Pôle Rhône-Alpes de bioinformatique (PRABI)

Des outils et méthodes de bioinformatique et biostatistique pour la valorisation des activités de recherche en biologie, génomique, transcriptomique et métagénomique.

Site de la plateforme

Pôle Rhône-Alpes de bioinformatique (PRABI)

Des outils et méthodes de bioinformatique et biostatistique pour la valorisation des activités de recherche en biologie, génomique, transcriptomique et métagénomique.

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Pôle Rhône-Alpes de bioinformatique (PRABI)

Le Pôle Rhône-Alpes de bioinformatique (PRABI) est l’un des six centres régionaux membres de l’Institut français de bioinformatique (IFB). Il a pour objectif d’aider les biologistes dans le traitement informatique et statistique de leurs données, qu’elles proviennent d’analyses génomiques, transcriptomiques ou protéomiques.

Le PRABI développe également des logiciels (Paraload, KisSplice), des bases de données (ProDom, VirHostNet) et des formations (langage R, Unix/Linux, analyse de données NGS). Son champ de compétences s’applique dans des domaines variés : structure des protéines, phylogénie, évolution, écologie, virologie et microbiologie, données biomédicales.

Expertises et services

Analyse de données NGS (RNA-seq, ChIP-seq),
Analyse de données de métagénomique et de métatranscriptomique,
Formation à R, à l’analyse de données sous Galaxy et à la bioinformatique,
Génomique comparative,
Annotation génomique et fonctionnelle,
Modélisation et prédiction de la structure des protéines,
Génomique du cancer,
Métabolomique,
Biologie systémique.

Moyens et équipements

Cluster de calcul de 1 032 cœurs / threads avec une capacité de stockage de 700 To,
Service Galaxy pour l’analyse de données NGS,
Services web avec mise en ligne d’outils et de bases de données (ProDom, GenBank, UniProtKB, ENA).

<hr>Cluster de calcul de 1 032 cœurs du PRABI.

<hr>Salle de formation du PRABI comprenant 16 postes de travail (PC Linux).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet, envoyez un mail à l’adresse contact@prabi.fr. Les projets soumis sont discutés par les membres du PRABI, de préférence avec la participation des demandeurs. Les possibilités de traitement offertes sont au nombre de quatre : consultation directe auprès des ingénieurs de la plateforme, réalisation d’une prestation de service payante, mise en place d’une collaboration scientifique ou d’une formation ad hoc.

Les critères d’acceptation sont essentiellement fondés sur les compétences techniques du personnel de la plateforme. Les délais de prise en charge varient en fonction de la taille et de la nature des projets. Un projet traité sous forme de prestation de service peut être réalisé dans les quinze jours suivants le dépôt de la demande, tandis que l’organisation d’une formation demande environ un an de préparation.

Exemple d'utilisation

Phylogéographie du campagnol roussâtre

Dans le cadre d’un projet collaboratif, le PRABI a réalisé l’assemblage puis l’analyse d’un jeu de données de mitogénomes provenant de différentes lignées de campagnols roussâtres. L’objectif était d’étudier la phylogéographie du rongeur.

Le séquençage a été effectué au moyen de la nouvelle technologie de type Nanopore, conduisant à la première expérience sur la plateforme de traitement de données obtenues avec cette technologie. Une équipe du Laboratoire de biométrie et biologie évolutive (LBBE, UMR5558) qui s’intéresse à l’écologie évolutive s'est également investie sur le projet.

Contact

PRABI
Université Claude Bernard Lyon 1
43 boulevard du 11 novembre 1918
69622 Villeurbanne
Région : Auvergne-Rhône-Alpes+33 (0)4 72 44 62 96
contact@prabi.fr
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