Protéomique-Gif

Créée en 2007 sous le nom de SICaPS, la plateforme Protéomique-Gif propose des méthodologies de protéomique et des techniques de spectrométrie de masse pour identifier, caractériser et quantifier les protéines et certaines de leurs modifications à partir d’échantillons plus ou moins complexes. La plateforme dispose d’une solide expertise dans la préparation d’échantillons protéiques de nature variée, leur analyse par spectrométrie de masse et le traitement des données. Elle optimise et développe des méthodes analytiques en réponse aux besoins des utilisateurs.

Deux équipes d’adossement participent au développement des stratégies de la plateforme : Mérepliement et agrégation des protéines dans les maladies neurodégénératives (UMR9199) et Maturation des protéines, destinée cellulaire des protéines et thérapeutique (UMR9198). Leurs activités permettent à Protéomique-Gif de proposer des solutions d’analyse en interactomique (identification d’interactants, surfaces d’interactions, informations structurales) et N-terminomique (identification d’extrémités N-terminales sur les protéines et leurs modifications co-traductionnelles).

Expertises et services

• Identification et quantification relative de protéines sans marquage à partir de mélanges protéiques complexes (recherche de partenaires protéiques, comparaison de protéomes...),
• Identification, caractérisation et quantification de modifications biologiques co- et post-traductionnelles (N-terminal, phosphorylations, acétylations…) ou de modifications chimiques (marquages et pontages covalents),
• Identification de surfaces d'interactions protéine-protéine et de déterminants structuraux de protéines,
• Quantification ciblée de peptides,
• Conseil, optimisation et mise en œuvre de stratégies d’analyse,
• Préparation d’échantillons protéiques : dessalage, modification chimique, enrichissement, digestion enzymatique,
• Réalisation de séparations chromatographiques,
• Réalisation de mesures de spectrométrie de masse,
• Analyse et interprétation des données.

Moyens et équipements

• Spectromètre de masse timsTOF Pro couplé à un système de chromatographie liquide nanoElute (Bruker),
• Spectromètre de masse TripleTOF 4600 (Sciex) couplé à un système de chromatographie liquide UltiMate 3000 nanoRSLC,
• Spectromètre de masse LTQ-Orbitrap Velos couplé à un système de chromatographie liquide EASY-nLC II (Thermo Fisher),
• Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF 5800 (Sciex),
• Système de chomatographie liquide UltiMate 3000 RS UHPLC (Thermo Fisher),
• Serveur Mascot (v2.6.0, 8 cœurs), logiciels Scaffold (v4.4.8) et Mascot Distiller (v2.5.1).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à Protéomique-Gif, vous pouvez contacter Virginie Redeker, responsable scientifique, David Cornu, responsable technique, ou Laila Sago, ingénieure de la plateforme, en décrivant brièvement votre projet.

L’équipe de Protéomique-Gif vous recontactera pour étudier la faisabilité de votre projet et la stratégie analytique la mieux adaptée. Une réponse vous sera adressée dans les deux semaines. Le délai nécessaire à la réalisation des expériences varie selon le type d’analyse sollicité et la complexité du projet. Pour des analyses standards, il est inférieur à deux mois. Pour des analyses plus complexes, il est généralement supérieur à deux mois.

Les projets sont sélectionnés sur la base de leur faisabilité, en termes d’expertise, de technologie, de temps et de ressources humaines à consacrer. Les demandes les plus complexes sont examinées par le conseil scientifique de la plateforme.

Exemple d'utilisation

Oscillation rythmique du protéome ubiquitinylé au cours du cycle circadien

Les horloges circadiennes permettent d’adapter un grand nombre de fonctions physiologiques et comportementales aux cycles jour-nuit. L’oscillateur circadien, situé dans le cerveau, gouverne les cycles veille-sommeil et intervient sur des neurones qui expriment les gènes d’horloge de façon cyclique, en contrôlant leur transcription, les régulations post-transcriptionnelles et post-traductionnelles.

L’équipe de François Rouyer à l’Institut des neurosciences de Paris-Saclay a contacté la plateforme Protéomique-Gif pour étudier les modifications du protéome ubiquitinylé au cours du cycle circadien chez la drosophile. Les chercheurs ont étiqueté in vivo les molécules d'ubiquitine avec de la biotine et purifié les protéines ubiquitinylées par affinité, à quatre moments différents du cycle circadien. La plateforme les a identifiées par spectrométrie de masse et a optimisé une méthode de quantification relative des protéines au cours du cycle circadien. L’analyse des données a mis en évidence une oscillation cyclique de l’ubiquitinylation de certaines protéines.

Pour en savoir plus : Szabó A. et al. (2018). Ubiquitylation dynamics of the clock cell proteome and TIMELESS during a circadian cycle. Cell Reports, 23(8):2273-2282.

Contact

Protéomique-Gif
I2BC, Bâtiment 21
1 avenue de la Terrasse
91190 Gif-sur-Yvette
Région : Île-de-France+33 (0)1 69 82 46 63
virginie.redeker@cnrs.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Animalerie, exploration fonctionnelle, Protéomique

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Virginie Redeker

RESPONSABLES TECHNIQUES :
David Cornu

TUTELLES : CEA, CNRS, Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud

LABELLISATION IBiSA : 2017

MOTS CLÉS : Protéomique, Spectrométrie de masse, Quantification des protéines, Interactomique, Modifications post-traductionnelles, N-terminomique, Complexes protéiques, Pontage covalent, Interactions protéine-protéine, MALDI-TOF/TOF, nLC-MS/MS, TripleTOF 4600, timsTOF Pro, LTQ-Orbitrap Velos

Fiche mise à jour en 2021

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