Plateforme de cytométrie pour la microbiologie (PRECYM)

Des instruments et protocoles de cytométrie en flux pour caractériser les micro-organismes à l’échelle individuelle : bactéries, micro-algues, levures…

Site de la plateforme

Plateforme de cytométrie pour la microbiologie (PRECYM)

Des instruments et protocoles de cytométrie en flux pour caractériser les micro-organismes à l’échelle individuelle : bactéries, micro-algues, levures…

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Plateforme de cytométrie pour la microbiologie (PRECYM)

La plateforme PRECYM est spécialisée dans l’analyse des micro-organismes par cytométrie en flux. Cette technologie permet de les identifier, de les trier et de les dénombrer. Combinée à des colorants fluorescents, elle permet d’aborder leur physiologie, leur viabilité et leurs activités cellulaires, en s’affranchissant des étapes de culture.

La plateforme met ses équipements et son savoir-faire à disposition des équipes de l’Institut méditerranéen d'océanologie (MOI) et de toute autre équipe du public ou privé. A travers ses trois missions de recherche et développement, conseil et accompagnement, et formation, elle intervient dans plusieurs domaines : le développement et l’amélioration de protocoles expérimentaux ou de technologies, l’analyse et l’interprétation de données et résultats, la formation à la cytométrie en flux et à l’utilisation des instruments de la plateforme, l’expertise pour les laboratoires privés, aussi bien pour l’analyse que pour le tri d’échantillons.

La plateforme PRECYM est labellisée IBiSA, plateforme technologique d’Aix-Marseille Université et par le Pôle mer Méditerranée. Elle est co-financée par le Fonds européens de développement régional (FEDER).

Expertises et services

Analyse d’échantillons par cytométrie en flux pour la caractérisation de microorganismes (dénombrement, identification, activités cellulaires, état physiologique...),
Tri par cytométrie en flux de micro-organismes d’intérêt,
Veille technologique,
Formation aux protocoles d’analyse et de tri par cytométrie en flux,
Formation aux logiciels de cytométrie en flux et à l’analyse de données.

Moyens et équipements

Cytomètres en flux trieurs MoFlo (Beckman Coulter) et Influx Mariner (BD Biosciences),
Cytomètres analyseurs FACSCalibur et Accuri C6 (BD Biosciences),
Cytomètres automatisés CytoSense et CytoPro (Cytobuoy),
Ordinateur dédié à l’analyse des données de cytométrie,
Logiciels de traitement de données FCS Express, Flowjo, Winlist,
Microscope à épifluorescence Olympus BX61 couplé à une caméra couleur (refroidie par effet Peltier) équipé d’un système d’analyse d’images,
2 microscopes à épifluorescence portatifs de terrain (Partec),
2 conteneurs d’azote liquide (Arpege) pour le stockage et la conservation des échantillons,
2 réfrigérateurs-congélateurs (-20°C) pour la conservation des réactifs, colorants fluorescents et billes de calibrage.

<hr>Les données de cytométrie sont acquises et visualisables en temps réel.

<hr>PRECYM est équipée de cytomètres analyseurs pour l’analyse de micro-organismes en suspension dans des échantillons liquides.

<hr>PRECYM est équipée de cytomètres trieurs qui séparent physiquement les cellules d’intérêt pour des analyses ou de la mise en culture.

<hr>L’excitation des micro-organismes par une lumière laser permet de les analyser un par un à des vitesses de dizaines de milliers par seconde.

<hr>Electronique rapide pour l’analyse de milliers de cellules par seconde.

<hr>Cytomètre et module de coloration automatisés Cytopro développé en collaboration avec la société Cytobuoy.

<hr>Analyse multivariée en temps réel de micro-organismes.

<hr>Images de micro-organismes du plancton marin prises avec le cytomètre Cytosense. Toutes les photos sont à la même échelle et témoignent de l’étendue de la taille de ces cellules.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à PRECYM, contactez les responsables scientifique et technique de la plateforme par téléphone ou par mail à l’adresse precym@mio.osupytheas.fr. Vous fixerez avec eux un rendez-vous pour discuter du projet, de l'implication de PRECYM et de la valorisation du travail.

Les projets peuvent être soumis tout au long de l’année. Ils sont examinés et sélectionnés par les responsables de la plateforme sur la base du mérite et de leur faisabilité technique, en considérant également le temps et les ressources humaines à consacrer. Le délai de réponse est de l’ordre de quelques jours. Le délai de réalisation des prestations varie quant à lui de quelques jours à environ deux mois, selon le type d’expériences à mettre en œuvre.

Toutes les prestations d'analyse et de tri nécessitent de remplir un formulaire d’application téléchargeable en ligne. Celui-ci rappelle, entre autres, l’objectif et le type de prestation (analyse ou tri), le type et le nombre d’échantillons... Une charte d’utilisation, validée par le directeur du MIO, doit également être signée par les utilisateurs. Tout contrevenant prend le risque de se voir interdire l'accès à la plateforme.

Exemple d'utilisation

Le cycle caché de l’oxygène au sein des zones de minimum d’oxygène (OMZ)

Dans de larges régions des océans tropicaux appauvries en oxygène et appelées « zones de minimum d’oxygène (OMZ) », une variation, même faible, de la concentration en oxygène induit d’importants changements de la diversité microbienne et des cycles biogéochimiques.

Dans le cadre du projet « Activités de recherche dédiées au minimum d’oxygène dans le Pacifique (AMOP) », une équipe internationale comprenant des chercheurs français du Laboratoire d’études en géophysique et océanographie spatiales (LEGOS) et de l’Institut méditerranéen d’océanographie (MIO) a montré pour la première fois, à partir de campagnes menées dans le Pacifique oriental (Pérou, Mexique), que de l’oxygène était produit à quelques dizaines de mètres sous la surface, sans néanmoins être directement observable. Cette production d’oxygène ne s’accumule pas, car elle active des processus microbiens qui la consomment aussitôt. La résolution optique des diverses communautés phytoplanctoniques a été réalisée grâce à un cytomètre en flux de la plateforme PRECYM.

Pour en savoir plus : Garcia-Robledo E. et al. (2017). Cryptic oxygen cycling in anoxic marine zones. PNAS, 330(6009):1375-1378.