Metabolomics, lipidomics, steroidomics analysis (MELISA)

Analyse structurale, dosage, métabolomique et lipidomique appliqués à la sécurité chimique des aliments et à l’environnement.

Site de la plateforme

Metabolomics, lipidomics, steroidomics analysis (MELISA)

Analyse structurale, dosage, métabolomique et lipidomique appliqués à la sécurité chimique des aliments et à l’environnement.

Site de la plateforme

Metabolomics, lipidomics, steroidomics analysis (MELISA)

La plateforme MELISA du LABERCA est spécialisée dans les domaines de la métabolomique, de la lipidomique, du dosage et de l’analyse structurale, appliqués à la sécurité chimique des aliments et à l’environnement. Elle met une expertise et des technologies de pointe au service de projets académiques et privés, qui englobent l'ensemble ou une partie du processus d’analyse, depuis la conception du plan expérimental jusqu'à la valorisation des résultats.

Des stratégies analytiques ont été mises en place pour l’analyse de fractions sub-métabolomiques telles que la lipidomique et la stéroïdomique. La plateforme dispose également d’une expertise en bioinformatique qui lui permet de développer ses propres applications. Enfin, elle diffuse ses savoirs lors de formations régulières.

La plateforme est membre de la composante « Analyses structurale et métabolomique » (CORSAIRE) du réseau Biogenouest. En matière d’analyse structurale, la complémentarité des différentes technologies qu'elle propose contribue à faciliter l’élucidation structurale de composés de faible poids moléculaire (HRMS, MS/MS, rapport isotopique…). La consultation de banques de données externes et internes permet d’émettre des hypothèses de structure chimique. En parallèle de ses activités, la plateforme MELISA poursuit des développements méthodologiques autour d'innovations technologiques, de l’évaluation et de la mise en œuvre de nouvelles technologies (GCxGC, AMS, IM...).

Expertises et services

Conception, réalisation et valorisation d’études (collaborations ou services),
Conseil pour la conception, la conduite de projets et l’interprétation des résultats,
Réalisation de traitements avancés de données et analyse de données grâce à des outils bioinformatiques et statistiques dédiés,
Réalisation de dosages à façon,
Animation de formations individuelles et collectives, théoriques et pratiques,
Organisation de journées thématiques et d’ateliers pratiques,
Accueil de stagiaires.

Moyens et équipements

LC-HRMS Thermo Scientific Q Exactive,
LC-HRMS Thermo Scientific Exactive,
LC-HRMS Thermo Scientific Exploris 120,
APGC/LC-HRMS Bruker Tims-ToF avec mobilité ionique,
GC-HRMS Thermo Scientific Q Exactive,
LC/GC-HRMS Waters Synapt G2 HDMS avec mobilité ionique,
LC-Qtrap MS Sciex 6500+ avec mobilité ionique (Selexion),
GC/LC-MS/MS Waters Xevo TQS,
GC-MS/MS Agilent 7000 et 7010,
Station de retraitement haute performance dédiée à l’activité de la plateforme au sein d’un réseau informatique structuré et sécurisé,
Serveur de stockage de masse haute performance et sécurisé, dimensionné pour l’accueil de données métabolomiques et lipidomiques (12 To).

<hr>Analyse d’échantillons sur LC-HRMS Thermo Q Exactive.

<hr>Retraitement de données métabolomiques sous Galaxy.

<hr>Formation sur les instruments de la plateformes.

<hr>
Passeur d’échantillon automatique pour 3 plaques 96 puits ou 3 supports de 48 vials.

Comment soumettre un projet ?

Vous pouvez contacter par mail Yann Guitton pour les activités en omiques et Anne-Lise Royer pour les analyses stéroïdomiques et les dosages. Il est également possible de prendre rendez-vous avec l'équipe de MELISA par téléphone ou sur place, et de déposer une demande de projet directement sur le portail MAMA de l'infrastructure MetaboHUB, en précisant que vous souhaitez réaliser vos analyses avec « Grand Ouest MTH platform ».

Exemple d'utilisation

Lactacol : étude du lipidome et du métabolome du lait maternel

Dans le cadre du projet Lactacol mené avec différents partenaires nantais (INRAE, Oniris…), la plateforme MELISA a réalisé des analyses LC-HRMS en métabolomique et lipidomique. Son expertise a été appliquée à la recherche, dans le lait maternel, de biomarqueurs corrélés avec le schéma de croissance précoce de prématurés nés avant 32 semaines (N=138).

Au travers de cette étude, la plateforme a fait évoluer ses méthodes en métabolomique et lipidomique et partagé ses savoir-faire avec les chercheurs par le biais de formations à l’analyse de données de spectrométrie de masse. Des variations dans le contenu lipidique du lait maternel ont été observées et mise en relation avec des schémas de croissance, en particulier les sphingomyélines et les acides gras saturés à chaine moyenne.

Pour en savoir plus : Alexandre-Gouabau M.-C. et al. (2018). Breast milk lipidome is associated with early growth trajectory in preterm infants. Nutrients, 10(2):164.