Toulouse réseau imagerie (TRI)

Microscopie photonique, microscopie électronique, cytométrie et tri cellulaire pour la visualisation des fonctions biologiques animales ou végétales, de l’échelle nanométrique à l’organisme entier.

Site de la plateforme

Toulouse réseau imagerie (TRI)

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Toulouse réseau imagerie (TRI)

La plateforme TRI s’intéresse à la visualisation des fonctions biologiques, de l’échelle nanométrique à l’organisme entier, avec trois champs de compétences : la microscopie photonique, la microscopie électronique, et la cytométrie - tri cellulaire. Elle fédère onze plateaux d’imagerie répartis sur sept sites toulousains et accueille annuellement 800 chercheurs et étudiants appartenant à 180 équipes de recherche et 17 laboratoires privés.

Les domaines d’expertises de la plateforme TRI dans les techniques d’imagerie et cytométrie - tri cellulaire sont, d’une part la biologie animale (bactérie, levure, Homme, drosophile, abeille, poisson, amphibien, poulet, souris, rat, mouton, singe), et d’autre part la biologie végétale (plantes et microbiotes, interactions plantes-microorganismes et développement).

Pour l’ensemble de ces modèles, les observations sont réalisées sur des cultures cellulaires, des préparations tissulaires, des embryons, des organes, des animaux entiers ou des plantules. 37 personnels dédiés, ingénieurs et techniciens, mettent en œuvre leurs compétences et expertises sur des technologies extrêmement vastes et de très haut niveau couvrant l’imagerie cellulaire et tissulaire in vivo, la microscopie de super-résolution , la cytométrie, l’imagerie moyen et haut débit, la microscopie électronique en transmission ou à balayage et les cryométhodes, la microscopie à force atomique, l’imagerie des interactions moléculaires, l’imagerie du petit animal, le traitement des données et la modélisation.

Expertises et services

Microscopie photonique :

Acquisition d’images, analyse et interprétation des données,
Macroscopie, microscopie plein champ, confocale mono et biphotonique, macroscopie et microscopie à feuille de lumière sur cellules, tissus et petits organismes vivants,
Vidéomicroscopie et bioluminescence sur le petit animal (intravitale et corps entier),
Microscopie confocale rapide pour l’analyse de cellules infectées par le VIH et le bacille de la tuberculose en confinement A3,
Microscopie de super-résolution PALM, STORM, STED et SIM,
Microscopie à force atomique (AFM),
Microspectrofluorimétrie.

Microscopie électronique :

Préparation d’échantillons pour observation en MET ou MEB, y compris avec des cryométhodes (cryofixation, cryosubstitution, technique CEMOVIS),
Acquisition d’images, analyse et interprétations des données en MET (tomographie et spectrométrie par perte d’énergie) et MEB (analyse X).

Cytométrie et tri cellulaire :

Acquisition d’images, analyse et interprétation des données en cytométrie, cyto-imagerie,
Réalisation de tris cellulaires en environnement confiné (A2),
Cytométrie et tri cellulaire sur cellules infectées par le VIH et la tuberculose (A3).

Moyens et équipements

Microscopie photonique :

4 macroscopes Zeiss, Leica et Olympus,
12 microscopes plein champ Zeiss, Leica et Nikon,
Macro-SPIM et 2 SPIM (home made),
5 spinning disk PerkinElmer et Nikon,
13 microscopes confocaux monophotons et 3 biphotons,
3 systèmes TIRF,
Système de pinces optique,
5 microscopes de super-résolution PALM, dSTORM et SIM,
4 systèmes de mesure de durée de vie de fluorescence avec 2 TCSPC et 2 streak cameras,
2 microscopes à force atomique (AFM),
3 scanners de lames,
2 systèmes d’imagerie haut débit.

Microscopie électronique :

4 systèmes de coupe ultrafine,
3 cryofixateurs et 3 cryosubstituteurs,
3 microscopes électronique en transmission (MET) et à balayage (MEB).

Cytométrie et tri cellulaire :

11 cytomètres,
5 trieurs,
2 cyto-imageurs.

Traitement d’images et modélisation :

15 postes de traitement et d’analyse d’images.

<hr>Mitochondrie reconstituée par tomographie électronique.

<hr>Parasite Leishmania observé en microscopie électronique à transmission (MET).

<hr>Pollen de pâquerette observé en cryomicroscopie électronique à balayage (MEB).

<hr>Bornavirus observé en microscopie confocale.

<hr>Emergence racinaire d’arabette observée en microcopie confocale.

<hr>Structure 3D d’un colonosphère humain reconstruit à partir d’images acquises en microscopie confocale. Les noyaux sont marqués en vert et le cytosquelette d’actine en bleu.

<hr>Poumon de souris transgénique Macblue xLysM-GFP infectée par Mycobacterium tuberculosis. Macrophages et monocytes en bleu, neutrophiles et monocytes en rouge.

Comment soumettre un projet ?

Point d’entrée unique, le site internet recense l’ensemble des domaines, expertises et plateaux de la plateforme TRI. Pour toute demande d’information, de prestation ou de projet, envoyez un mail à l'adresse tricontact@genotoul.fr. Vous serez orienté vers les experts et les technologies les plus à même de répondre à votre besoin. Le responsable du plateau concerné vous recontactera ensuite pour discuter plus précisément de votre projet et vous faire remplir une fiche formalisant la demande (projet, équipements nécessaire, type de prestation…).

Exemple d'utilisation

Architectures 3D et colonisations cellulaires

Les architectures 3D sont des outils essentiels : en recréant des environnements de cultures cellulaires biomimétiques, ils permettent d’étudier la croissance cellulaire, la prolifération et la différenciation. En partenariat avec la plateforme TRI, des chercheurs du Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS) sont parvenus à fabriquer des échafaudages 3D autoportants grâce à un gravage laser réalisé à partir de microscopes multiphotons. Ces supports ont ensuite été ensemencés par des cellules neurales, puis caractérisés à l’aide d’approches avancées d’imagerie par fluorescence 3D.

La technique employée autorise un processus de fabrication beaucoup plus fin (~ 200 nm) que les technologies d’impression 3D classiques. Les échantillons ainsi créés ont été étudiés par microscopie électronique à balayage (MEB), précisant la morphologie des cellules et les connexions cellulaires autour de l’architecture 3D. Le positionnement du noyau, inaccessible par imagerie MEB conventionnelle, a quant à lui été dévoilé par microscopie de fluorescence en feuille de lumière (SPIM) et imagerie confocale multiphotonique.

Ces différentes techniques ont mis en évidence de longues extensions neuritiques et une colonisation cellulaire optimale autour et à l’intérieur de l’échafaudage 3D. Ces nouvelles architectures et méthodes de caractérisation ouvrent des perspectives intéressantes à la fois pour la culture et l’observation des cellules neurales.

Pour en savoir plus : Accardo A. et al. (2017). Multiphoton direct laser writing and 3D imaging of polymeric freestanding architectures for cell colonization. Small, 13(27).

Contact

Toulouse réseau imagerie (TRI)
LBME, CNRS, Bâtiment IBCG
Université de Toulouse
118 route de Narbonne
31062 Toulouse
Région : Occitanie+33 (0)5 61 33 59 39
tricontact@genotoul.fr
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