Pôle Auvergne-Rhône-Alpes de bioinformatique (PRABI)

Des outils et méthodes de bioinformatique et biostatistique pour la valorisation des activités de recherche en biologie, génomique, transcriptomique et métagénomique.

Site de la plateforme

Pôle Auvergne-Rhône-Alpes de bioinformatique (PRABI)

Des outils et méthodes de bioinformatique et biostatistique pour la valorisation des activités de recherche en biologie, génomique, transcriptomique et métagénomique.

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Pôle Auvergne-Rhône-Alpes de bioinformatique (PRABI)

Le Pôle Auvergne Rhône-Alpes de bioinformatique (PRABI) constitue historiquement l’un des six centres régionaux membres de l’Institut français de bioinformatique (IFB). La composante Analyse et modélisation des systèmes biologiques du PRABI (PRABI-AMSB) est quant à elle la plateforme de service du PRABI. Rattachée à la fédération de recherche BioEEnviS, elle est membre de l'IFB depuis 2020 et partenaire de l'EquipEx+ porté par l'IFB. Elle accueille par ailleurs dans ses locaux l’activité du NNCR du cloud de l’IFB et de son équipe.

Depuis 2013, la plateforme du PRABI met à disposition des ressources, des bases de données, des outils et méthodes, des infrastructures de calcul et de stockage, ainsi qu'une expertise en bioinformatique et biostatistique pour la valorisation des activités de recherche en biologie. Elle accompagne ainsi les biologistes dans l’analyse et l’interprétation de leurs données génomiques, transcriptomiques, protéomiques et métagénomiques.

La plateforme PRABI-AMSB développe également des logiciels, des bases de données et des formations. Son champs de compétences s'applique dans des domaines variés tels que l'écologie, la virologie, la microbiologie, le biomédical, la génomique comparative, les analyses à large échelle et les approches One Health.

Expertises et services

Analyse de données de RNA-Seq,
Analyse de données Oxford Nanopore, MinION, PromethION 2 Solo et séquençage adaptatif / adaptive sequencing,
Analyse de données de métagénomique et de métatranscriptomique,
Formation à R, à Linux, à l’utilisation de l’infrastucture de calcul et de stockage (cluster et cloud) et à la bioinformatique,
Génomique comparative,
Annotation génomique et fonctionnelle,
Biologie systémique,
Développement de logiciels et de bases de données.

Moyens et équipements

Infrastructure de calcul et de stockage de type cluster et cloud académique mutualisée entre le Laboratoire de biométrie et biologie évolutive (LBBE) et le PRABI.

<hr>Cluster de calcul de 1 032 cœurs du PRABI.

<hr>Salle de formation du PRABI comprenant 16 postes de travail avec PC Linux.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse contact@prabi.fr. Les projets soumis sont discutés par les membres de la plateforme, de préférence avec la participation des demandeurs. Les possibilités de traitement offertes sont au nombre de quatre : consultation directe auprès des ingénieurs de la plateforme, réalisation d’une prestation de service payante, mise en place d’une collaboration scientifique ou d’une formation ad hoc.

Les critères d’acceptation sont essentiellement fondés sur les compétences techniques du personnel de la plateforme. Les délais de prise en charge varient en fonction de la taille et de la nature des projets. Un projet traité sous forme de prestation de service peut être réalisé dans les quinze jours suivant le dépôt de la demande, tandis que l’organisation d’une formation demande environ un an de préparation.

Exemple de projet

Phylogéographie du campagnol roussâtre

Dans le cadre d’un projet collaboratif, le PRABI-AMSB a réalisé l’assemblage puis l’analyse d’un jeu de données de mitogénomes provenant de différentes lignées de campagnols roussâtres. L’objectif était d’étudier la phylogéographie du rongeur. Le séquençage a été effectué au moyen de la technologie Nanopore, conduisant à la première expérience sur la plateforme de traitement de données obtenues avec cette technologie. Une équipe du Laboratoire de biométrie et biologie évolutive (LBBE) qui s’intéresse à l’écologie évolutive s'est également investie sur le projet.