvements tissulaires :

• Automates de déshydratation,
• Station d’enrobage-paraffine,
• Automate à coloration,
• Microtomes rotatifs semi-automatisés,
• Vibratome,
• Cryostats,
• Ultramicrotome,
• Microdissecteur laser LMD 7000, Leica.

Exploration phénotypique tissulaire et cellulaire :

• Microscope multi-photonique A1RMP Nikon équipé d’un scanner résonnant, d’un laser accordable Insight Deepsee 680-1300 nm, d’une raie fixe à 1040 nm, d’un module FLIM Picoquant, d’une régulation thermique et en CO₂,
• Microscope confocal spectral LSM780 Zeiss équipé de 6 raies laser 405, 458, 488, 514, 561, 633 nm, de 32 détecteurs GaAsp spectraux, d’un module TIRF motorisé avec 2 raies laser 488 et 561 nm, d’un module Airyscan et d’une enceinte thermostatée et régulée en CO₂,
• Microscope confocal C2 Nikon équipé de 4 raies laser, 405, 488, 561 et 647 nm, d’un module super-résolution TIRF/PALM/NSTORM, d’une caméra ORCA-Flash 4.0 et d’une chambre thermostatée régulée en CO₂,
• Scanner de lames Axioscan Zeiss, lumière blanche et fluorescence, avec une capacité de 100 lames,
• Station Mantra multi-spectrale PerkinElmer,
• 2 microscopes champs large 80i et 90i Nikon, équipés de caméras à couleurs refroidies,
• Logiciels pour l’analyse d’images : Nikon Imaging Software, FiJi, AMIRA, Huygens, InForm.

Comment soumettre un projet ?

La plateforme APEX est ouverte à toutes les équipes de recherche, qu’elles soient académiques ou privées. Tout utilisateur s’engage au préalable à accepter les clauses de la charte des utilisateurs accessible sur le site internet de la plateforme ou sur demande.

Pour faire appel à APEX, adressez une demande, de préférence par mail, à l’un des responsables de la plateforme. Leurs coordonnées sont disponibles sur le site internet. Un plan d’étude sera complété pour servir de support à l’évaluation de la demande par le comité local de gestion et à l’établissement d’un devis dans un délai maximum de trois semaines. La grille tarifaire validée annuellement par les organismes tutélaires est consultable en ligne.

Seules les personnes ayant suivi une formation spécifique dispensée par la plateforme peuvent recevoir une habilitation à utiliser les équipements de façon autonome. Dans les autres cas, les observations et interprétations sont faites directement par l’équipe d’APEX, éventuellement accompagnée par un membre de l’équipe demandeuse, dans le but d’assurer une utilisation optimale des méthodologies et garantir la fiabilité des résultats.

Exemple d'utilisation

Etude de l’impact physiopathogénique et de la protection immune apportée par le virus du syndrome de détresse respiratoire et reproducteur porcin (SDRRP)

La plateforme APEX a été sollicitée par l’équipe de Nicolas Bertho sur le site INRAE de Jouy-en-Josas pour participer à la caractérisation de l’impact physiopathogénique et de la protection immune conférée par différentes souches de virus du syndrome de détresse respiratoire et reproducteur porcin (SDRRP). Elle a directement pris en charge les prélèvements de poumon de porc et réalisé des préparations histologiques permettant une analyse lésionnelle. Dans ce cadre, une grille de « scoring » a été mise au point puis validée. Cette première étape a été complétée par des immunomarquages visant à déterminer le tropisme cellulaire du virus. Les résultats ont été mis en relation avec les données obtenues par les autres équipes de recherche impliquées dans le projet. Ces travaux ont été valorisés par deux publications.

Pour en savoir plus : Bordet E. et al. (2019). Macrophage-B cell interactions in the inverted porcine lymph node and their response to porcine reproductive and respiratory syndrome virus. Frontiers in Immunology, 10:953.

Contact

APEX
UMR0703 PAnTher, INRAE/Oniris
Site de la Chantrerie
Route de Gachet
44307 Nantes
Région : Pays de la Loire+33 (0)2 40 68 40 30
marie-anne.colle@oniris-nantes.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Histologie, anatomopathologie

TUTELLES : INRAE, Oniris

INFRASTRUCTURES NATIONALES : NeurATRIS

LABELLISATION IBiSA : 2014

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Marie-Anne Colle

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Thibaut Larcher, Laurence Dubreil

RESPONSABLES QUALITÉ :
Isabelle Calard

MOTS CLÉS : Modèles animaux, Histopathologie, Pathologie comparée, Phénotypage tissulaire, Tracking, Immunohistochimie, Fluorescence, Transparisation, Microscopie confocale, Déconvolution spectrale, Multi-photons, SHG, THG, Super-résolution, TIRF, Airyscan, NSTORM, Scanner de lames

Fiche mise à jour en 2022

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