Genomics at Lille (GO@L)

Des approches et des outils de génomique et de transcriptomique.

Site de la plateforme

Genomics at Lille (GO@L)

Des approches et des outils de génomique et de transcriptomique.

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Genomics at Lille (GO@L)

GO@L est la plateforme de génomique de l'unité PLBS (UAR2041-US41) qui rassemble les plateformes lilloises en biologie et santé. Elle fournit un large éventail de solutions et d'expertises dans le domaine de la génomique à haut débit. Les approches techniques utilisées s’appuient principalement sur le séquençage à haut débit de seconde et troisième génération.

GO@L propose des approches de quantification des ARN (ARNm, petits ARN, isoformes) au niveau du génome pour des analyses d'expression différentielle, des approches d'identification et de quantification des anomalies de l'ADN (TARGET-Seq, WES, WGS), des approches d’interaction ADN-ADN, ADN-ARN et de régulation de l'expression des gènes (ChIP-Seq, RIP-Seq, méthylation).

L'équipe de GO@L est composée pour moitié de biologistes moléculaires spécialisés dans le haut débit et pour moitié de bioanalystes et bioinformaticiens experts dans l'analyse des données générées et le développement de solutions dédiées. L'objectif de la plateforme est de pouvoir accompagner les équipes de recherche sur un continum allant du design expérimental jusqu'à l'interprétation des données.

Expertises et services

Séquençage et reséquençage de génomes entiers,
Reséquençage d'exomes humains de diverses qualités (FFPE, PBMC),
Séquençage ciblé (amplicons, capture),
RNA-Seq, 3’RNA-Seq et sRNA-Seq,
RNA-Seq pleine longueur sur technologie ONT,
Séquençage WGS avec analyse de variants structuraux et de la méthylation sur technologie ONT,
ULP-WGS pour la détection des variations du nombre de copies,
scRNA-Seq sur 10x Genomics et Tapestri,
Analyse bioinformatique et biostatistique des données générées.

Moyens et équipements

Nova-Seq 6000 (Illumina),
Chromium X (10x Genomics),
P2-Solo et MinION (Oxford Nanopore Technologies).

<hr>Préparation de tubes pour mise au bain-marie.

<hr>Manipulation d’échantillons en strips.

<hr>Découpe d’une librairie à la taille souhaitée.

<hr>Désagglomération de billes à l’aide d’un Covaris.

<hr>Plaques de 96 puits d’émulsions pour la ePCR.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à la plateforme GO@L, vous pouvez envoyer un mail avec vos coordonnées et la description de votre projet à l’adresse genomique-plbs@univ-lille.fr. Une réponse vous sera apportée dans les meilleurs délais.

Exemple de projet

Les tumoroïdes de cancer ovarien : un modèle fidèle pour la médecine de précision

Dans le cadre d'un projet mené en collaboration avec l'Unité ANTICIPE (U1086, Caen), la plateforme GO@L a été sollicitée pour évaluer si des tumoroïdes dérivés de patientes atteintes de cancer ovarien (PDTO) pouvaient constituer un modèle fiable pour la médecine de précision, notamment pour prédire la réponse aux chimiothérapies et aux inhibiteurs de PARP (PARPi).

L'unité ANTICIPE a développé une collection de 37 modèles de tumoroïdes à long terme, issus de 31 patientes présentant différents sous-types histologiques de cancer de l'ovaire. La plateforme a ensuite réalisé un profilage génomique global (LP-WGS) et transcriptomique global des tumeurs et des tumoroïdes afin de comparer leurs caractéristiques moléculaires à l'échelle du génome et du transcriptome.

L'analyse transcriptomique, réalisée notamment à l'aide d'une approche de factorisation matricielle non négative (NMF), a montré que les tumoroïdes reproduisent fidèlement les signatures d'expression génique des tumeurs d'origine et conservent les caractéristiques transcriptionnelles propres aux différents sous-types tumoraux, même après une culture prolongée in vitro. En parallèle, l'analyse génomique a mis en évidence une forte conservation des profils de variations du nombre de copies (CNV), témoignant du maintien des principales caractéristiques de l'architecture génomique tumorale.

Ces résultats montrent que les tumoroïdes ne reproduisent pas uniquement les caractéristiques morphologiques de la tumeur d'origine, mais qu'ils en préservent également les principales propriétés moléculaires. Ils confortent ainsi l'utilisation de ces modèles comme outils pertinents pour l'étude de la biologie tumorale et l'évaluation fonctionnelle des réponses thérapeutiques dans une approche de médecine de précision.

Pour en savoir plus : Thorel L. et al. (2025). Long-term patient-derived ovarian cancer organoids closely recapitulate tumor of origin and clinical response. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, 44(1):282.

Contact

GO@L
UAR2014-US41, Plateformes lilloises en biologie et santé (PLBS)
Université de Lille
Bâtiment Plateformes et cancer
Boulevrad du Pr. Jules Leclercq
59000 Villeneuve-d’Ascq
Région : Hauts-de-France+33 (0)3 20 44 54 54
genomique-plbs@univ-lille.fr
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