Pôle protéome de Montpellier (PPM)

Le Pôle protéome de Montpellier (PPM) est l’une des 18 plateformes de l'UAR BioCampus Montpellier. Il a pour mission d’apporter des solutions en analyse protéomique performantes aux laboratoires académiques et privés travaillant dans la biologie et la santé. Le PPM fédère quatre sites de compétences : la plateforme de protéomique fonctionnelle (FPP), la plateforme de spectrométrie de masse protéomique (MSPP), la plateforme protéomique d’identification et d’interactions moléculaires (PP2I) et la plateforme de protéomique clinique (PPC).

Grâce à son expertise dans les différents domaines de la protéomique et à un parc instrumental renouvelé régulièrement, le PPM prend en charge plus de 160 projets par an sous la forme de prestations de service ou de collaborations scientifiques : quantification ciblée et à large échelle, identification et quantification de modifications post-traductionnelles, interactomique, découverte et validation de biomarqueurs, analyse de données...

Le PPM développe des méthodologies de protéomique quantitative pour les échantillons biologiques complexes disponibles en faible quantité et des approches de spectrométrie de masse pour étudier les interactions protéine-protéine et protéine-ligand, la dynamique des protéines en condition native et les modifications des ARNs.

Expertises et services

• Préparation d’échantillons biologiques (purification, séparation, enrichissement et préfractionnement) pour les analyses de spectrométrie de masse,
• Protéomique quantitative à grande échelle basée sur des marquages isobariques (TMT/iTRAQ) ou métaboliques (SILAC) et des approches sans marquage,
• Protéomique quantitative ciblée basée sur le reaction monitoring (MRM, PRM),
• Découverte et validation de biomarqueurs (basées sur la spectrométrie de masse et sur des approches multiplexées utilisant des anticorps),
• Analyse structurale par spectrométrie de masse,
• Analyse de modifications post-traductionnelles : phosphorylation, ubiquitinylation, SUMOylation...
• Quantification des modifications de l’ARN par spectrométrie de masse,
• Analyse des interactions moléculaires,
• Analyse bioinformatique et statistique des données produites.

Moyens et équipements

Spectromètres de masse :

• MALDI TOF/TOF Axima Shimadzu (PPC),
• Nano-LC Exploris 240 Thermo Scientific (MSPP),
• Nano-LC-FAIMS Exploris 480 Thermo Scientific (FPP),
• Nano-LC Q Exactive HF Thermo Scientific (FPP),
• Nano-LC Q Exactive HF-X Thermo Scientific (FPP),
• Nano-LC Impact II Bruker Daltonics (PPC),
• Nano-LC TimsTOF HT Bruker Daltonics (PPC),
• 3 nano-LC triple quadripôle LCMS 8060 Shimadzu (PPC),
• Q-TOF SynaptG2-Si HDMS Waters (FPP).

Autres équipements :

• Biacore 3000 et T200 GE Healthcare (PP2I),
• Ella ProteinSimple (PPC),
• MESO Quickplex SQ 120 Meso Scale Discovery (PPC),
• NanoDSF Prometheus NT48 NanoTemper (PP2I),
• Robot AssayMAP Bravo Agilent (PPC),
• SIMOA Quanterix (PPC).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet au PPM, rendez-vous sur le site internet de la plateforme. Vous pouvez également contacter directement le plateau ou le site correspondant le mieux à vos attentes en décrivant succinctement votre demande : FPP (interactomique, protéomique quantitative et ciblée, protéomique structurale), MSPP (protéomique végétale), PP2I (interactions moléculaires) ou PPC (protéomique clinique).

Une réunion en présence du personnel de la plateforme vous sera proposée dans les meilleurs délais pour échanger sur la faisabilité de votre projet, les stratégies et techniques à utiliser et la nature des services que la plateforme peut vous offrir. Lors de cet échange, le financement et le type de projet (prestation ou collaboration) seront également définis selon les termes de la charte du PPM. Le délai nécessaire à la réalisation des projets varie selon le type de service sollicité.

Exemple d'utilisation

Caractérisation de l'ubiquitinome en cas de stress osmotique chez Arabidospis thaliana

Le statut hydrominéral des plantes dépend de l’activité de transporteurs membranaires impliqués dans l'acquisition d'eau et de nutriments dont l’activité est régulée au niveau post-traductionnel. L’ubiquitination des protéines est un évènement moléculaire post-traductionnel majeur dans l’adaptation rapide des organismes, notamment des plantes, aux changements environnementaux. Pour exemple, il a récemment été prouvé que la poly-ubiquitination de certains transporteurs était un élément clé permettant de moduler le statut hydrominéral des plantes.

En collaboration avec une équipe de l’Institut des sciences des plantes de Montpellier (IPSiM), le PPM a mis au point une approche pour l’analyse de peptides faiblement accumulés dans des échantillons végétaux. Les chercheurs pour cela enrichi les échantillons en peptides ubiquitinylés grâce à des anticorps spécifiques. Ils ont ensuite mis en oeuvre une approche de protéomique quantitative ciblant d'une part les peptides ubiquitinés et d'autre part les protéines totales.

719 résidus lysine ubiquitinés (K-Ub) provenant de 450 protéines membranaires racinaires, dont 58% de protéines transmembranaires, ont ainsi été identifiés chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Cette analyse de l'ubiquitinome a mis en évidence un large rôle de l'ubiquitination dans l'internalisation et le tri des protéines cargos. De plus, la quantification simultanée du protéome et de l'ubiquitinome a montré que l'ubiquitination n'est généralement pas impliquée dans la dégradation des protéines membranaires en réponse à un traitement osmotique court, mais très probablement dans l'internalisation des protéines comme décrit pour l'aquaporine PIP2;1. Par ailleurs, deux enzymes E2 Ub-conjuguées ont été identifiées comme ciblant potentiellement les protéines membranaires sous stress osmotique et jouant un rôle positif dans la croissance de la racine primaire dans cette condition de croissance.

Pour en savoir plus : Berger N. et al. (2022) Root membrane ubiquitinome under short-term osmotic stress. International Journal of Molecular Sciences, 23(4):1956.

Contact

Pôle protéome de Montpellier (PPM)
Institut de génomique fonctionnelle
141 rue de la Cardonille
34094 Montpellier
Région : Occitanie+33 (0)4 34 35 92 17
martial.seveno@fpp.cnrs.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Bioinformatique, bases de données, Protéomique

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Martial Séveno

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Jérôme Vialaret

RESPONSABLES QUALITÉ :
Nathalie Berger

CERTIFICATIONS :

TUTELLES : CHU de Montpellier, CNRS, INRAE, Inserm, Université de Montpellier

INFRASTRUCTURES NATIONALES : ProFi

LABELLISATION IBiSA : 2009

MOTS CLÉS : Protéomique, Spectrométrie de masse, Quantification label-free, Marqueurs isobariques, SILAC, MRM, PRM, Résonance plasmonique de surface, SPR, Interactomique, Biomarqueur, Modifications post-traductionnelles, Analyses multiplexées, Bioinformatique

Fiche mise à jour en 2023

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