Plateforme post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S)
Une expertise et des technologies de pointe pour la génomique et la protéomique, deux domaines complémentaires réunis sur un même site.
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Plateforme post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S)
Une expertise et des technologies de pointe pour la génomique et la protéomique, deux domaines complémentaires réunis sur un même site.
Plateforme post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S)
Installée dans les locaux de la faculté de médecine de Sorbonne Université, la plateforme P3S met à disposition des laboratoires académiques et privés une expertise et des technologies de pointe en matière de génomique et protéomique. Dans le cadre de collaborations, elle propose à ses utilisateurs un accompagnement tout au long de la réalisation de leur projet, depuis le conseil méthodologique jusqu'à l’interprétation des résultats.
La plateforme met également à disposition, au sein d’un service commun, des équipements courants de laboratoires : qPCR, scanners et caméras, spectrophotomètres, automate de pipetage… L’accès libre à ces équipements est conditionné à une formation préalable.
Expertises et services
Analyse génomique :
- Génotypage sur puces Illumina,
- Analyse de la méthylation d’échantillons congelés ou FFPE sur puces EPIC Illumina.
Analyse protéomique :
- Quantification relative par LC-MS/MS,
- Identification protéique,
- Contrôle qualité de protéines recombinantes ou purifiées et peptides synthétiques,
- Electrophorèse 2D-DIGE.
Moyens et équipements
Analyse génomique :
- Plateforme BeadStation 500 (Illumina).
Analyse protéomique :
- Système LC-MS/MS : nanoHPLC nanoElute (Bruker) et spectromètre de masse timsTOF Pro (Bruker) équipé de la technologie PASEF et de la mobilité ionique,
- Robot de préparation des échantillons Digest PRO MSI (Intavis) pour la digestion protéique et le dessalage de peptides,
- Equipement complet pour l’électrophorèse 2D-DIGE (GE Healthcare).
![<hr>Puces Illumina prêtes à être scannées.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484527-8f2655.jpg)
![<hr>Accessoires nécessaires à la réalisation des expériences Illumina.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484538-c29aab.jpg)
![<hr>Bras robotisé et scanner de lames Illumina.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484548-98c401.jpg)
![<hr>Pipetage automatique des réactifs de génotypage.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484516-8c2596.jpg)
![<hr>Acquisition de données de génotypage Illumina.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484567-f76cb9.jpg)
![<hr>Dessalage automatique de peptides.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484582-447309.jpg)
![<hr>Système LC-MS/MS avec nanoElute et timsTOF Pro.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484596-7c6219.jpg)
![<hr>Prélèvement de bandes protéiques à partir d’un gel SDS-PAGE.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484607-1a8f8b.jpg)
![<hr>Injecteur de la nanoHPLC.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484621-08c467.jpg)
![<hr>Scanner pour gels d’électrophorèse 2D.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484642-1f5c59.jpg)
![<hr>Automate de pipetage pour la réalisation de protocoles de génotypage.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484667-aacf02.jpg)
![<hr>Equipements mutualisés en accès libre mise à disposition des utilisateurs de la plateforme.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484718-517a97.jpg)
![<hr>Spectromètre de masse timsTOF Pro utilisant la mobilité ionique comme méthode de séparation supplémentaire des peptides.](../plateformes/galerie/99_PF2019_GALERIE_1573484694-ee1bb7.jpg)
Comment soumettre un projet ?
La plateforme P3S est ouverte aux chercheurs académiques et industriels. Pour soumettre une demande, envoyez un mail à l'adresse medecine-p3s@sorbonne-universite.fr et décrivez votre projet. La plateforme reviendra rapidement vers vous pour discuter de sa faisabilité, de son coût et de son délai d’exécution.
Exemple d'utilisation
Identification d’une forme de cofiline-1 impliquée dans une maladie cardiaque
L’équipe d’Antoine Muchir au Centre de recherche en myologie (UMRS974) a contacté P3S afin de caractériser par spectrométrie de masse les formes phosphorylées de la cofiline-1. Cette protéine est impliquée dans le dysfonctionnement contractile du c½ur induit par des mutations du gène codant pour les lamines nucléaires de type A.
Grâce à la plateforme, les chercheurs ont identifié la présence d’une nouvelle forme phosphorylée de la cofiline-1 (phosphorylation portée par la Thr25) dans le c½ur d’un modèle murin de la pathologie. Cette forme phosphorylée diminue le niveau d’actine polymérisée dans les cellules cardiaques et participe à la physiopathologie. Ces résultats ont été confirmés sur des échantillons humains, ouvrant la voie à de nouvelles approches thérapeutiques.
Pour en savoir plus : Chatzifrangkeskou M. et al. (2018). Cofilin-1 phosphorylation catalyzed by ERK1/2 alters cardiac actin dynamics in dilated cardiomyopathy caused by lamin A/C gene mutation. Human Molecular Genetics, 27(17):3060-3078.
Contact
Plateforme P3S
Hôpital de la Pitié-Salpêtrière
91 boulevard de l’Hôpital
75013 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 40 77 81 32
medecine-p3s@sorbonne-universite.fr
Site de la plateforme
THÉMATIQUES : Génomique, transcriptomique, Protéomique
TUTELLES : Inserm, Sorbonne Université
LABELLISATION IBiSA : 2009
RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Antoine Muchir
RESPONSABLES QUALITÉ :
Solenne Chardonnet
MOTS CLÉS : Génomique, Protéomique, Puces à ADN, Applications médicales, Méthylation, Epigénétique, Spectrométrie de masse
Fiche mise à jour en 2021