Proteomics@PSL

Développement de stratégies analytiques et de technologies de rupture pour les sciences du vivant et les sciences humaines telles que l’archéologie et l’environnement.

Site de la plateforme

Proteomics@PSL

Développement de stratégies analytiques et de technologies de rupture pour les sciences du vivant et les sciences humaines telles que l’archéologie et l’environnement.

Site de la plateforme

Proteomics@PSL

Proteomics@PSL accompagne les chercheurs dans leur projets depuis 15 ans. De nouvelles stratégies d'analyse ont été élaborées en réponse aux questions complexes posées dans le domaine de l’environnement et des sciences de la vie. Lorsqu’une technologie de rupture apparait, la plateforme procède à son transfert pour enrichir son savoir-faire et rester compétitive. En 2002, elle a développé myProMS, une interface web de traitement et partage des résultats (logiciel libre de droits). En 2004, elle était le premier site académique français équipé de FTMS pour la protéomique. En 2014, elle était la première à proposer de la protéomique à haute résolution et des stratégies ciblées. Ceci s’est concrétisé par une augmentation du nombre d’utilisateurs et la publication de plus de 70 articles depuis 2013.

L’analyse structurale et quantitative des protéoformes fonctionnelles et des modifications post-traductionnelles implique désormais d’associer efficacement les approches de bottom-up, middle-down et top-down. Proteomics@PSL travaille de façon globale, du traitement de l'échantillon miniaturisé au traitement bioinformatique des données, validées sur des échantillons modèles.

Les limites de la plateforme résident dans un manque de spécificité, sensibilité, débit et fonctionnalités pour valider ses stratégies de routine sur des échantillons biologiques complexes réels. Une mise à niveau de son plus ancien instrument (15 ans) a été entreprise pour répondre aux besoins analytiques actuels et futurs de la communauté scientifique en matière d’analyse structurale robuste des protéines et peptides. Elle aboutira à une configuration unique en France, associant dans sa dernière configuration Tribride Eclipse à ultrahaute résolution (1M), haute gamme de masse, réduction des états de charge et fragmentations ETD et UVPD. Un projet soutenu par PSL, l’ESPCI et la région Île-de-France

Expertises et services

Traitement d’échantillons pour la protéomique et la peptidomique (protéolyse en solution, en gel ou sur tissu brut),
Identification, quantification de protéines, nanoLC MS/MS (TMT, iTRAQ, SILAC, label-free),
Phosphoprotéomique, étude redox, glycosylation à l’échelle des peptides ou protéines,
Cartographie de glycanes,
Identification de protéines après fractionnement subcellulaire,
Analyse de protéomes entiers,
Peptidomique et immunopeptidomique,
Analyse de biopsies et tissus,
Acquisition en modes DDA, DIA ou PRM,
Analyse en mode d’ionisation MALDI et ESI,
Formation pratique et théorique des scientifiques en immersion (stages d’une semaine).

Moyens et équipements

Chromatographie à haute performance : 6 nanoRSLC, 3 nanoLC et 1 UHPLC UV pouvant être couplés à la spectrométrie de masse,
7 spectromètres de masse ESI à haute ou ultra-haute résolution : Tribrid Fusion, Q Exactive, Q Exactive HF, Q Exactive HF-X LTQ-Orbitrap, LTQ-FT Ultra, Orbitrap Exploris 480 Tribrid Eclipse (ETD/UVPD),
Spectromètre de masse MALDI TOF/TOF 5800,
Outils logiciels de bioinformatique (myProMS, Mascot, Proteome Discoverer, Byonic, Peaks, Sequest, MaxQuant) et statistiques appliquées (Perseus, R).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à la plateforme Proteomics@PSL, contactez Damarys Loew, responsable du site de l’Institut Curie ou Joëlle Vinh, responsable du site de l’ESPCI. Après une première évaluation du projet (faisabilité technique, disponibilité et coût), vous serez orienté vers le spécialiste le plus compétent et le site proposant la technologie requise.

Exemple d'utilisation

RACK1 contrôle la traduction des virus à IRES de la famille du virus l’hépatite C

La lutte contre les infections virales est ralentie par la rareté des cibles virales et leur variabilité entraînant le développement de résistances. Au cours de leur cycle de vie dans la cellule hôte, les virus dépendent de molécules qui sont des cibles alternatives de choix pour inhiber la réplication virale, à condition qu'elles ne soient pas indispensables pour les fonctions cellulaires normales.

Chez la drosophile, la plateforme Proteomics@PSL a identifié la protéine ribosomale RACK1 comme un facteur cellulaire requis pour l'infection par les virus à IRES (internal ribosome entry site). En outre, elle a montré que RACK1 est un déterminant essentiel pour l’infection et la réplication du virus de l'hépatite C, indiquant que sa fonction est conservée pour des virus à IRES assez éloignés, chez l’Homme et la drosophile. L'inhibition de RACK1 n'affecte pas la viabilité et la prolifération des cellules humaines ou de drosophile, et les mouches adultes n’exprimant pas RACK1 sont viables : la protéine n'est donc pas essentielle à la traduction générale au sein de la cellule. Ces résultats mettent en évidence une fonction spécifique de RACK1 dans la traduction sélective de l'ARNm, permettant de proposer une cible pour le développement de traitements antiviraux à large spectre.

Pour en savoir plus : Majzoub K. et al. (2014). RACK1 controls IRES-mediated translation of viruses. Cell, 159(5):1086-1095.