Protéomes et images (Protim)

La plateforme Protim propose aux laboratoires académiques et privés une expertise scientifique et technique dans l’analyse des protéomes, depuis l´identification stricto sensu de protéines, jusqu'à la prise en charge complète de programmes protéomiques de grande ampleur, et dans l’imagerie par spectrométrie de masse MALDI.

Protim développe des approches de protéomique intégrative et protéogénomique pour l’extraction d’informations biologiques pertinentes à partir de jeux de données de protéomique à grande échelle sur des échantillons complexes. La plateforme conçoit aussi des solutions innovantes en imagerie par spectrométrie de masse MALDI pour la toxicologie mécanistique et réglementaire et la recherche in situ de biomarqueurs de pathologies.

Expertises et services

Analyse protéomique :

• Préparation des échantillons : extraction, fractionnement, séparation et digestion,
• Analyse protéomique systématique,
• Analyse protéomique différentielle sans marquage,
• Phosphoprotéomique.

Imagerie par spectrométrie de masse MALDI :

• Préparation des échantillons : cryocoupe et dépôt de matrice,
• Analyse statistique différentielle,
• Identification par protéomique top down,
• Quantification in situ de petites molécules.

Moyens et équipements

Analyse protéomique :

• Appareils de séparation de protéines et peptides sur gel SDS-PAGE ou par iso-électrofocalisation,
• Equipement de chromatographie liquide HPLC (Dionex),
• Spectromètres de masse nanoLC-MS/MS : OrbitrapXL (Thermo) et timsTOF Pro (Bruker Daltonics),
• Logiciels de recherche en base de données : Mascot (Matrix Science) et Peaks Studio (Bioinformatics Solutions),
• Salle blanche pour limiter les contaminations à la kératine.

Imagerie par spectrométrie de masse MALDI :

• Cryostat 3050S (Leica) pour la préparation de coupes de tissus congelés,
• Vidéomicroscope BX51 (Olympus),
• Automate de dépôt de matrice M5 Sprayer (HTX Imaging),
• Spectromètres de masse : MALDI TOF/TOF ultrafleXtreme (Bruker Daltonics) et FT-ICR SolariX XR (Bruker Daltonics),
• Logiciel d’analyse d’images SCiLS.

Comment soumettre un projet ?

L'accès à la plateforme Protim se fait selon deux modalités : la collaboration scientifique pour les projets utilisant des technologies de pointe qui nécessitent l'investissement des ingénieurs de la plateforme, et la prestation de service dans le cas d'analyses non valorisables par des publications ou communications scientifiques.

Quel que soit le projet que vous souhaitez soumettre, vous devez ouvrir un compte utilisateur sur le site internet de Protim, télécharger la fiche projet depuis de votre espace personnel, la remplir et la renvoyer par mail à l’adresse proteome@univ-rennes1.fr.

Une réunion avec le personnel de la plateforme sera ensuite organisée pour explorer en détail votre problématique et les questions biologiques posées, pour finaliser la stratégie et choisir les techniques à mettre en oeuvre. Cette réunion sera pour vous l'occasion de visiter la plateforme et de comprendre les contraintes liées à la réalisation des projets sur le site. Protim consacre le mercredi matin (10h à 12h) aux réunions avec les porteurs de projets.

Exemple d'utilisation

Phosphoprotéomique à grande échelle pour explorer les mécanismes de régulation de l'acclimatation au froid chez la drosophile

Hervé Colinet du laboratoire ECOBIO (UMR6553) a contacté la plateforme Protim pour caractériser par une approche à grande échelle les réseaux de phosphorylation de protéines induits par l’acclimatation au froid chez Drosophila melanogaster.

La plupart des animaux ectothermiques ont la capacité de modifier leur thermotolérance pour faire face aux fluctuations de l'environnement. Chez les insectes, les mécanismes régulateurs impliqués dans l'acquisition de la tolérance thermique sont inconnus. Il est toutefois prouvé que la phosphorylation est une modification post-traductionnelle réversible très répandue qui peut altérer rapidement la fonction des protéines.

Il a ainsi été choisi de mener une étude de phosphoprotéomique différentielle à grande échelle chez la drosophile, en comparant des animaux contrôles à des animaux acclimatés au froid. Les résultats obtenus par la plateforme suggèrent que les changements du phosphoprotéome en réponse à l'acclimatation sont principalement localisés dans le réseau cytosquelettique, en particulier au niveau des complexes associés aux microtubules. Cette étude ouvre de nouvelles voies de recherche pour explorer les réseaux de régulation complexes menant à la tolérance thermique acquise chez les insectes.

Pour en savoir plus : Colinet H. et al. (2017). Large scale phosphoprotein profiling to explore Drosophila cold acclimatation regulatory mechanisms. Science Reports, 7(1):1713.

Contact

Protim
Irset, Inserm UMR_S 1085
Université de Rennes
263 avenue du Général Leclerc
35042 Rennes
Région : Bretagne+33 (0)2 23 23 52 87
proteome@univ-rennes1.fr
Site de la plateforme

 

THÉMATIQUES : Métabolomique, exposome, Protéomique

TUTELLES : Inserm, Université de Rennes

LABELLISATION IBiSA : 2008

CERTIFICATIONS :

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Charles Pineau

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Emmanuelle Com

RESPONSABLES QUALITÉ :
Emmanuelle Com

MOTS CLÉS : Spectrométrie de masse, Imagerie, Protéomique intégrative, Protéines, Identification, Caractérisation, Fractionnement, Séparation, Quantification, Localisation, Modifications post-traductionnelles, Phosphorylation, Peptides, Petites molécules, Toxicologie, Biomarqueurs

Fiche mise à jour en 2023

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