Pôle protéome de Montpellier (PPM)

Le Pôle protéome de Montpellier (PPM) est l’une des treize plateformes de l'UMS3426 BioCampus Montpellier. Il a pour mission d’apporter des solutions en analyse protéomique performantes aux laboratoires académiques et privés travaillant dans la biologie et la santé. Le PPM fédère quatre plateformes localisées sur cinq sites : la Plateforme de protéomique fonctionnelle (FPP),  la Plateforme de spectrométrie de masse protéomique (MSPP), la Plateforme protéomique d’identification et d’interactions moléculaires (PP2I) et la Plateforme de protéomique clinique située au CHU de Montpellier (PPC-CHRU) et au CNRS (PPC-CNRS).

Grâce à son expertise dans les différents domaines de la protéomique et à un parc instrumental renouvelé régulièrement, le PPM réalise chaque année près de 90 projets sous la forme de prestations de service ou de collaborations scientifiques : quantification ciblée et à large échelle, identification et quantification de modifications post-traductionnelles, interactomique, découverte et validation de biomarqueurs, analyse de données...

Le PPM développe des méthodologies de protéomique quantitative pour les échantillons biologiques complexes disponibles en faible quantité et des approches de spectrométrie de masse structurale pour étudier les interactions protéine-protéine, protéine-ligand, et la dynamique des protéines en condition native.

Expertises et services

• Préparation d’échantillons biologiques (purification, séparation et préfractionnement) pour les analyses de spectrométrie de masse,
• Protéomique quantitative à grande échelle basée sur des marquages isobariques (TMT/iTRAQ) ou métaboliques (SILAC) et des approches sans marquage,
• Protéomique quantitative ciblée basée sur le reaction monitoring (SRM, PRM),
• Analyse d'interactions par AP-MS et résonance plasmonique de surface,
• Analyse de modifications post-traductionnelles : phosphorylation, ubiquitine, SUMO...
• Identification et validation de biomarqueurs,
• Analyse et dosage en multiplex,
• Cartographie et caractérisation d’épitopes et de sites d’interactions par peptide arrays,
• Analyse microfluidique en phase homogène et hétérogène (droplets, vésicules, cellules),
• Analyse statistique des données.

Moyens et équipements

Spectromètres de masse :

• 2 Q-Exactive Plus Thermo Scientific (FPP et MSPP),
• Q-Exactive HF Thermo Scientific (FPP),
• Q-Exactive HF-X Thermo Scientific (FPP),
• Q-TOF maXis Bruker (MSPP),
• Triple quadrupôle 6490 Agilent (PPC- CHRU),
• Q-TOF Impact II Bruker (PPC-CHRU),
• 2 triples quadrupôles LCMS 8060 Shimadzu (PPC- CHRU),
• Triple-TOF 5600 ABSciex (PP2I).

Autres équipements :

• Multiplex BioPlex Bio-Rad (PPC-CNRS),
• SIMOA Quanterix (PPC- CHRU),
• MSD Quickplex SQ 120 Mesoscale Discovery (PPC- CHRU),
• Système de photolithographie par laser DILASE 250 Kloe (PPC-CNRS),
• Biacore 3000 et Biacore T200 (PP2I),
• Prometheus NT48 NanoTemper (PP2I),
• Robot Intavis (PPC-CNRS),
• Robot Bravo AssayMAP Agilent (PPC- CHRU).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet, contactez directement par mail le plateau ou le site correspondant le mieux à vos attentes et décrivez succinctement votre demande : FPP (interactomique, protéomique quantitative et ciblée), MSPP (protéomique végétale), PPC-CHRU (protéomique clinique), PPC-CNRS (microfluidique, bioinformatique et statistique), PP2I (résonance plasmonique de surface et spectrométrie de masse).

Une réunion en présence du personnel de la plateforme vous sera proposée dans les meilleurs délais pour étudier la faisabilité du projet, les meilleures stratégies et techniques à utiliser et la nature des services que la plateforme peut vous proposer. Lors de cet échange, le financement et le type de projet (prestation de service ou collaboration) seront également définis selon les termes de la charte du PPM. Le délai nécessaire à la réalisation des projets varie selon le type de service sollicité.

Exemple d'utilisation

Rôle des ubiquitines et ubiquitines-like dans le stress cellulaire

L'équipe de Dimitris Xirodimas du Centre de recherche en biologie cellulaire de Montpellier (CRBM) a contacté le PPM pour un projet de protéomique quantitative visant à identifier les cibles protéiques de NEDD8. L’Ubiquitine et ses molécules apparentées, telles que SUMO et NEDD8, représentent une famille de petites protéines contrôlant une grande variété de processus biologiques. Elles sont d’un intérêt médical majeur, comme l’atteste leur implication en tant que cibles thérapeutiques dans le traitement de certains cancers. Il est primordial de comprendre leur rôle au sein des voies de signalisation cellulaire et en condition pathologique.

Les résultats obtenus par le PPM en combinant une variété d’approches biochimiques et biologiques, notamment des analyses protéomiques SILAC, ont permis l’identification d’une protéine E3-ligase spécifiquement requise pour la NEDDylation pendant le stress protéotoxique. Un rôle spécifique de NEDD8 dans l’agrégation des protéines nucléaires en fonction du stress cellulaire a également été mis en évidence.

Pour en savoir plus : Maghames C.M. et al (2018). NEDDylation promotes nuclear protein aggregation and protects the ubiquitin proteasome system upon proteotoxic stress. Nature Communications, 9(1):4376.

Contact

Pôle protéome de Montpellier (PPM)
Institut de génomique fonctionnelle
141 rue de la Cardonille
34094 Montpellier
Région : Occitanie+33 (0)4 34 35 92 42
philippe.marin@igf.cnrs.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Bioinformatique, Protéomique

TUTELLES : CHU de Montpellier, CNRS, INRAE, Inserm, Université de Montpellier

LABELLISATION IBiSA : 2009

CERTIFICATIONS :

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES : Philippe Marin

RESPONSABLES TECHNIQUES : Martial Séveno

RESPONSABLES QUALITÉ (RMQ) : Nathalie Berger

MOTS CLÉS : Protéomique, Spectrométrie de masse, Quantification label free, Marqueurs isobariques, SILAC, SRM, PRM, Résonance plasmonique de surface, SPR, Interactomique, Biomarqueur, Modifications post-traductionnelles, Analyses multiplexes, Bioinformatique, Microfluidique

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