Pôle protéome de Montpellier (PPM)

Le Pôle protéome de Montpellier (PPM) est l’une des seize plateformes de l'UAR3426 BioCampus Montpellier. Il a pour mission d’apporter des solutions en analyse protéomique performantes aux laboratoires académiques et privés travaillant dans la biologie et la santé. Le PPM fédère quatre plateformes localisées sur cinq sites : la Plateforme de protéomique fonctionnelle (FPP),  la Plateforme de spectrométrie de masse protéomique (MSPP), la Plateforme protéomique d’identification et d’interactions moléculaires (PP2I) et la Plateforme de protéomique clinique située au CHU de Montpellier (PPC-CHRU) et au CNRS (PPC-CNRS).

Grâce à son expertise dans les différents domaines de la protéomique et à un parc instrumental renouvelé régulièrement, le PPM réalise chaque année plus d’une centaine de projets sous la forme de prestations de service ou de collaborations scientifiques : quantification ciblée et à large échelle, identification et quantification de modifications post-traductionnelles, interactomique, découverte et validation de biomarqueurs, analyse de données...

Le PPM développe des méthodologies de protéomique quantitative pour les échantillons biologiques complexes disponibles en faible quantité et des approches de spectrométrie de masse pour étudier les modifications des ARNs, les interactions protéine-protéine, protéine-ligand et la dynamique des protéines en condition native.

Expertises et services

• Préparation d’échantillons biologiques (purification, séparation et préfractionnement) pour les analyses de spectrométrie de masse,
• Identification par spectrométrie de masse,
• Protéomique quantitative à grande échelle basée sur des marquages isobariques (TMT/iTRAQ) ou métaboliques (SILAC) et des approches sans marquage,
• Protéomique quantitative ciblée basée sur le reaction monitoring (MRM, PRM),
• Identification et validation de biomarqueurs,
• Analyse structurale par spectrométrie de masse,
• Analyse de modifications post-traductionnelles : phosphorylation, ubiquitine, SUMO...
• Quantification des modifications de l’ARN,
• Analyse des interactions moléculaires,
• Analyse et dosage en multiplex,
• Cartographie et caractérisation d’épitopes et de sites d’interaction par peptide arrays,
• Analyse microfluidique en phase homogène et hétérogène (droplets, vésicules, cellules),
• Analyse bioinformatique et statistique des données produites.

Moyens et équipements

Spectromètres de masse :

• Exploris 240 Thermo Scientific (MSPP),
• Q-Exactive HF Thermo Scientific (FPP),
• Q-Exactive HF-X Thermo Scientific (FPP),
• Triple quadrupôle LCMS 8060 Shimadzu (PPC- CHRU),
• Q-TOF Impact II Bruker (PPC-CHRU),
• Triple-TOF 5600 ABSciex (PP2I).

Autres équipements :

• Multiplex BioPlex Bio-Rad (PPC-CNRS),
• SIMOA Quanterix (PPC- CHRU),
• MSD Quickplex SQ 120 Mesoscale Discovery (PPC- CHRU),
• Système de photolithographie par laser DILASE 250 Kloe (PPC-CNRS),
• Biacore 3000 et Biacore T200 (PP2I),
• Prometheus NT48 NanoTemper (PP2I),
• Robot Intavis (PPC-CNRS),
• Robot Bravo AssayMAP Agilent (PPC- CHRU).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet au PPM, rendez-vous sur le site internet de la plateforme. Vous pouvez également contacter directement le plateau ou le site correspondant le mieux à vos attentes en décrivant succinctement votre demande : FPP (interactomique, protéomique quantitative et ciblée), MSPP (protéomique végétale), PPC-CHRU (protéomique clinique), PPC-CNRS (microfluidique, bioinformatique et statistique) ou PP2I (résonance plasmonique de surface et spectrométrie de masse).

Une réunion en présence du personnel de la plateforme vous sera proposée dans les meilleurs délais pour échanger sur la faisabilité de votre projet, les meilleures stratégies et techniques à utiliser et la nature des services que la plateforme peut vous offrir. Lors de cet échange, le financement et le type de projet (prestation de service ou collaboration) seront également définis selon les termes de la charte du PPM. Le délai nécessaire à la réalisation des projets varie selon le type de service sollicité.

Exemple d'utilisation

Protéomique fonctionnelle du réseau de signalisation associé à CXCR4 et ACKR3

Une équipe de l’Institut de génomique fonctionnelle (IGF) s’intéresse à deux récepteurs des chimiokines, ACKR3 et CXCR4, surexprimés au sein de certaines tumeurs, favorisant la prolifération et le comportement invasif des cellules cancéreuses. Pour comprendre les fonctions physiologiques et pathologiques de ces récepteurs, les ingénieurs du PPM sont intervenus sur la caractérisation des réseaux de signalisation intracellulaires associés. Ils ont utilisé une stratégie de purification par affinité couplée à la spectrométrie de masse à haute résolution (AP-MS) pour identifier les interactomes d’ACKR3 et CXCR4, puis une approche de phosphoprotéomique pour analyser les évènements de phosphorylation intracellulaires déclenchés par l’activation des récepteurs sous leurs formes homo ou hétéromériques.

De nouveaux partenaires protéiques ont été identifiés pour les deux récepteurs. Parmi les partenaires d'ACKR3, une attention particulière a été portée à la connexin-43 (Cx43), une protéine des jonctions Gap connue pour jouer un rôle dans la progression des gliomes. Des études fonctionnelles ont montré que l'interaction entre ACKR3 et Cx43 inhibe la communication intercellulaire de la jonction Gap médiée par Cx43. Dans un contexte physiologique, cette interaction pourrait participer à la régulation de la migration des interneurones et de la perméabilité de la barrière hématoencéphalique. Dans un contexte de cancer, l'inhibition de la communication intercellulaire médiée par Cx43 pourrait expliquer la perte d'interaction cellulaire conduisant à la dissémination des cellules cancéreuses.

Pour en savoir plus : Fumagalli A. et al. (2020). The atypical chemokine receptor 3 interacts with Connexin 43 inhibiting astrocytic gap junctional intercellular communication. Nature Communications, 11(1):4855.

Contact

Pôle protéome de Montpellier (PPM)
Institut de génomique fonctionnelle
141 rue de la Cardonille
34094 Montpellier
Région : Occitanie+33 (0)4 34 35 92 17
martial.seveno@fpp.cnrs.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Bioinformatique, Protéomique

TUTELLES : CHU de Montpellier, CNRS, INRAE, Inserm, Université de Montpellier

LABELLISATION IBiSA : 2009

CERTIFICATIONS :

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES : Martial Séveno

RESPONSABLES TECHNIQUES : Jérôme Vialaret

RESPONSABLES QUALITÉ (RMQ) : Nathalie Berger

MOTS CLÉS : Protéomique, Spectrométrie de masse, Quantification label free, Marqueurs isobariques, SILAC, MRM, PRM, Résonance plasmonique de surface, SPR, Interactomique, Biomarqueur, Modifications post-traductionnelles, Analyses multiplexes, Bioinformatique, Microfluidique

Fiche mise à jour en 2021

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